Из осторожности Магеллан 17 марта перешел от Сиаргао к необитаемому острову Хомонхон, лежащему к югу от большого о. Самар, чтобы запастись водой и дать отдохнуть людям. Жители соседнего островка доставляли испанцам фрукты, кокосовые орехи и пальмовое вино. Они сообщили, что «в этом краю много островов». Магеллан назвал архипелаг Сан-Ласаро. У местного старейшины испанцы видели золотые серьги и браслеты, хлопчатобумажные ткани, вышитые шелком, холодное оружие, украшенное золотом.
Через неделю флотилия двинулась на юго-запад и остановилась у о. Лимасава (10° с. ш., 125° в. д., южнее о. Лейте). К «Тринидаду» подошла лодка. И когда малаец Энрике, раб Магеллана, окликнул гребцов на своем родном языке, они его сразу поняли. Через пару часов прибыли две большие лодки, полные людей, с местным правителем, и Энрике свободно объяснялся с ними.
Магеллану стало ясно, что он находится в той части Старого Света, где распространен малайский язык, т. е. недалеко от «Островов пряностей» или среди них. И Магеллан, побывавший на о. Амбон (128° в. д.) в составе экспедиции А. Абреу, завершил таким образом первое в истории кругосветное плавание.
Правитель острова дал Магеллану лоцманов, которые сопровождали корабли до крупного торгового порта Себу. В журнале Альбо и у Пигафетты появляются новые для европейцев названия островов — Лейте, Бохоль, Себу и т. д. Западноевропейские историки называют это открытием Филиппин, хотя они давно уже посещались азиатскими мореходами, и Магеллан и его спутники видели там китайские товары, например фарфоровую посуду. В Себу они встретили порядки настоящего «цивилизованного» мира. Раджа (правитель) начал с того, что потребовал от них уплаты пошлины. Платить Магеллан отказался, но предложил ему дружбу и военную помощь, если тот признает себя вассалом испанского короля. Правитель Себу принял предложение и через неделю даже крестился вместе со своей семьей и несколькими сотнями подданных. Вскоре были крещены, по утверждению Пигафетты, «все жители этого острова и некоторые с других островов». На о. Себу он беседовал с несколькими арабскими купцами, сообщившими ему сведения о других островах архипелага. В итоге впервые в географический обиход с незначительными искажениями вошли такие названия, как Лусон, Минданао и Суду.
В роли покровителя новых христиан Магеллан вмешался в междоусобную войну правителей островка Мактан, расположенного против города Себу. В ночь на 27 апреля 1521 г. он отправился туда с 60 людьми на лодках, но они из-за рифов не могли подойти близко к берегу. Магеллан, оставив в лодках арбалетчиков и мушкетеров, с 50 людьми переправился вброд на островок. Там, у селения, их ожидали и атаковали три отряда. С лодок начали стрельбу по ним, но стрелы и даже мушкетные пули на таком расстоянии не могли пробить деревянных щитов нападающих. Магеллан приказал поджечь селение. Это разъярило мактанцев, и они стали осыпать чужеземцев стрелами и камнями и кидать в них копья. «...Наши, за исключением шести или восьми человек, оставшихся при капитане, немедленно бросились в бегство... Узнав капитана, на него накинулось множество людей... но все же он продолжал стойко держаться. Пытаясь вытащить меч, он обнажил его только до половины, так как был ранен в руку... Один [из нападающих] ранил его в левую ногу... Капитан упал лицом вниз, и тут его закидали... копьями и начали наносить удары тесаками, до тех пор, пока не погубили... наш свет, нашу отраду... Он все время оборачивался назад, чтобы посмотреть, успели ли мы все погрузиться в лодки» (Пигафетта). Кроме Магеллана, погибли восемь испанцев и четверо союзных островитян. Среди моряков имелось немало раненых. Подтвердилось старое изречение: «Господь бог дал португальцам очень маленькую страну для жизни, но весь мир для смерти».