Под ударами советских войск группа армий «Север», включавшая оперативную группу «Земланд» и 4-ю армию, к 10 февраля была разобщена на три части: земландскую, кенигсбергскую и хейльсбергскую. Всего в восточнопрусской группировке насчитывалось 32 дивизии, 2 отдельные группы и бригада.
Оперативная группа «Земланд» (9 дивизий) оборонялась на Земландском полуострове и в районе Кенигсберга. 4-я армия закрепилась на побережье Балтийского моря юго-западнее Кенигсберга на плацдарме около 180 км по фронту и 50 км в глубину, опираясь на Хейльсбергский укрепленный район. Эта наиболее сильная группировка имела 23 дивизии, в том числе танковую и 3 моторизованные, 2 отдельные группы и бригаду, а также большое количество специальных войск и батальонов фольксштурма.
Гитлеровское командование надеялось упорной обороной занимаемых рубежей как можно дольше сковывать крупные силы Советской Армии и не допустить переброски их на берлинское направление. Противник усилил оборону за счет уплотнения боевых порядков отошедших частей и соединений, а также пополнений, которые были доставлены по морю из центральных районов Германии. Корабли флота обеспечивали начавшуюся эвакуацию населения и тыловых частей 4-й армии.
Уничтожение разобщенных германских группировок было связано с рядом трудностей, определявшихся особенностями их положения. Они были отсечены в сильно укрепленных районах, располагали большим количеством артиллерии и удобными внутренними коммуникациями для осуществления маневра. Боевые действия проходили в условиях сильно пересеченной местности и весенней распутицы. Кроме того, советские войска в предыдущих боях понесли значительные потери в людях и технике, почти полностью израсходовали запасы материальных средств и боеприпасов.
Ставка Верховного Главнокомандования учитывала то обстоятельство, что быстрейшая ликвидация врага в Восточной Пруссии позволила бы за счет высвобождения войск 1-го Прибалтийского и 3-го Белорусского фронтов усилить основное, берлинское направление. Она решила начать уничтожение группировок противника с наиболее сильной. 9 февраля войскам 3-го Белорусского фронта было приказано не позднее 20—25 февраля завершить разгром 4-й армии Накануне операции Ставка провела некоторые организационные мероприятия. По решению от 6 февраля «было осуществлено крупное перераспределение сил и средств на правом крыле советско-германского фронта. Для удобства управления войска 1-го (кроме 3-й воздушной армии) и 2-го Прибалтийских фронтов, блокировавшие группу армий «Курляндия» с суши, объединялись в один — 2-й Прибалтийский фронт под командованием Маршала Советского Союза Л. А. Говорова. Задачи по овладению Кенигсбергом и полному очищению от врага Земландского полуострова поручались 1-му Прибалтийскому фронту с передачей из 3-го Белорусского 11-й гвардейской, 39-й и 43-й армий, а также 1-го танкового корпуса. В составе 3-го Белорусского фронта остались 5, 28, 31 и 2-я гвардейская армии, 1-я воздушная армия, 2-й гвардейский танковый корпус, а также переданные из 2-го Белорусского фронта 50, 3 и 48-я общевойсковые и 5-я гвардейская танковая армии.
Руководствуясь директивой Ставки, командующий 3-м Белорусским фронтом генерал И. Д. Черняховский решил в первую очередь ликвидировать вражеские войска, оборонявшие выступ в районе Прейсиш-Эйлау, затем развить наступление на Хейлигенбейль, то есть расчленить хейльсбергскую группировку на части и порознь уничтожить их. 5-й гвардейской танковой армии была поставлена задача наступать вдоль залива Фришес-Хафф с целью отрезать противнику пути отхода к побережью и лишить его возможности эвакуироваться на косу Фрише-Нерунг. Прикрытие главной группировки фронта со стороны Бранденбурга предусматривалось силами 5-й общевойсковой армии. Обеспечение наступавших войск с воздуха возлагалось на 1-ю воздушную армию. Вместе с авиацией Краснознаменного Балтийского флота и 3-й воздушной армией 1-го Прибалтийского фронта она должна была уничтожать окруженные войска противника, срывать подвоз и эвакуацию их морем.
Общее наступление, начавшееся 10 февраля на главном направлении, несмотря на интенсивную огневую поддержку артиллерии, развивалось медленно. Наибольшего успеха добилась 28-я армия, которая обходным маневром с севера и юга при содействии правофланговых частей 2-й гвардейской армии овладела крупным опорным пунктом и важным узлом дорог — городом Прейсиш-Эйлау.
Противник перегруппировкой сил и средств уплотнил боевые порядки соединений и создал резервы пехоты, танков и артиллерии. Развитая система долговременных и полевых сооружений позволяла ему, скрытно совершая маневр, закрывать образовавшиеся бреши в обороне. Среднесуточный темп продвижения советских войск не превышал 1,5—2 км. Преодолев один оборонительный рубеж, они наталкивались на следующий и вынуждены были заново готовить и осуществлять прорыв. Особенно упорное сопротивление враг оказал в районе города Мёльзак, крупного узла дорог и мощного опорного пункта на пути к Хейлигенбейлю и заливу Фришес-Хафф, где наступала ослабленная в предыдущих боях 3-я армия. Трое суток продолжались здесь ожесточенные бои. 17 февраля Мёльзак был взят. В крайне неблагоприятных метеорологических условиях, совершенно исключавших применение авиации, дивизии армии отбивали одну контратаку противника за другой.
Во время этих боев исключительную энергию и храбрость проявил командующий 3-м Белорусским фронтом генерал армии И. Д. Черняховский. Широкий военный кругозор, высокая общая и профессиональная культура, необычайная работоспособность и богатый опыт обучения и руководства войсками позволяли ему быстро оценивать обстановку, верно определять главное, необходимое для принятия рациональных решений. Он часто появлялся там, где обстановка была наиболее сложной. Одним своим присутствием Черняховский вселял в сердца воинов бодрость и веру в успех, умело направлял их энтузиазм на разгром противника.
Так было и 18 февраля. Побывав в войсках 5-й армии, И. Д. Черняховский выехал на командный пункт 3-й армии. Однако к назначенному месту командующий фронтом не прибыл. На окраине Мёльзака осколком снаряда он был смертельно ранен и вскоре скончался на поле боя. В то время ему шел 39-й год. «В лице товарища Черняховского, — говорилось в сообщении Совета Народных Комиссаров СССР, Народного комиссариата обороны и ЦК партии, — государство потеряло одного из талантливейших молодых полководцев, выдвинувшихся в ходе Отечественной войны».
Прославленного советского полководца похоронили в Вильнюсе. Благодарная Родина отдала герою последнюю воинскую почесть: 24 артиллерийских залпа из 124 орудий прогремели над скорбящей Москвой. В память о погибшем город Инстербург был переименован в Черняховск, а одна из центральных площадей столицы Литовской ССР названа его именем.
Командующим войсками 3-го Белорусского фронта был назначен Маршал Советского Союза А. М. Василевский. Являясь начальником Генерального штаба и заместителем Народного комиссара обороны СССР, он принимал непосредственное участие в разработке планов крупнейших операций Великой Отечественной войны, в том числе и Восточно-Прусской. К исполнению своих новых обязанностей он приступил с 21 февраля. Вместо маршала А. М. Василевского начальником Генерального штаба был назначен генерал А. И. Антонов.
Из-за усилившегося сопротивления врага и весенней распутицы наступление 3-го Белорусского фронта было временно остановлено. За двенадцать дней (с 10 по 21 февраля) общее продвижение советских войск составило от 15 до 30 км. Противник, понесший тяжелые потери, оказался зажатым в узкой прибрежной полосе (50 км по фронту и 15—25 км в глубину). Девятнадцать его дивизий, в том числе две танковые и моторизованная, продолжали удерживать этот небольшой по площади, но чрезвычайно насыщенный различными оборонительными сооружениями район.
Хотя наступление наземных войск и было приостановлено, авиация продолжала наносить удары по скоплениям живой силы и техники противника, его долговременным укреплениям, аэродромам, морским портам, транспортным и боевым кораблям.
В то время как 3-й Белорусский фронт уничтожал хейльсбергскую группировку врага, войска 1-го Прибалтийского фронта вели напряженные бои на Земландском полуострове и подступах к Кенигсбергу. Чтобы не распылять силы, Ставка 17 февраля приказала командующему фронтом в первую очередь очистить от противника Земландский полуостров, оставив в районе Кенигсберга необходимое количество войск для его прочной блокады Операцию намечалось начать 20 февраля.
Однако немецко-фашистское командование упредило наступление советских войск, усилив земландскую группировку за счет частей, переброшенных из Курляндии, и, проведя перегруппировку, приказало перейти к активным действиям. 19 февраля, за день до намечавшегося наступления 1-го Прибалтийского фронта, вражеские войска нанесли два внезапных встречных удара: с запада — на Кенигсберг и с востока — из города. В результате ожесточенных трехдневных боев противнику удалось оттеснить войска фронта от побережья залива и создать небольшой коридор, восстановив сухопутную связь вдоль залива. Перед советским командованием встала задача объединить все силы с целью уничтожения вражеских группировок.
Для согласования усилий всех войск, действовавших в Восточной Пруссии, и достижения единого руководства ими Ставка Верховного Главнокомандования 25 февраля упразднила 1-й Прибалтийский фронт. На его основе была создана Земландская группа войск под командованием генерала И. X. Баграмяна, которая вошла в состав 3-го Белорусского фронта. Командующий группой войск являлся одновременно и заместителем командующего войсками 3-го Белорусского фронта.
С конца февраля и до середины марта в штабах и войсках фронта велась тщательная подготовка к новому наступлению. Командиры и политработники занимались обучением подразделений и частей способам прорыва полос обороны, рубежей и позиций укрепленного района и опорных пунктов ночью, форсирования водных преград, ориентирования на местности и в крупных населенных пунктах. Соединения и части пополнялись личным составом, вооружением и боевой техникой. Шло накопление боеприпасов. Одновременно группа армий «Север» готовилась к отражению возможного наступления. К 13 марта в ее составе находилось около 30 дивизий, из них 11 оборонялось на Земландском полуострове и в Кенигсберге, а остальные — южнее и юго-западнее Кенигсберга.
Маршал А. М. Василевский, учитывая эти обстоятельства, решил вначале уничтожить группировку противника, прижатую к заливу Фришес- Хафф, временно прекратив наступление на Земландском полуострове. Двойным концентрическим ударом с востока и юго-востока в направлении на Хейлигенбейль предусматривалось расчленить хейльсбергскую группировку на части, изолировать их, а затем порознь уничтожить. Осуществление этого замысла возлагалось на 11-ю гвардейскую, 5, 28, 2-ю гвардейскую, 31, 3 и 48-ю армии. Последней была передана и полоса 5-й гвардейской танковой армии, которая по решению Ставки была передислоцирована на данцигское направление.
Фронтовые средства усиления были распределены в основном между 5, 28 и 3-й армиями, готовившими наступление на направлении главного удара. Из имевшихся 582 боеспособных танков и самоходно-артиллерийских установок в полосах наступления этих армий было сосредоточено 513 единиц В интересах этих армий вели боевые действия 1-я и 3-я воздушные армии.
Ставка Верховного Главнокомандования 17 марта утвердила решение командующего войсками фронта, но потребовала завершить разгром группировки противника, прижатой к заливу Фришес-Хафф, не позднее 22 марта, а через шесть дней начать разгром кенигсбергской группировки. Подготовкой штурма Кенигсберга и последующего разгрома немецко-фашистских войск на Земландском полуострове непосредственно занимались в это время командование и штаб Земландской группы.
Наступление в районе юго-западнее Кенигсберга возобновилось 13 марта после 40-минутной артиллерийской подготовки. Непролазная грязь крайне затрудняла боевые действия соединений и передвижение вне дорог колесного транспорта, артиллерийских систем и даже танков. И все же, несмотря на упорное сопротивление врага, войска фронта прорвали его оборону на основных направлениях и настойчиво продвигались вперед. Туман и постоянные дожди затрудняли вначале применение авиации. Лишь 18 марта, когда погода несколько прояснилась, 1-я и 3-я воздушные армии смогли активно поддержать наступавших. Только за этот день в полосах в основном 5, 28 и 3-й армий было совершено 2520 самолето-вылетов. В последующие дни воздушные армии не только осуществляли поддержку войск совместно с частью сил авиации дальнего действия и флота, но и уничтожали транспорты и другие средства противника в заливе Фришес-Хафф, Данцигской бухте и портах.
За шесть дней наступления войска 3-го Белорусского фронта продвинулись на 15—20 км, сократив плацдарм вражеских войск до 30 км по фронту и от 7 до 10 км в глубину. Противник оказался на узкой прибрежной полосе, простреливаемой артиллерийским огнем на всю глубину.
Немецко-фашистское командование 20 марта приняло решение об эвакуации морем войск 4-й армии в район Пиллау, но советские войска усилили удары и сорвали эти расчеты. Грозные приказы и экстренные меры по удержанию плацдарма на территории Восточной Пруссии оказались напрасными. Солдаты и офицеры вермахта 26 марта начали складывать оружие. Остатки хейльсбергской группировки, сжатые 5-й армией на полуострове Бальга, были окончательно ликвидированы 29 марта. Лишь отдельным мелким подразделениям удалось с помощью подручных средств переправиться на косу Фрише-Нерунг, откуда они были потом переброшены для усиления оперативной группы «Земланд». Все южное побережье залива Фришес-Хафф стало контролироваться войсками 3-го Белорусского фронта.
48 суток (с 10 февраля по 29 марта) продолжалась борьба против хейльсбергской группировки врага. За это время войска 3-го Белорусского фронта уничтожили 220 тыс. и пленили около 60 тыс. солдат и офицеров, захватили 650 танков и штурмовых орудий, до 5600 орудий и минометов, свыше 8 тыс. пулеметов, более 37 тыс. автомашин, 128 самолетов. Большая заслуга в уничтожении вражеских войск и техники на поле боя и особенно плавсредств в заливе Фришес-Хафф, Данцигской бухте и военно-морской базе Пиллау принадлежит авиации. В самый напряженный период операции, с 13 по 27 марта, 1-я и 3-я воздушные армии произвели более 20 тыс. самолето-вылетов, из них 4590 — ночью.
При уничтожении противника в районе юго-западнее Кенигсберга торпедные катера, подводные лодки и авиация Краснознаменного Балтийского флота наносили удары по транспортам и боевым кораблям, что затрудняло курляндской и восточнопрусской группировкам планомерную эвакуацию.
Таким образом, в результате ожесточенных боев наиболее сильная из трех изолированных частей группы армий «Север» прекратила существование. В ходе борьбы советские войска сочетали различные приемы и способы уничтожения противника: отсечение его войск в выступах плацдарма, последовательное сжатие фронта окружения с массированным применением артиллерии, а также блокадные действия, в результате которых авиация и силы флота затрудняли врагу снабжение и эвакуацию окруженных с суши войск. После ликвидации врага в Хейльсбергском укрепленном районе командование фронта смогло высвободить и перегруппировать часть сил и средств под Кенигсберг, где готовилась очередная наступательная операция.