Путешествия Геродота охватили и Северо-Восточную Африку: он побывал в Кирене, а в 448 или 447 г. до н. э. поднялся по Нилу до о. Элефантина. Его описание этой части материка — смесь опросных сведений и личных впечатлений — первая характеристика рельефа и гидрографии Древнего Египта и территорий к западу от него. Он верно указывает (II, 8), что до 30° с. ш. Египет расположен в низменности, богатой водой.
Севернее страна суживается: с востока ее ограничивают «Аравийские горы», которые «непрерывно тянутся с севера на юг» на 900 км, а с запада — скалистые и «в зыбком песке глубоко погребенные горы». Геродот в общем верно описал Ливию, т е. Северную Африку, считая ее полуостровом Азии (IV, 41, 178, 191): восточная часть Ливии, населенная кочевниками, — «низменная и песчаная» до озера Тритонида (Шот-Джерид, у 34° с. ш. и 8° в. д.); западная часть, занимаемая земледельцами, «гористая [и] лесистая» (Атласские горы).
Используя сведения египетских жрецов, он дает первое описание Сахары (IV, 181, 185): к югу от низменного побережья между Египтом и Гибралтаром раскинулась холмистая песчаная пустыня. О природных свойствах Нила и его истоках Геродот пытался собрать достоверные известия, но узнал очень мало. Интерпретируя эти известия, он придает верхнему Нилу широтное направление течения, т. е. сведения о р. Нигер переносит на Нил, уверенный, что всякая большая река с крокодилами есть Нил. Геродот первый дал краткие достоверные сведения о Куше — стране «долговечных эфиопов» (древнем царстве Судана).