Клуб основан в 1942 году. Победитель Кубка Либертадорес 1989 г., 2-кратный победитель Кубка Мерконорте, 2-кратный победитель Межамериканского кубка, 10-кратный чемпион Колумбии.
По сравнению с другими южноамериканскими странами Колумбия с футболом слегка припозднилась. Колумбийская федерация футбола образовалась только в 1924 году и еще 12 лет не входила в ФИФА. Многие колумбийские клубы появились только в 30–40-х годах. А в конце 1940-х годов в колумбийском футболе начался удивительный период, который называется Эльдорадо. Тогда колумбийские магнаты (некоторые из них имели отношение к наркоторговле) решили превратить национальный чемпионат в сверхприбыльное предприятие, а для этого переманить в клубы Колумбии лучших футболистов других стран.
Подходящим поводом для этого оказалась забастовка, которую в 1949 году объявили футболисты Аргентины, недовольные зарплатой. Многие из них с удовольствием приняли предложения колумбийских клубов, посуливших сказочные гонорары, но переходам воспротивилась ФИФА. Тогда в Колумбии для проведения чемпионатов страны была создана футбольная лига Ди Майор, объявившая о неподчинении ФИФА, и в эту страну, уже не заботясь о юридических деталях, в массовом порядке стали приезжать лучшие футболисты со всей Южной Америки.
ФИФА в свою очередь наказала Колумбию, «отлучив» ее от участия в любых международных турнирах, но национальный чемпионат стал одним из сильнейших в мире. Матчи с участием футбольных звезд, теперь игравших к колумбийских клубах, собирали полные стадионы. В клубах «Мильонариос» и «Депортиво Кали» теперь играли почти исключительно аргентинцы, в «Кукута Депортиво» — уругвайцы. Кроме того, в колумбийских клубах появились футболисты из Англии и Шотландии.
Этот золотой период закончился в середине 1950-х годов, когда президент лиги Ди Майор Альфредо Сеньор, который одновременно был президентом сильнейшего в ту пору колумбийского клуба «Мильонариос», уладил свои отношения с руководством ФИФА. К этому времени уже многие другие клубы мира платили игрокам хорошие деньги, и начался обратный отток лучших футболистов из Колумбии. Тем более что в этой высокогорной стране играть в футбол было тяжелее, чем в других, более привычных местах. Столица страны Богота, например, располагается в Восточных Кордильерах на высоте 2600 метров.
И как раз тогда, когда золотое время Эльдорадо уже заканчивалось, чемпионом страны впервые стал клуб из города Медельин «Атлетико Насьональ», рассчитывающий в основном не на зарубежных звезд, а на собственных футболистов. В дальнейшем именно ему предстояло стать самым успешным клубом Колумбии в международных турнирах.
Впрочем, в 1954 году до этого было еще очень далеко. Да и национальный чемпионат в следующий раз клуб из Медельина, второго по величине города Колумбии, выиграл только через 19 лет. Потом еще через 5, в 1981 году. После этих побед «Атлетико Насьональ» вступал в борьбу за Кубок Либертадорес, но неудачно. Первый раз, в 1977 году, не вышел из группового турнира, заняв в своей группе последнее место. В 1982 году поднялся в группе уже на второе место, но чтобы пройти дальше, надо было занять первое.
Другие колумбийские клубы в эти 70–80-е годы были в Кубке Либертадорес удачливее, правда, относительно. «Депортиво Кали» в 1978 году сумел даже дойти до финала, но здесь был разгромлен аргентинским клубом «Бока Хуниорс». А колумбийский клуб «Америка» из того же города Кали в 1984–1986 годах играл в финалах трижды подряд и последовательно терпел поражения от других клубов Аргентины — «Индепендьенте», «Аргентинос Хуниорс» и «Ривер Плейт».
Наконец, в 1989 году «Атлетико Насьональ» вновь вступил в борьбу за Кубок Либертадорес на правах второго призера чемпионата Колумбии, причем сразу попал в одну группу с чемпионом своей страны, которым был столичный «Мильонариос». Первый матч между колумбийскими клубами закончился вничью — 1:1, во втором победил «Мильонариос» — 2:0. В следующий раунд прошли оба клуба — «Мильонариос» с первого места, «Атлетико Насьональ» со второго. Оба клуба благополучно прошли и второй раунд, где игры уже шли на выбывание, но судьба вновь свела их в четвертьфинале. И теперь чемпиону Колумбии пришлось уступить второму призеру: на своем поле «Атлетик Насьональ» выиграл — 1:0, а в Боготе сыграл вничью — 1:1.
Полуфинал против уругвайского клуба «Данубио» дался колумбийцам удивительно легко. На чужом поле они сыграли вничью — 0:0, а на своем забили уругвайцам шесть сухих мячей. Но в финале, где «Атлетико Насьональ» играл против парагвайской «Олимпии», борьба шла до последней секунды.
Первый матч в столице Парагвая Асунсьоне выиграли хозяева — 2:0. В Боготе (ответный матч игрался в столице Колумбии, потому что домашний стадион «Атлетико» вмещал меньше 50 тысяч зрителей) с таким же счетом победил колумбийский клуб. Все решалось в серии пенальти.
Первым бил защитник «Насьоналя» Андрес Эскобар — гол. Парагваец Рауль Альмейда пробил мимо ворот. К четвертому удару счет был 3:2 в пользу колумбийцев, но тут промахнулся Рене Игита, а парагваец Рауль Амарилья был точен. Счет стал 3:3. Дальше зрители увидели редкое зрелище: по три раза промахнулись футболисты обеих команд. Наконец, бивший девятым колумбиец Леонель Альварес все же попал в ворота, а футболист «Олимпии» Виаль Санабрия вновь промахнулся.
Так в этой борьбе нервов «Атлетико Насьональ», к восторгу всей страны, стал первым колумбийским клубом, выигравшим Кубок Либертадорес. И в его составе не было ни одного футболиста-легионера.
В следующем году колумбийский клуб выиграл свой второй международный трофей, пусть и менее престижный — Межамериканский кубок, который разыгрывают победители Кубка Либертадорес и Лиги чемпионов КОНКАКАФ (клубного чемпионата для стран Северной и Центральной Америки и Карибского бассейна). Во второй раз «Атлетико Насьональ» завоевал уже в 1997 году. Кроме того, на счету клуба две победы в Кубке Мерконорте — этот ежегодный турнир для клубов стран северной части Южной Америки разыгрывался в 1998–2001 годах.
И пока с этими пятью трофеями «Атлетико Насьональ» остается самым успешным колумбийским клубом в международных турнирах. Но в 2004 году Кубок Либертадорес уже сумел завоевать и другой клуб — «Онсе Кальдас» из города Манисалес, центра выращивания колумбийского кофе. А «Атлетико Насьональ» в 1995 году имел возможность выиграть самый престижный клубный турнир Южной Америки во второй раз, но в финале уступил бразильскому клубу «Гремио».