Клуб основан в 1894 году. Победитель Кубка КОНМЕБОЛ 1993 г., чемпион Бразилии 1995 г., победитель Кубка Бразилии 1968 г., 20-кратный чемпион штата Рио-де-Жанейро, 4-кратный победитель турнира Рио — Сан-Паулу.
Человека, не сведущего в истории бразильского футбола, перечень титулов, выигранных клубом «Ботафого» из Рио-де-Жанейро, может удивить. Чемпионом страны он был только однажды, Кубок страны тоже завоевывал только раз, а между тем принадлежит к числу самых знаменитых клубов футбольной «сверхдержавы», какой давно по праву считается Бразилия. Поэтому прежде всего стоит, пожалуй, вспомнить, как вообще начинался бразильский футбол.
Основоположником его считается человек по имени Чарльз Миллер. Он родился в Сан-Паулу в семье английских иммигрантов, а в 80-х годах XIX века уехал на свою историческую родину учиться и одновременно стал играть в футбол за клуб «Саутгемптон». Когда 10 лет спустя Миллер вернулся в Бразилию, то привез два футбольных мяча. Он приложил немало усилий, пропагандируя Великую игру и уговаривая рабочих и служащих Газовой компании, отделения Лондонского банка и железнодорожного управления Сан-Паулу организовать свои футбольные команды. В апреле 1894 года состоялся первый матч по всем правилам, в котором «железнодорожники» встретились с «газовиками» и победили — 4:2.
В этих командах играли почти одни англичане. Но поскольку в Сан-Паулу обосновалось также немало немцев, они основали свой футбольный клуб «Жермания». Вскоре появился еще один «английский» клуб, который стал называться «Сан-Паулу». В 1898 году был основан первый клуб, где играли одни коренные бразильцы — «Спортивная академия колледжа Макензи». Потом другой — «Паулистано». Вскоре была образована футбольная лига Сан-Паулу, и вошедшие в нее команды начали разыгрывать чемпионат штата Сан-Паулу, который называется Лига Паулиста. Первый из них состоялся в 1902 году.
Как и во многих других странах, раз попав на бразильскую землю, Великая игра стала распространяться со скоростью эпидемии. В Бразилии, может, даже быстрее, потому что этому способствовал теплый климат, позволяющий играть круглый год. Вскоре, подражая взрослым, сотни тысяч, а потом уже и миллионы бразильских мальчишек, и белых, и черных, с упоением гоняли мяч на пустырях и пляжах. Правда, настоящие футбольные мячи тогда стоили баснословных денег, но ребятишки наловчились играть… надутыми бычьими мочевыми пузырями, благо их без проблем можно было достать на ближайшей скотобойне. И каждый из этих юных футболистов, многие из которых становились настоящими виртуозами в своих дворовых командах, мечтал попасть в настоящий футбольный клуб, число которых росло в геометрической прогрессии. Удавалось это, конечно, далеко не всем, но и теперь как раз из таких бразильских мальчишек, уже в раннем детстве ставших мастерами в обращении с мячом, вырастают футболисты, пополняющие лучшие футбольные клубы мира.
Что касается взрослого футбола Бразилии начала XX века, то вслед за Сан-Паулу собственная футбольная лига была основана в штате Рио-де-Жанейро, и там с 1906 года стали разыгрывать свой собственный чемпионат, который называется Лига Кариока. Другие штаты — Риу-Гранди-ду-Сул, Мату-Гроса, Парана и другие — не отставали, хотя чемпионаты Сан-Паулу и Рио-де-Жанейро оставались сильнейшими. Как бы то ни было, в каждом штате была собственная футбольная федерация, и отношения между ними были сложными. Конфедерация бразильского футбола ничего не могла с этим поделать, и поэтому о проведении единого чемпионата Бразилии долгое время никто не помышлял. Некоторым шагом к нему разве что стал турнир Рио — Сан-Паулу, в котором участвовали лучшие клубы двух сильнейших бразильских лиг. Впервые он был проведен в 1933 году, но только с 1951 года стал регулярным.
В 1960 году перед бразильским футболом встала проблема. Тогда был учрежден Кубок Либертадорес, который должны были разыгрывать между собой чемпионы южноамериканских стран — аналог Кубка европейских чемпионов. Победителям южноамериканского и европейского кубков предстояло разыгрывать между собой Межконтинентальный Кубок. Но какой из бразильских клубов должен представлять страну в Кубке Либертадорес, было неясно — ведь в разных лигах были свои чемпионы. И поначалу в клубный чемпионат Южной Америки делегировался победитель Кубка Бразилии, который разыгрывался с 1959 года. Это был первый общенациональный футбольный турнир.
В 1967 году впервые был разыгран Кубок Робертао. По сути, он представлял собой тот же турнир Рио — Сан-Паулу, к которому добавились сильнейшие клубы других бразильских штатов. Теперь в Кубке Либертадорес играл победитель Кубка Робертао. Сам же этот турнир стал серьезным шагом к началу регулярных общенациональных чемпионатов. Первый из них наконец был разыгран в 1971 году. Вместе с тем продолжались и чемпионаты отдельных штатов, так что многим клубам приходилось и до сих пор приходится сражаться на два фронта.
Мягко говоря, поначалу национальные чемпионаты не отличались особенным порядком. Из-за разногласий между футбольными федерациями разных штатов, а также руководством клубов, Конфедерация бразильского футбола не раз меняла формулы проведения и количество участников. В любом случае формулы были сложными: сначала по круговой системе проводились сразу нескольких турниров, победители которых вступали в борьбу уже по олимпийской системе. Постоянные раздоры привели к тому, что в 1987 году 13 сильнейших футбольных клубов даже отделились от Конфедерации бразильского футбола и провели свой собственный чемпионат, куда более интересный, чем проходивший параллельно официальный чемпионат Бразилии.
Но постепенно в футбольном хозяйстве страны наступал порядок, и наконец с 2003 года чемпионат Бразилии стал разыгрываться, как положено, по двухкруговой системе. Как бы то ни было, у одного из старейших клубов Бразилии «Ботафого» в общенациональных чемпионатах победа пока только одна, одержанная в 1995 году, зато девятнадцать побед в чемпионате штата Рио-де-Жанейро и четыре в турнире Рио — Сан-Паулу. Еще в его активе несколько миллионов болельщиков и славная история — ведь в «Ботафого» в разные времена играли Гарринча, Диди, Жерсон, Жаирзиньо, Брито, Бебето, Загало, Нилтон Сантос. Уж эти-то имена футболистов, игравших за сборную Бразилии и становившихся чемпионами мира, известны всем — даже тем, кто не слишком знаком с запутанной историей бразильских национальных чемпионатов.
Впрочем, и история самого «Ботафого» тоже не отличается простотой. Официальной датой его создания считается 1 июля 1894 года, когда в Рио был основан спортивный клуб, получивший название «Клуб Регат “Ботафого”». Уже по названию можно понять, что спортсмены, жившие в квартале Ботафого, занимались не футболом, а греблей и парусным спортом, благо рядом был залив Гуанабара. Но в 1904 году в этом же районе появился и самостоятельный футбольный клуб «Ботафого», который через три года уже выиграл свой первый титул чемпиона штата Рио-де-Жанейро.
К 1942 году таких титулов было уже восемь, и как раз в том году «моряки» и футболисты, жившие в одном квартале, решили объединиться в Футбольный и Регатный клуб «Ботафого» с общим руководством и юридическим статусом. В честь этого события между «моряками» и футболистами был проведен матч в нейтральном виде спорта — баскетболе. С тех пор одни члены клуба продолжали соревноваться на воде, а другие на зеленом поле, но постепенно на первый план стала выходить футбольная слава клуба «Ботафого».
Правда, после того как в 1968 году клуб в очередной раз завоевал титул чемпиона штата Рио-де-Жанейро, а заодно в первый раз и Кубок Бразилии, удача от него надолго отвернулась. За три года до этого из «Ботафого» ушел великий Гарринча, и игра клуба быстро начала тускнеть. В следующий раз «Ботафого» стал чемпионом штата только через двадцать один год. Затем последовали несколько удачных лет, в 1993 году клуб даже выиграл Кубок КОНМЕБОЛ. Этот турнир проводился с 1992 по 1999 год и представлял собой аналог Кубка УЕФА, а с 2002 года вместо него разыгрывается Кубок Южной Америки, в котором тоже участвуют клубы, не попавшие в Кубок Либертадорес.
Увы, с началом XXI века в клубе вновь наступил упадок, и в 2002 году он опустился во вторую бразильскую серию «В». Но чтобы вернуться в футбольную элиту, «Ботафого» потребовался только год. А в 2006 и 2010 годах клуб вновь был чемпионом штата Рио-де-Жанейро.