Клуб основан в 1895 году. Победитель Кубка Либертадорес 1981 г., победитель Межконтинентального кубка 1981 г., 6-кратный чемпион Бразилии, 2-кратный победитель Кубка Бразилии, победитель Суперкубка Бразилии 1992 г., 32-кратный чемпион штата Рио-де-Жанейро, победитель турнира Рио — Сан-Паулу 1961 г.
История появления клуба «Фламенго» очень сходна с историей «Ботафого» — «Фламенго» тоже начинался как яхт-клуб. Это лишний раз свидетельствует, что в конце XIX века в Рио-де-Жанейро огромной популярностью пользовался парусный спорт, благо стоит город на берегу Атлантического океана. Но Бразилия очень быстро становилась футбольной страной, и при яхт-клубе «Фламенго», основанном на год позже «Ботафого», появилась футбольная команда. В 1912 году она дебютировала в чемпионате штата Рио-де-Жанейро, а уже через два года впервые стала чемпионом.
Тогда же определился главный соперник «Фламенго» на многие десятилетия — все тот же клуб «Ботафого». Первая встреча между ними завершилась победой «Ботафого» со счетом 1:0. С тех пор встречи между этими клубами всегда вызывали огромный интерес, и на трибунах не оставалось свободных мест. Поклонников между тем у «Фламенго» становилось все больше, тем более клуб было за что любить. В 1915 году он во второй раз подряд стал чемпионом штата, не потерпев при этом ни одного поражения. В следующий раз, правда, успех пришел только через пять лет, зато футболисты опять прошли весь турнир без поражений. Забегая вперед, надо сказать, что в наше время «Фламенго» считается самым популярным бразильским клубом: подсчитано, что за него болеют больше 44 миллионов бразильцев.
В 20–30-е годы популярности клуба, особенно у миллионов черных болельщиков, способствовала не только игра, но и демократичность руководства «Фламенго». Не секрет, что тогда во многих клубах, как и в сборной Бразилии, недолюбливали «цветных», но как раз во «Фламенго» блестяще играл негр Леонидас да Сильва, вошедший в футбольную историю как просто Леонидас. Именно он был первым в плеяде великих бразильских футболистов XX столетия.
Сама судьба его показательна: сменив несколько заурядных бразильских клубов, одаренный чернокожий нападающий уехал в Уругвай, чтобы играть в «Пеньяроле». Только после этого на него обратили внимание тренеры сборной Бразилии, вместе с которой он поехал на чемпионат мира 1934 года. Формула розыгрыша тогда была такова, что бразильцы, в первом же матче проиграв испанцам, сразу уехали домой. Между тем единственный бразильский гол забил Леонидас. После чемпионата одно время он играл за бразильский клуб «Васко да Гама», потом за «Ботафого», но там его судьба не складывалась — именно потому, что игроки, да и тренер недолюбливали «цветных».
Наконец, «Ботафого» за чисто символическую плату уступил Леонидаса «Фламенго», который оказался куда более терпимым к цвету кожи выдающегося футболиста. Во «Фламенго» Леонидас играл с 1936 по 1942 год. И свою необыкновенную славу он обрел именно в этом клубе.
За удивительную пластичность болельщики прозвали его «резиновым». Кроме того, у него было футбольное хитроумие, позволяющее принимать решения, предугадать которых соперник был не в состоянии. Вдобавок прекрасная скорость, не говоря уж о технической оснащенности. Техникой в Бразилии никого особенно не удивишь — виртуозное обращение с мячом здесь подразумевается само собой. Но Леонидас первым продемонстрировал футбольному миру удары через себя в падении, которые в Бразилии окрестили «бисиклетами».
Слава Леонидаса приумножилась после чемпионата мира 1938 года, проходившего во Франции, несмотря на то что сборная Бразилии смогла дойти только до полуфинала, где проиграла итальянцам — 1:2. В итоге сборная Италии во второй раз подряд стала чемпионом мира, а бразильцы оказались только бронзовыми призерами, обыграв в матче за третье место сборную Швеции — 4:2. Но Леонидас блистал на чемпионате, как ни один другой нападающий, и стал в итоге лучшим бомбардиром, забив 8 мячей. А за время выступлений за «Фламенго» Леонидас помог своему клубу выиграть еще два чемпионата штата Рио-де-Жанейро.
«Фламенго» продолжал выигрывать эти титулы и в 50-х, и в 60-х, и в 70-х годах, уже заметно опережая по числу побед своего извечного соперника «Ботафого». Однако самый громкий успех пришел к клубу в 80-х годах, и он был связан с именем другого великого футболиста — Зико, которому болельщики дали прозвище Белый Пеле. Зико и в самом деле манерой обращения с мячом напоминал Пеле, умел совершать феерические индивидуальные проходы, а вдобавок великолепно видел поле и мог отдать неожиданный длинный пас партнеру, выводя его на ударную позицию. У него был великолепный удар с обеих ног, а вдобавок он изумительно играл головой, зачастую опережая высокорослых защитников. Особенно же Зико славился исполнением штрафных ударов с расстояния в 20–25 метров. Когда он подходил к мячу, трибуны вставали, ожидая неминуемого гола.
В юношескую школу «Фламенго» Зико пришел двенадцатилетним мальчишкой, с 1971 года, когда ему было всего восемнадцать лет, стал выходить на поле в составе главной команды. В 1974 году он забил за сезон 49 голов — это было высшее достижение за всю историю клуба «Фламенго». Вскоре Зико стал постоянно выступать за сборную страны. А со своим родным клубом он выиграл несколько чемпионатов штата и наконец в 1980 году впервые стал чемпионом Бразилии. Этот успех «Фламенго» повторил в 1982 и 1983 годах. В промежутке же, в 1981 году, добился еще большего.
Сначала «Фламенго» выиграл Кубок Либертадорес, победив чилийский клуб «Кобрелоа». Матчи на своем и чужом поле закончились вничью, по действующему тогда регламенту пришлось проводить третий матч на нейтральном поле в Монтевидео, и только теперь победа пришла к «Фламенго». Из четырех забитых бразильцами во всех финальных матчах мячей все четыре были на счету Зико. Справедливости ради надо сказать, что последний матч выдался исключительно грубым, судья удалил с поля пятерых футболистов обеих команд.
В том же году «Фламенго» выиграл и Межконтинентальный кубок, победив в Токио английский «Ливерпуль» — 3:0. В токийском матче, прошедшем, напротив, очень корректно, Зико голов не забивал, но его блестящая игра произвела на японцев неизгладимое впечатление.
С тех пор «Фламенго» еще трижды становился чемпионом Бразилии, последний раз в 2009 году, еще несколько раз выигрывал чемпионат штата Рио-де-Жанейро, став по числу побед — 32 — рекордсменом. В последний раз чемпионом штата клуб был в 2011 году. Кроме того, «Фламенго» дважды выиграл Кубок Бразилии и один раз Суперкубок страны.