В центральных областях о. Хонсю племя ямато к середине IV в. создало племенной союз. Территория большей части Хонсю, до 36°30′ с. ш. на севере, о. Сикоку и почти весь о. Кюсю, без районов южнее 32° с. ш., получила название страна Ямато, или просто Ямато. (Название страна Восходящего солнца — Ниппон, Нихон — известно с VI–VII вв.) В первой четверти V в. в Японии появилась китайская письменность, «доставленная» корейскими писцами.
На протяжении восьми столетий основным направлением японской экспансии на о. Хонсю было северное — против коренных жителей Японских о-вов — айнов. Медленно, буквально шаг за шагом, преодолевая их упорное сопротивление, японцы продвигались по Хонсю к северу. В «прифронтовую» полосу стекались безземельные крестьяне, голодающие, любители приключений и легкой наживы.
В 800–803 гг. созданные из них отряды, руководимые Маро Тамура, оттеснили айнов за 40° с. ш. — к северному окончанию Хонсю. Но полностью «очистить» от них остров японцам удалось лишь к 1200 г.
30 мая 713 г. по повелению императора началась первая опись провинций страны, их населения, топографии, животного мира, сопровождавшаяся оценкой урожаев и минеральных ресурсов, а также записью древних легенд. Из этих детальных характеристик административных единиц Японии, получивших название «фудоки», только пять дошли до наших дней — три по о. Хонсю и две по о. Кюсю, законченные в 715–733 гг. Можно допустить, что материалы, имевшиеся в фудоки, были использованы при составлении первой карты главных Японских о-вов. Ее автором считается буддийский монах Босатсу Гюёги, в юности эмигрировавший из Кореи в Японию (конец VII в.). Он много путешествовал по стране, участвовал в строительстве дорог, мостов и каналов. Его карта, законченная до 749 г., не сохранилась.
Опасаясь нападения с севера, со стороны маньчжурских племен, японцы в середине VII в. начали подготовку крупной военной операции. Летом 658 г., согласно «Хронике Японии», адмирал Абе-но-Хирафу, командуя флотом из 200 судов, достиг «острова Эдзо», высадился там и столкнулся с «людьми мисихасе». Большинство историков согласно, что «о. Эдзо» — это о. Хоккайдо. Таким образом, Абе открыл пролив Цугару, отделяющий Хонсю и Хоккайдо. За ним он обнаружил два других острова — «Ватари» и «Херохе», правда, пока не установлено, что это за земли. В марте — апреле 659 г. Абе, захватив юго-западную часть «Эдзо», основал на берегу узкого полуострова военный пост. В апреле — мае 660 г. он вновь прибыл на Хоккайдо и воевал с мисихасе.
Одновременно японцы вели наступление и на юге: около середины VI в. они овладели всем о. Кюсю, а в VII в. впервые достигли о-вов Рюкю, вытянувшихся в виде дуги па 1200 км юго-западнее Японских о-вов. Во второй половине VII в. японское влияние в Корее резко пошло на убыль и связь с Китаем через п-ов Корея стала далеко не безопасной. Тогда правительство Японии обратило внимание на эти острова с субтропическим и тропическим климатом. В 679 г. к о. Танегасима, ближайшему к Кюсю, была направлена исследовательская партия, вернувшаяся в 681 г. с отчетом и картой. В 698 г. на нем высадились войска. В итоге около 100 о-вов Рюкю, включая круппейший о. Окинава, были аннексированы Японией. Они превратились в базу на пути с о. Кюсю к устью р. Янцзы. Интерес к ним был утрачен в IX в., когда уменьшился объем торговли с Китаем.