Карл V Габсбург был реалистически мыслящим человеком. Вопросы веры как таковые, судя по всему, его не слишком интересовали. Если он и воевал с протестантскими князьями в Германии, то только потому, что они угрожали его центральной власти и, в частности, влиянию императора на церковные дела. Кроме того, ему нужна была поддержка папы в борьбе против Франции в бесконечных Итальянских войнах.
Император постоянно искал компромисс, который бы оттолкнул массы верующих от его противников, погасил огонь религиозной вражды. От князей‑протестантов ему нужны были деньги на внешние военные операции. Так, в 1532 г. в Нюрнберге был подписан мир между протестантской и католической партиями, который должен был сохраняться до созыва Вселенского собора. В 1541 г. император подтвердил постановление Нюрнбергского мира, фактически позволив протестантским князьям свободно продолжать реформацию в своих владениях.
Собор был созван в декабре 1545 г. в Триденте. Карл попытался предложить некий средний вариант вероучения, но этому воспротивился и папа, и протестантские князья. Трое из четырех светских курфюрстов уже были убежденными лютеранами. Император попытался справиться с ними силой оружия. В 1546 г. началась так называемая Шмалькальденская война. Момент был выбран удачно, поскольку среди протестантских князей царил раскол. Император объявил, что целью его похода в Германию будет не притеснение веры, а единственно приведение в покорность некоторых князей, которые под прикрытием веры не уважают более ни суда, ни законов, ни императорского сана. В многотысячном императорском войске основу составляли итальянские и испанские наемники. Ульм, Аугсбург, Франкфурт и Страсбург выразили императору свою покорность и уплатили большие штрафы. Герцог Вюртембергский и пфальцграф Рейнский согласились на условия, предложенные победителями. В начале 1547 г. вся Южная и Западная Германия уже подчинялась Карлу, который решил немедленно двинуться на север страны. В битве при Мюльберге имперцы нанесли сокрушительное поражение войскам курфюрста Саксонского. В июне Карлу сдался другой вождь протестантов – пфальцграф Гессенский. В сентябре же Карл созвал рейхстаг в Аугсбурге.
Победы императора обеспокоили папу Павла IV. Он перенес собор из германского Тридента в Болонью, подальше от излишне усилившегося союзника. Поэтому так ожидаемый Карлом процесс примирения протестантов с католиками опять застопорился. Тогда император решил действовать без поддержки понтифика. Рейхстагу было поручено разработать временные условия примирения. Карл V не стал требовать замены протестантского богослужения католическим и возвращения конфискованных церковных имений. Однако от протестантов потребовали подчинения папской власти, восстановления епископств, признания за церковью исключительного права на толкование Священного Писания, почитания икон, восстановления постов и других уступок. Одновременно Карл обещал провести необходимые преобразования в католической церкви. Поиски императором компромисса были отражены в так называемом «Временном аугсбургском постановлении» 1548 г.
В начале 1550‑х годов ситуация опять обострилась. Мориц Саксонский, который был до этого союзником императора (за что и получил вакантное место саксонского курфюрста) примирился с протестантами и повел их армию в Тироль. Это стало для Карла полной неожиданностью. В июне 1552 г. император согласился на мирные переговоры, которые начались в Пассау. Обе партии были уже истощены войной. Мирный договор в Пассау признал право исповедания лютеранства (до окончательного решения вопроса о религии на рейхстаге), а также объявил амнистию вождям Шмалькальденского союза.
В 1554 г. после ряда безуспешных операций во Франции Карл окончательно согласился с условиями принятого в Пассау договора. В следующем году состоялся Аугсбургский рейхстаг, на котором измученный болезнями император уже не присутствовал. Религиозный мир был подписан 25 сентября 1555 г. протестантскими князьями с одной стороны и представителем Карла – с другой. В преамбуле Аугсбургского договора говорилось, что «ради спасения немецкой нации и нашего любезного отечества от конечного разрушения и гибели признали мы за благо вступить в это соглашение». Мир установил полную независимость князей в религиозных вопросах и утвердил за ними право определять религию своих подданных, признал лютеранство официальным вероисповеданием (наряду с католицизмом) и санкционировал секуляризацию церковных имуществ, произведенную до принятия мирного договора в Пассау. Для духовных княжеств запрещалось изменение веры.
С одной стороны, Аугсбургский религиозный мир прекратил войны между немецкими протестантами и католиками. Но с другой – он способствовал усилению власти территориальных князей, в то время как в других могущественных государствах укреплялся абсолютизм.
Один из английских историков справедливо отмечал, что Аугсбургский мир имел ограниченный характер. Главная его черта в том, что он являлся соглашением между германскими самодержавными монархами. Веротерпимость распространялась исключительно на князей, которым была предоставлена свобода искоренять значительную часть своих подданных, отказывавшихся признать религию, предписанную им государством. Соглашением признавались только католицизм и лютеранство, все остальные вероисповедания исключались из сферы его действия. Попытка пересмотра Аугсбургского религиозного мира привела к Тридцатилетней войне, итоги которой подтвердили положения этого договора. Южная Германия осталась в основном католической, Северная – протестантской, причем на северо‑востоке господствовало лютеранство, а на северо‑западе преобладал кальвинизм.