Первой иноческой обителью в Москве был монастырь, основанный князем Даниилом Московским. Позднее он был переведен Иоанном Калитой в Кремль, пожелавший иметь монастырь рядом со своим дворцом. Но недолго просуществовал Спас-на-Бору в Кремле, помешав уже Иоанну III своими постройками. Крепнувшему государству потребовалось расширение «государева двора», соответствовавшего авторитету державы, и монастырское кладбище под окнами великокняжеского дворца никак не соответствовало новому статусу.
И тогда обитель Спаса в 1490 г. была переведена на Васильцев стан, на дальние предместья столицы. Это местечко на берегу Москвы-реки было знаменито тем, что здесь в 1445 г. стоял со своей ратью Василий II Темный, готовый выступить против татарского хана Улу-Махмета, основателя Казанского ханства. По своему новому расположению монастырь стал называться Спас на Новом, или Новоспасским монастырем.
В 1491 г. «повелением великого князя архимандрит Спасский Афонасий заложил церковь каменну на новом Преображении», освященную уже в 1496 г. Одновременно были возведены кельи, трапезная, построены деревянные стены с башнями. Скоро при Спасской обители был устроен приют для бедных и убогих, где они находили пищу и кров.
Монастырь стал важнейшим звеном в оборонительной системе столицы, отражая многочисленные нападения врагов. В XVI в. его стены повидали нашествия крымских татар Девлет-Гирея и Казы-Гирея, а в Смутное время он был разорен поляками.
В царствование Михаила Федоровича Романова обитель возрождается и в ней начинается большое каменное строительство. Этому способствовало, вероятно, и желание царя соорудить в монастыре усыпальницу рода Романовых. В 1497 г. здесь был погребен один из предков Романовых — Василий Юрьевич Кошкин-Захарьин, а Лжедмитрий в 1606 г., желая убедить всех в своей принадлежности к роду Рюриковичей, повелел перенести сюда останки трех сыновей боярина Никиты Романовича Юрьева-Захарьина, выступавших против Годунова. Это были родные братья патриарха Филарета. Над их могилами соорудили первоначально деревянную церковь Знамения Пресвятой Богородицы. Первой постройкой в монастыре стали каменные братские кельи (1622 г.). В 1630— 1640 гг. под руководством известного мастера Федора Коня вокруг монастыря возводятся мощные оборонительные стены с бойницами и башнями. Длина стен по периметру составила почти 800 м, высота более 7 м, а толщина более 2 м. В 1645 г., когда архимандритом монастыря становится Никон, будущий патриарх, старый собор Преображения разбирается «до подошвы» и возводится новый Спасо-Преображенский собор, по образу Успенского собора Московского Кремля. Пятикупольный, четырехстолпный храм, на высоком подклете, стал во многом образцовым для раннего московского зодчества. В подклете была устроена усыпальница Романовых-Юрьевых-Захарьиных, где погребли мать царя Михаила Федоровича — инокиню Марфу. Внутренние стены собора были расписаны библейскими сценами, образами израильских царей, как бы иллюстрируя историю церкви. В южной галерее была изображена родословная великих князей Руси от княгини Ольги до царя Федора Иоанновича. Расписывал собор Федор Зубов с мастерами Оружейной палаты.
В царствование Алексея Михайловича в монастырь был доставлен список с чудотворной иконы из города Хлынова (1647 г.), нынешней Вятки. Нерукотворный образ Спаса стал на многие столетия святыней монастыря, являя многие чудеса исцелений. С этого времени монастырь становится особо посещаемым русскими царями, как для почтения памяти своих предков, так и для молитвенного обращения к этому образу, который в 1758 г. будет установлен в новый резной иконостас. Чудотворная икона бесследно исчезнет в эпоху большевистских гонений.
В 1652 г. в монастыре возводится церковь Николая Чудотворца, на пожертвования князя Якова Черкасского, в дальнейшем дважды перестроенная — в 1673 и 1912 гг. В 1673 г. в обители возводится двухъярусный храм Покрова Пресвятой Богородицы с трапезной.
Новоспасский монастырь на протяжении всей своей истории богато одаривался княжескими и царскими милостями. Его ризница была полна золотой церковной утвари и драгоценных крестов-мощевиков. К 1678 г. за ним числилось 2638 крестьянских дворов, а также многочисленные наделы, мельницы, переправы и рыбные угодья. Из его стен вышли многие известные церковные деятели, патриархи и митрополиты: Никон, Иов, Питирим, Амвросий, Филарет (Дроздов). В 1717 г. настоятель Новоспасского монастыря Досифей был казнен по делу «царевича Алексея», здесь содержались многие бунтовавшие стрельцы и примкнувшие к ересям.
В 1759 г. начинается перестройка монастырской колокольни, возведенной еще патриархом Филаретом в 1622 г. Проект архитектора И.П. Жеребцова в стиле барокко первоначально предусматривал пять ярусов, но возвели только четыре, и то только в 1785 г., когда Екатерина II отпустила средства на завершение строительства. Высота колокольни составила 71 м.
С северо-западной стороны к Преображенскому собору примыкает храм во имя иконы «Знамение», построенный в 1795 г. на средства графа Н.П. Шереметьева. Под алтарем храма была устроена родовая усыпальница Шереметьевых, где упокоилась в 1803 г. и знаменитая актриса Прасковья Жемчугова. На территории монастыря нашла упокоение и внебрачная дочь императрицы Елизаветы Петровны и графа Разумовского инокиня Досифея (Августина Тараканова), над могилой которой в 1900 г. была возведена небольшая часовенка.
Огромное разорение принесло монастырю французское нашествие, когда помимо осквернения храмов, в поисках драгоценностей, было раскопано монастырское кладбище и разворочены старинные склепы. При отходе французов монастырь был подготовлен к взрыву и под храмы подложены пороховые заряды, но этому злодейству не суждено было свершиться. От огромного пожара в монастыре сорвались большие колокола на нижних ярусах колокольни, пробив своды.
Монастырь был закрыт в 1918 г. и превращен в концентрационный лагерь НКВД. Исторический некрополь в 1930 гг. был практически уничтожен полностью. Тогда же территория монастыря была передана в ведение хозяйственного управления НКВД, а в соборном храме расположили архив НКВД Московской области. Но великая история России продолжала мешать строителям новой жизни, и было принято решение о сносе монастыря. Лишь начало войны помешало свершиться черному делу. После войны в нем разместилось объединение «Союзреставрация» с художественно-производственными мастерскими.
В 1990 г. Новоспасский монастырь был возвращен Московской патриархии, которая присвоила ему статус ставропигиального. В 1995 г. сюда был перенесён прах великого князя Сергея Александровича, убитого в 1905 г. террористом Каляевым, а на его могиле воздвигнут воссозданный памятный крест, копия существовавшего в Кремле.
Многие поколения наших благочестивых предков устремлялись в намоленную святыню нашего Отечества, старейшую монашескую обитель столицы Новоспасский монастырь, который издавна зовется «белым голубем Москвы».