В завоевании Индии и Малакки с 1505 по 1511 г. участвовал бедный португальский дворянин Фернан Магеллан — так его принято называть; подлинная же его фамилия — Магальянш. В 1512 — 1515 гг. он воевал в Северной Африке, где был ранен. Вернувшись на родину, он просил у короля повышения по службе, но получил отказ.
Оскорбленный Магеллан уехал в Испанию и вступил в компанию с португальским астрономом Руй Фалейру, который уверял, что будто нашел способ точно определять географические долготы. В марте 1518 г. оба явились в Севилью в Совет Индии и заявили, что Молукки, важнейший источник португальского богатства, должны принадлежать Испании, так как находятся в западном, испанском полушарии (по договору 1494 г.), но проникнуть к этим «Островам пряностей» нужно западным путем, чтобы не возбудить подозрений португальцев, через Южное море, открытое и присоединенное Бальбоа к испанским владениям.
И Магеллан убедительно доказывал, что между Атлантическим океаном и Южным морем должен быть пролив к югу от Бразилии. Магеллан и Фалейру потребовали сначала тех же прав и преимуществ, какие были обещаны Колумбу. После долгого торга с королевскими советниками, выговорившими себе солидную долю ожидаемых доходов, и после уступок со стороны португальцев с ними был заключен договор: Карл I обязался снарядить пять кораблей и снабдить экспедицию припасами на два года. Перед отплытием Фалейру отказался от предприятия, и Магеллан, несомненно, душа всего дела, стал единоличным начальником экспедиции. Он поднял адмиральский флаг на «Тринидаде» (100 т). Капитанами остальных судов были назначены испанцы: «Сан-Антонио» (120 т) — Хуан Картахена, получивший также полномочия королевского контролера экспедиции; «Консепсьон» (90 т) — Гаспар Кесада; «Виктория» (85 т) — Луис Мендоса и «Сантьяго» (75 т) — Хуан Серрано. Штатный состав всей флотилии исчислялся в 293 человека, на борту находилось еще 26 внештатных членов экипажа, среди них молодой итальянец Антонио Пигафетта, будущий историк экспедиции. Поскольку он не был ни моряком, ни географом, очень важным первоисточником служат записи в судовых журналах, которые Франсиско Алъбо, помощник штурмана, вел на «Тринидаде». В первое кругосветное плавание отправился интернациональный коллектив: кроме португальцев и испанцев, в его состав вошли представители более 10 национальностей.