Экспедиция Магеллана доказала, что к вожделенным «Островам пряностей», к Молуккам, ведут два пути: испанский, западный — вокруг Южной Америки, португальский, восточный — вокруг Южной Африки. Возник вопрос: кому же должны принадлежать Молукки по папскому разделу мира — Испании или Португалии? Иными словами, так как папа провел демаркационную линию только через Атлантический океан, нужно было определить, как она должна пройти через Тихий океан.
Чтобы разрешить спор, стороны передали его в 1524 г. на обсуждение так называемого Бадахосского конгресса, составленного на паритетных началах: каждое государство послало трех юристов, трех космографов и трех штурманов. Конгресс продолжался 50 дней и не привел к результатам: неизвестны были ни отправной пункт, ни точная длина градуса меридиана и, следовательно, длина большого круга земного шара, ни морские расстояния до Молукк, ни, наконец, их координаты. Расхождения между предложениями обеих сторон доходили до 46°!
После провала Бадахосского конгресса испанцы решили открыто не считаться с португальской монополией на торговлю с «Островами пряностей» и снарядили флотилию из семи судов с командой в 450 человек под начальством знатного рыцаря-монаха Гарсии Хофре Лоайсы, не имевшего опыта дальних плаваний. Главным штурманом был назначен Хуан Себастьян Элькано. Лоайса поднял адмиральский флаг на «Санта-Мария-де-ля-Виктория» (300 т); Элькано находился на «Санкти-Эспиритус» (200 т). Два других корабля имели водоизмещение 170 и 130 т, а три малых судна — 70—80 т. 24 июля 1525 г. флотилия вышла из порта Ла-Корунья, намереваясь повторить путь Магеллана. Элькано, проявивший себя ранее как хороший капитан небольшой «Виктории», оказался плохим помощником неопытного флотоводца Лоайсы. Флотилия, состоявшая из разнотипных судов, двигалась через Атлантический океан очень медленно. В конце 1525 г. близ берегов Патагонии (за 48° ю. ш.) буря разбросала суда. Лоайсе удалось в январе 1526 г. соединиться только с двумя кораблями, а на мысе у входа в Магелланов пролив он подобрал людей с «Санкти-Эспиритус», потерпевшего крушение по вине Элькано.
8 февраля новый шторм обрушился на флотилию. Два малых судна — «Санто Лесмее» под командой Франсиско Осеса (Hoces) и «Санта-Мария-дель-Парраль», капитан Хорхе Нахеро,— были отброшены далеко на юг (к 55° ю. ш.). По докладу Осеса, они видели «конец земли», т. е. либо юго-восточную оконечность главного острова Огненной Земли, либо один из южных островов архипелага, за которым простиралось открытое море. Это было важное открытие. Оказалось, что в Тихий океан можно пройти, минуя извилистый и опасный Магелланов пролив. Но в то время на сообщение Осеса не обратили внимания. Не воспользовались им и Осес с Нахеро: они повернули на север и в середине февраля нашли в устье р. Санта-Крус адмиральский корабль и третье малое судно. Та же февральская буря заставила большие суда выйти из пролива в Атлантический океан. При этом два корабля дезертировали: один пошел на восток к мысу Доброй Надежды и пропал без вести, другой повернул на север, в Бразилию, взял там груз бразильского дерева и прибыл на родину после почти двухлетнего плавания. Только это судно и вернулось в Испанию.
Моряки приступили к ремонту сильно пострадавших судов. Нуждаясь в припасах, они писались главным образом рыбой и тюленьим мясом. В конце марта флотилия снялась с якоря: Элькано перешел на адмиральский корабль. 5 апреля 1526 г. флотилия снова вошла в Магелланов пролив и, пройдя его с довольно подробной описью берегов, вышла через семь недель в Тихий океан (Магеллан же потратил на это четыре недели). Только она повернула к северу, как налетевшая 1 июня 1526 г. осенняя буря у 47° 30' ю. ш. навсегда разлучила все четыре судна. Осес на «Санто Лесмесе» пропал без весги. Как предполагают, он взял курс прямо на Молукки, потерпел крушение у одного из островов Полинезии и погиб со всеми людьми.
Самое маленькое судно «Сантьяго» под командой Сантьяго де Гевары не могло одно пересечь Тихий океан -— не хватило бы провианта. Поэтому Гевара двинулся на север, вероятно, рассчитывая добраться до Панамы. Западное побережье Южной Америки было еще совершенно неизвестно, но Гевара надеялся, что нигде на своем прямом пути на север он не встретит выступов суши, которые ему придется обходить с риском и потерей времени. Так оно и случилось. Его плавание наугад прошло вполне благополучно, ветры оказались попутными. После семинедельного перехода 25 июля Гевара достиг Toy-антепекского перешейка. Он не нанес на карту — да и не имел возможности это сделать — западное побережье Южной Америки. Только однажды, уже под 3° с. ш., за две недели до конца перехода, он видел на востоке какую-то землю за маленьким островом — вероятно, Никарагуа. Но этот поразительный безостановочный переход через океан — от 47°30' ю. ш. до 16° с. ш., более 7 тыс. км — убедительно доказал, что берег Южной Америки нигде не выступает далеко на запад и что, .следовательно, она имеет форму треугольника. На карте Диогу Ри-бейры 1529 г. этот материк изображен, несомненно, с учетом плавания Гевары.
Одинокий адмиральский корабль (вторично после Магеллана) пересек Тихий океан в северозападном направлении. Лоайса умер вскоре после прохождения экватора — 30 июля, Элькано — 6 августа 1526 г. Новый командир Торивъю Алонсо Саласар 21 августа за 14° с. ш. впервые увидел землю, по всей вероятности Таонги или Сибилла, самый северный из атоллов Маршалловых о-вов, а 4 сентября подошел к о. Гуам, где подобрал Гонсало Виго, дезертира с Магелланова «Тринидада». Саласар умер на пути от Гуама к Филиппинам. Заменивший его капитан баск Мартин Инъигес Каркисано достиг Минданао 2 октября, а оттуда повел «Санта-Марию» к Молуккам. Во время перехода через океан из 145 человек экипажа 40 человек умерли от голода и цинги. На о. Тидоре, к западу от Хальмахеры, куда корабль прибыл 1 января 1527 г., испанцы сейчас же начали укрепляться с помощью местных жителей, ненавидевших португальцев. Атаку своих врагов они успешно отбили, но корабль пришел в такое состояние, что о возвращении на родину нельзя было и думать. Вскоре умер и Каркисано, и капитаном стал Эрнандо де ла Торре. Под его командой моряки кое-как держались, ожидая помощи из Испании. Они построили вельбот или бригантину, на которой штурман Урьярте и сопровождавший его Андерс Урданета около 1528 г. совершили полный обход о. Хальмахера.
Хорхе Нахера на каравелле «Парраль» самостоятельно пересек Тихий океан, достиг Филиппин и потерпел крушение к югу от Минданао; часть экипажа спаслась на близлежащем островке.