Довольно многочисленные экспедиции, проникавшие к Великим африканским озерам, помимо научных задач решали и политические. На путях, ведущих к озерам, и на их берегах путешественники, как правило, основывали форты, станции или миссии, сыгравшие роль опорных пунктов для колонизаторской деятельности некоторых европейских держав. Ряд исследователей, занимавшихся проблемой стока Танганьики и Ньясы, не разрешили ее до конца.
Правда, для Танганьики вопрос в какой-то мере прояснился в апреле 1879 г. – в р. Конго через полноводную р. Лукугу; впрочем, вполне вероятной казалась связь озера на севере с бассейном Нила. Сомнения имелись и в отношении озера Ньяса, сбрасывающего свои воды по р. Шире в Замбези: озеро могло иметь сток также и на севере.
Новые материалы доставила британская экспедиция, снаряженная в 1879 г. Королевским географическим обществом к Великим озерам от Дар-эс-Салама, на восточном побережье материка. 28 июня, вскоре после выхода в дорогу скончался руководитель экспедиции и «бразды правления» перешли к Джозефу Томсону, молодому – ему шел 22-й год – шотландскому геологу. Перевалив открытые им невысокие горы Кипенгере, он вышел к северному концу Ньясы и стока на север не нашел: короткие речки впадали в озеро.
Затем Томсон добрался до южной оконечности Танганьики, пройдя по неисследованному гористому перешейку между двумя водоемами. Из-за враждебности местных жителей ему не удалось достичь Луалабы по р. Лукуге, оказавшейся, по его словам, быстрым и непреодолимым потоком, и он, вернувшись к южной оконечности Танганьики, направился на северо-восток. Расспросные сведения о каком-то водоеме в этом районе подтвердились: Томсон обнаружил мелководное соленое озеро Руква, лежавшее в тектонической впадине. (В дождливые годы площадь его зеркала может достигать 4,5 тыс. км2, в периоды засух оно почти полностью пересыхает. Так случилось, например, в 1897 г.) Выяснив, что Руква и Танганьика не связаны между собой, Томсон прошел через слабоволнистую равнину далее на северо-восток и восток и в июле 1880 г. прибыл к побережью Индийского океана.
Страна народа масаи, лежавшая севернее маршрута Томсона, в те времена оставалась недоступной европейцам: воинственные и смелые кочевники-скотоводы никого не пропускали через свои земли. Первопроходцем здесь стал немецкий военный врач Густав Адольф Фишер, возглавивший экспедицию Географического общества города Гамбурга. От устья р. Пангани, впадающей в Индийский океан у о. Занзибар, в декабре 1882 г. он поднялся по долине реки к верховьям. Северо-западнее вулкана Килиманджаро, на равнине – дне широкой сбросовой впадины – он наткнулся на небольшое соленое озеро Натрон, а еще севернее, близ 1° ю. ш., — на другое, маленькое и пресное. Дальше на север Фишеру пройти не удалось – по плато Серенгети он обошел Натрон с западной стороны, обнаружил, что оно бессточное, и открыл действующий вулкан (Ол-Доиньо-Ленгаи, 2878 м). Через обширную саванну (Степь масаи) он вышел к р. Пангани и в августе 1883 г. достиг ее устья.
Открытия Фишера в середине 1883 г. продолжил Д. Томсон: за пресным озерцем у 1° ю. ш. он продвинулся далее к северу и обнаружил короткий, довольно высокий (до 3994 м) вулканический хребет, возвышающийся над сбросовой впадиной, на дне которой по обе стороны экватора располагались два незначительных озера. Затем Томсон впервые добрался к подножию усеченного конуса Кения (5199 м), в ясный день начала декабря 1849 г. усмотренного издали английским миссионером немцем Иоганном Людвигом Крапфом. Томсон подтвердил его наблюдение о снегах, покрывающих вершину, что было воспринято как ложь современниками Крапфа.
К северо-западу от Кении на протяжении все той же сбросовой впадины Томсон открыл еще одно озеро (Баринго), по расспросам представлявшееся ему гораздо крупнее. Оттуда он повернул на запад и вышел к побережью озера Виктория, в середине декабря усмотрев огромный (4321 м) потухший вулкан Элгон. Обратный путь едва не стал для Томсона последним: тяжело раненный на охоте буйволом, он и тому же заболел дизентерией. Выходившие его спутники-африканцы без осложнений вернулись с ним в Момбасу 24 мая 1884 г.
Продолжателем «дела» Томсона оказался венгерский граф Шамуэл Телеки, организовавший на свои средства экспедицию в Восточную Африку. Для географических наблюдений и выполнения топографической съемки он пригласил австрийского моряка Людвига Хёнеля. От побережья Индийского океана путем Фишера они отправились в январе 1887 г. на северо-запад; около года Телеки затратил на неудачные попытки восхождения на Килиманджаро и Кению. От озера Баринго оба исследователя двинулись на север и в начале марта 1888 г. открыли озеро (Рудольф) с солоноватой водой, — расположенное во впадине. Телеки присвоил ему имя наследного принца австро-венгерской монархии. Проследив водоем вдоль восточного побережья по всей (220 км) длине, на северном берегу экспедиция обнаружила устье довольно большого потока, верно отождествленного ими с р. Омо, известной тогда лишь в верховьях.
Намерение охватить новооткрытое озеро (как позднее выяснилось, четвертое по величине – 8,5 тыс. км² в «шеренге» Великих африканских озер) кольцевым маршрутом не осуществилось: местные жители не разрешили пройти по их владениям. Эту неудачу Телеки компенсировал во время короткой рекогносцировки: в 75 км к востоку он наткнулся на небольшой соленый водоем, нареченный им Стефани, и вернулся и южной оконечности озера Рудольф. Оттуда экспедиция выполнила маршрут к северо-западу, обнаружила две пересыхающие реки, питающие озеро, и в октябре 1888 г. вернулась на побережье океана.
По возвращении на родину Хёнель опубликовал на немецком языке две работы – «Восточная Африка между Пангани и... озером Рудольф» (1890 г.) и «К озерам Рудольф и Стефани» (1892 г.). Экспедиции Фишера, Томсона и Телеки-Хёнеля доставили неопровержимые свидетельства существования в Восточной Африке огромной (около 1,7 тыс. км) тектонической впадины, вытянутой в меридиональном направлении между озерами Рудольф и Ньяса, сопровождаемой кое-где действующими и потухшими вулканами, а также сравнительно высокими короткими хребтами. Обобщив в 1891 г. эти материалы, Э. Зюсс выделил новый орографический элемент – «Восточный Африканский грабен» (ныне он известен под названием Восточный рифт).
Западный рифт, проходящий через озера Альберт, Эдуард, Танганьика, Рукву и близ северного берега Ньясы соединяющийся с Восточным, был известен практически на всем протяжении (около 1500 км). Лишь к северу от Танганьики оставалось «белое пятно»: что «таится» на этом участке, никто не знал до экспедиции немецкого офицера Густава Гётцена. Летом 1894 г. он прошел от устья р. Пангани на северо-запад, к верховьям Кагеры. Продвинувшись затем на запад, он первый исследовал почти широтный вулканический хребет Вирунга, в конце 1861 г. усмотренный Спиком издали. Гётцен описал пять из восьми вулканов и поднялся на один из действующих.
К югу от хребта он обнаружил небольшое (2,7 тыс. км²) озеро Киву со слабосолоноватой водой и множеством островов. Северную часть этого водоема, лежащего в крутых изрезанных берегах, он обошел на пироге. Проникнуть южнее Гётцен почему-то не рискнул, а направился далее на запад, перевалил горы Митумба, по долине р. Лове добрался до Луалабы и по ней в конце года вышел к устью, выполнив пересечение материка.
Завершил работы Гётцена другой немецкий офицер – Г. Рамзай (вторая половина 90-х гг.), заснявший р. Рузизи: выяснилось, что она впадает в Танганьику и, следовательно, принадлежит бассейну р. Конго.