Их католические величества Изабелла и Фердинанд учредили в 1503 году специальную организацию для управления колониями в Новом Свете и контроля над ними, а именно Каса де Контратасьон в Севилье. Организация эта была одновременно торговой биржей и морским управлением, обеспечивающим доход казне и безопасность судов. Это был также центр информации и место встречи спекулянтов и капитанов, отнявшихся за выгодными рейсами.
Поскольку Каса де Контратасьон находилась в Севилье, все суда, следовавшие в Вест-Индию или возвращавшиеся оттуда, должны были заходить в этот порт. Между тем судоходство по Гвадалквивиру стало крайне опасным из-за постоянно менявших свое положение песчаных отмелей. Вместе с тем размеры судов и их осадка неуклонно увеличивались. Нужно было предоставить галионам новый порт приписки – и в 1680 году им стал Кадис, куда в 1717 году переместилась и Каса де Контратасьон.
Чиновники из Каса де Контратасьон вникали в мельчайшие подробности плавания галионов. Они заранее предрешали путь следования, порядок, которого надо было придерживаться в путешествии, и правила на случай сражения. Никаких средств связи на дальние расстояния в те времена не существовало. Только легкие и быстроходные суда поддерживали связь между более крупными и медлительными кораблями, входившими во флотилию. Но лишь при исключительно благоприятных обстоятельствах легким судам удавалось передать приказ, адресованный галионам, или догнать их в пути. Таким образом, чиновники, засевшие в конторах, должны были заранее все предусмотреть. Но чаще всего правила, разрабатывавшиеся людьми, которые ничего не смыслили ни в судоходстве, ни в обстановке, сложившейся в Вест-Индии, приводили к оплошностям.
На этот гигантский и сложный механизм, созданный для того, чтобы обеспечить охрану грузов, механизм, от которого зависела экономическая жизнь Испании, была возложена непосильная для него задача, значительно превосходившая технические возможности того времени. Он нуждался в большем количестве компетентных моряков, которых в Испании не хватало, а главное – в честных чиновниках.