Согласно евангельским свидетельствам, Пресвятая Дева, услышав благую весть от Архангела Гавриила в Назарете, поспешила поделиться своей радостью с родственницей Елисаветой. Она отправилась к будущей матери Иоанна Предтечи, проживавшей в Нагорной стране, в граде Иудином.
Это селение находится недалеко от Иерусалима, примерно в 4 км, и именуется теперь Эйн-Карем, а в русской традиции называемое Горнее. Сюда из Галилеи (около 160 км) и прибыла Дева Мария, радостно встреченная праведной Елисаветой. На месте их достопамятной встречи известным главой Русской Духовной миссии, архимандритом Антонином (Капустиным), был основан Горненский женский монастырь.
Богоматерь три месяца пребывала в доме праведных Захарии и Елисаветы, не раз в течение этого времени ходила за водой к источнику, который теперь почитаем не только христианами, но и мусульманами, возведшими над ним свою мечеть.
В этом святом и благодатном месте архимандритом Антонином было решено создать православную обитель. На склоне горы в 1871 г. им были выкуплены два дома с плантацией оливковых деревьев и устроена женская община, через три года утвержденная в качестве монастыря.
Это было нелегкое время, когда турецкие власти всячески противились покупке земель иностранцами, поэтому приходилось действовать через православных арабов. Устройству здесь православной обители всячески препятствовало и католическое духовенство, не желавшее подобного соседства. Их монастырь, возведенный еще в XVII в., оказался в полукольце земель русского монастыря, который практически разделил с католиками место дома праведных Захарии и Елисаветы.
Уже в 1881 г. на живописном склоне был воздвигнут небольшой храм во имя Казанской иконы Божией Матери, который и теперь приветливо принимает всех верующих. Храмовая чудотворная Казанская икона, спасшая монастырь когда-то от эпидемии чумы, стала одной из святынь обители, которой ежедневно, на протяжении более столетия, по заведенной традиции, насельницы обносят монастырь, свято веря в ее охранительную силу. Перед входом в храм установлен столб от дома праведных Елисаветы и Захария, а также камень, на котором святой Иоанн Предтеча, согласно преданию, впервые проповедовал.
Скоро усердием архимандрита Антонина при монастыре была устроена гостиница для русских православных паломников, количество которых из года в год на Святой Земле тогда возрастало. Так, только на ежегодное празднование Пасхи в Иерусалим из России в конце XIX в. прибывало до 15 тыс. человек, значительно превышая число паломников из других стран.
В память о посещении Святой Девой Марией праведной Елисаветы отцом Антонином было выхлопотано установление нового праздника, торжественно отмечаемого 30 марта по ст. стилю, или в пятницу Светлой Седмицы, когда в обитель переносится из Свято-Троицкого собора Русской Духовной миссии икона Благовещения. Насельницы монастыря торжественно встречают икону у источника в Горней, с молитвами и духовными песнопениями приносят ее в обитель, а по прошествии трех месяцев (срок пребывания в Горней Богоматери) провожают обратно в миссию.
В 1911 г. началось строительство большого собора Живоначальной Троицы, однако скоро работы прекратились в связи с началом Первой мировой войны. Его возведение было возобновлено уже в наше время, и в 2007 г. он был освящен во имя Всех Святых в земле Российской просиявших.
За все годы существования обители монашеская жизнь в ней никогда не прерывалась. Даже в годы Первой мировой войны, когда турецкими властями из Иерусалима были высланы все сотрудники Русской Духовной миссии, в обители остались насельницы. После печальной русской революции монастырь, как и многие другие обители, оказался в ведении Русской зарубежной церкви. Лишь в 1948 г. он вновь вернулся в лоно Московского Патриархата. В 1955 г. в Горненскую обитель прибыла из СССР первая группа монахинь, пополнившая ее поредевший состав. Теперь в монастыре несут послушание более 50 сестер из России, во главе с игуменьей Георгией.
В 1987 г. в монастыре появился новый пещерный храм Иоанна Предтечи, расположившийся на предполагаемом месте дома святых Захарии и Елисаветы. В каменных его нишах поставлены многочисленные иконы со сценами жизни пророка. Но службы там достаточно редки, в связи с отдаленностью расположения, куда трудно добираться престарелым матушкам.
Сегодня Горненский монастырь стал воистину кусочком России на Святой Земле. Он занимает особое место среди других обителей, являясь самым большим монастырем Русской православной церкви за пределами ее канонической территории.
Молодые его монахини теперь часто сопровождают паломников из России в качестве экскурсоводов по святым местам. Исполняя подобное послушание, они с огромной духовной радостью делятся не только своими знаниями по истории Палестины, но и стараются привить частичку любви к благодатной Святой Земле, на которой по-прежнему + в русских обителях звучат святые молитвы за Русскую землю.