Клуб основан в 1904 году. 2-кратный победитель Кубка европейских чемпионов, 32-кратный чемпион Португалии, 27-кратный победитель Кубка Португалии, 4-кратный победитель Суперкубка Португалии, 3-кратный победитель Кубка португальской лиги.
У входа на лиссабонский «Эштадиу да Луж», где играет «Бенфика», стоит статуя Эйсебио. Не так уж часто люди удостаиваются прижизненных памятников, но кто, и уж, конечно, не поклонники «Бенфики», усомнится в том, что великий футболист, принесший особую славу этому клубу в 60-х годы прошлого века, заслуживает такой чести. Хотя и в другие времена «Бенфика» добивалась немалого, и всегда в ее составе играли великолепные футболисты. А в числе ее тренеров были и Свен-Ёран Эрикссон, и Джованни Трапаттони, и Бела Гуттманн.
История лиссабонского клуба начинается в 1904 году, когда группа энтузиастов футбола вызвала на матч другую группу таких же энтузиастов. Футбольных полей в столице Португалии тогда еще не было, матч провели на одном из городских пустырей. После этого одна из этих двух команд официально зарегистрировала спортивный клуб под названием «Спорт Лиссабона». Через некоторое время, слившись с другим спортивным клубом, он и обрел свое теперешнее название — Сан-Домингуш-де-Бенфика это один из районов Лиссабона.
Как и «Порту», а также еще шесть португальских клубов, в 1933 году «Бенфика» вошла в Первую лигу, которая провела 4 чемпионата страны, пусть пока еще неофициальных. Первым чемпионом в сезоне 1933–1934 годов стал «Порту», но затем трижды подряд побеждала «Бенфика». Когда в 1938 году был образован Первый дивизион, дважды подряд уже официальным чемпионом страны вновь стал «Порту». Ну а затем целые десятилетия основным соперником «Бенфики» в национальных первенствах был другой столичный клуб — «Спортинг».
Самая славная страница в истории «Бенфики» началась в конце 50-х годов, когда клуб возглавил великий тренер, венгр по происхождению, Бела Гуттманн. На своем веку он тренировал клубы Австрии, Голландии, Венгрии, Румынии, Бразилии, Италии и почти везде добивался успеха, хотя, как правило, работал в клубах не больше одного сезона. В «Бенфику» он пришел в 1959 году, после того как один сезон работал… в «Порту». По своему обыкновению, за сезон Гуттманн вывел «Порту» в чемпионы (после ухода Гуттманна в следующий раз этот клуб стал чемпионом только… через 19 лет).
Зато в «Бенфике» Гуттманн впервые и один-единственный раз за всю свою карьеру задержался на целых три сезона, но какие это были сезоны! В 1959–1960 годах Гуттманн привел клуб к званию чемпиона Португалии — первому за последние 3 года. В следующем сезоне «Бенфика» снова стала чемпионом страны, но еще важнее была ее первая победа в Кубке европейских чемпионов. В финальном матче со счетом 3:2 была обыграна «Барселона».
В том же 1961 году в клубе стараниями Гуттманна появился юный футболист Эйсебио, привезенный из Мозамбика. Еще в XVIII веке эти благодатные африканские места, лежащие напротив Мадагаскара, стали колонией Португалии. Так продолжалось и в годы юности Эйсебио, родившегося в нищей семье, где кроме него самого были еще восемь сыновей. Однако в середине XX века португальцы вывозили в метрополию уже не только золото и слоновую кость, но и талантливых черных футболистов, игра которых приносила ведущим клубам Португалии огромные доходы.
Когда девятнадцатилетний Эйсебио появился в «Бенфике», ядро ее составляли именно африканцы с португальскими именами — голкипер Кошта Перейра, центральный нападающий и капитан команды Жозе Агуаш и еще два нападающих — Жоакин Сантана и Марио Колуна. Но величайшим из всех футболистов-африканцев «Бенфики» суждено было стать Эйсебио.
Он пришел в команду, не только владея всеми футбольными премудростями, но и отлично и разносторонне подготовленным физически. Баскетбол, которым он увлекался помимо футбола, научил его пластично передвигаться по полю без мяча. Увлекался он также легкой атлетикой и пробегал стометровку за 10,8 секунды.
Весной 1962 года «Бенфика» вновь вышла в финал Кубка европейских чемпионов. Финальный матч проходил в Амстердаме, противником португальцев был на этот раз великолепный мадридский «Реал». Он побеждал в этом турнире, начиная с 1956 года, 5 раз подряд и впервые оступился только в сезоне 1960–1961 годов. Столь впечатляющую серию непрерывных побед в розыгрыше Кубка европейских чемпионов, который теперь называется Лигой чемпионов, до сих пор не смог повторить ни один из клубов.
Финал складывался для «Бенфики» непросто, на поле блистали великолепные мастера «Реала». Знаменитый венгр Пушкаш забил в этом матче в ворота португальцев три гола. Но у «Бенфики» был Эйсебио, раз за разом оказывающийся на острие атаки после блистательных индивидуальных проходов. Его вдохновенную игру поддерживала вся команда. Матч закончился со счетом 5:3 в пользу «Бенфики», два мяча забил Эйсебио. Так «Бенфика» завоевала Кубок европейских чемпионов второй раз подряд. Правда, дважды подряд в эти годы она проиграла матчи за Межконтинентальный кубок — в 1961 году уругвайскому «Пеньяролю», а в 1965 году бразильскому «Сантосу», в котором тогда играл Пеле.
Но как бы то ни было, неугомонный тренер Бела Гуттманн сразу после своей второй победы в Кубке европейских чемпионов покинул «Бенфику» и перебрался в «Пеньяроль», где провел один сезон и сразу же выиграл чемпионат Уругвая.
А «Бенфика» без него в 1963 году в третий раз подряд вышла в финал Кубка европейских чемпионов, но теперь последовала неудача: проигрыш «Милану» — 1:2. Единственный мяч португальской команды тем не менее записал на свой счет Эйсебио. В 1965 году он получил «Золотой мяч» как лучший футболист Европы.
С тех пор раз за разом «Бенфика» продолжала выигрывать титулы чемпиона Португалии — 7 побед в 60-е годы, 6 — в 70-е годы, уже без Эйсебио, закончившего футбольную карьеру. 5 побед в 80-е годы, и это не считая выигранных же в эти годы Кубков Португалии.
А вот в европейских турнирах с тех пор «Бенфике» поразительно не везет. Существует легенда, что Бела Гуттманн, «сглазил» клуб, когда уходил из него в «Пеньяроль», заявив, что «Бенфика» никогда больше не будет выигрывать европейских турниров. Суеверия суевериями, но результат налицо: после Гуттманна «Бенфика» еще 5 раз играла в финале Кубка европейских чемпионов, но всегда терпела поражения: в 1963 году от «Милана», в 1965 году от миланского «Интера», в 1968 году от «Манчестер Юнайтед», в 1988 году от ПСВ «Эйндховен», в 1990 году снова от «Милана». Кроме того, в 1983 году «Бенфика» дошла до финала Кубка УЕФА, но и здесь проиграла бельгийскому «Андерлехту».
С середины 1990-х годов клуб переживал долгий кризис и лишь в 2004 году сумел вновь выиграть Кубок Португалии, а в следующем после одиннадцатилетнего перерыва стать чемпионом страны. Зато в сезоне 2009–2010 годов «Бенфика» выиграла сразу 3 трофея — звание чемпиона Португалии, Суперкубок страны и Кубок португальской лиги. В сезоне 2010–2011 «Бенфика» опять завоевала Кубок лиги.