Клуб основан в 1902 году. 2-кратный чемпион Бразилии, победитель Кубка Бразилии 2007 г., 30-кратный чемпион штата Рио-де-Жанейро, победитель Кубка Робертао 1970 г., 2-кратный победитель турнира Рио — Сан-Паулу.
«Флуминенсе» вместе с клубами «Ботафого», «Фламенго» и «Васко да Гама» входит в «большую четверку» чемпионата штата Рио-де-Жанейро. Встречи между этими клубами — самые принципиальные во всем бразильском футболе. В 1963 году матч между «Флуминенсе» и «Фламенго» собрал на стадионе «Маракана» рекордное для клубных команд число зрителей — 177 656. Еще трижды на матчи этих двух клубов приходили более 150 тысяч зрителей. А встречи «Флуминенсе» с «Ботафого» — старейшее дерби Бразилии. Первый матч клубы провели в 1906 году, во время первого чемпионата штата Рио-де-Жанейро.
На популярности «Флуминенсе» никак не сказывается то, что, в отличие от трех своих главных соперников клуб пока не выиграл ни одного международного турнира. Зато по числу побед в чемпионате штата Рио-де-Жанейро «Флуминенсе» лишь на одну отстает от «Фламенго». К тому же именно «Флуминенсе» в 1906 году стал первым чемпионом штата, а затем выиграл подряд еще три чемпионских титула.
Из всей «большой четверки» Рио-де-Жанейро клуб «Флуминенсе» самый младший — основан в 1902 году, и на этот раз парусный спорт не имел к истории его основания никакого отношения: клуб с самого начала своей истории был футбольным. Это лишнее свидетельство тому, что в Бразилии именно футбол быстро становился спортом номер один.
Если «Васко да Гама» изначально был клубом португальским, то «Флуминенсе» — английским: его основал весьма состоятельный англичанин Артур Кокс. Большинство футболистов поначалу тоже составляли англичане. Поэтому за «Флуминенсе» сразу же стали болеть богатые англичане-аристократы, каких в Рио-де-Жанейро начала XX века было немало. А среди любителей футбола попроще клуб быстро получил насмешливое прозвище «пудра для лица». Дело в том, что аристократы того времени завели моду пудриться, чтобы в жару на лицах не так был заметен пот. Мода со временем прошла, но теперь поклонники «Флуминенсе» на матчах любимого клуба покрывают лица белой пудрой, подчеркивая этим свои клубные пристрастия и верность.
Но как бы то ни было, игра клуба не давала поводов для насмешек. В 1924 году «Флуминенсе» стал чемпионом штата Рио-де-Жанейро уже в девятый раз, иными словами, в среднем выигрывал этот титул один раз в два года. Затем, правда, наступил довольно продолжительный спад, но со второй половины 30-х годов «Флуминенсе» снова вернулся на первые позиции бразильского футбола, выиграв с 1936 по 1941 год 5 чемпионатов штата. Этому, конечно, поспособствовало то, что в 1932 году «Флуминенсе» первым из бразильских клубов стал полностью профессиональным.
Разумеется, как и другие клубы «большой четверки» Рио-де-Жанейро, «Флуминенсе» может гордиться целым созвездием блестящих футболистов, выступавших за него в разные годы.
Форвард Адемир стал лучшим бомбардиром чемпионата мира 1950 года, забив 9 мячей. Правда, чемпионами мира тогда бразильцы не стали, хотя чемпионат проходил как раз в Бразилии, проиграв решающий матч на стадионе «Маракана» сборной Уругвая. Но с 1949 по 1956 год в «Флуминенсе» играл знаменитый Диди, которому предстояло стать чемпионом мира в 1958 и 1962 годах. А в 1970 году в сборной Бразилии, завоевавшей титул чемпиона мира в третий раз, выступали Жерсон, Ривелино, Карлос Альберто, вратарь Феликс, судьба которых в той или иной степени также была связана с «Флуминенсе». Уже в 1994 году чемпионами мира стали Бранко и Ромарио. Бранко в то время играл в «Флуминенсе», а Ромарио, сменившему множество клубов, предстояло прийти сюда в 2002 году, уже на закате своей пестрой карьеры.
В 1990-е годы, правда, «Флуминенсе» вновь переживал серьезнейший кризис. Опустившись сначала во вторую Серию B, затем он дошел и до серии C, однако к началу XXI века вернулся в элиту бразильского футбола. А в 2008 году у клуба был шанс впервые выиграть Кубок Либертадорес.
В борьбу за него «Флуминенсе» вступил в качестве победителя Кубка Бразилии 2007 года. Вместе с ним в турнире участвовали еще четыре бразильских клуба, в том числе «Сан-Паулу», чемпион страны 2007 года, и извечный соперник «Флуминенсе» — «Фламенго», третий призер бразильского чемпионата.
После групповых турниров все пять бразильских клубов вышли в одну восьмую финала. Здесь оступились «Крузейро», проигравший оба матча аргентинскому клубу «Бока Хуниорс», и «Фламенго», уступивший по сумме двух матчей мексиканскому клубу «Америка». В четвертьфинале «Флуминенсе» пришлось играть с соотечественниками из «Сан-Паулу». Первый матч был проигран — 0:1, но во втором одержана победа со счетом 3:1. В четвертьфинале выбыл из дальнейшей борьбы и «Сантос», проигравший по сумме двух матчей все той же мексиканской «Америке».
В полуфинале «Флуминенсе» победил «Боку Хуниорс». Первый матч в Буэнос-Айресе завершился вничью — 2:2, дома на «Маракане» встреча закончилась со счетом 3:1. Наконец, пришла пора финальных матчей с эквадорским клубом «ЛДУ Кито».
В столице Эквадора на стадионе «Ла Касса Бланка» победу одержали хозяева поля со счетом 4:2. 2 июля 2008 года на «Маракане» состоялся ответный матч. Первый мяч уже на 6-й минуте забили гости, но к концу второго тайма счет был 3:1 в пользу «Флуминенсе». Таким образом, по сумме двух матчей счет стал ничейным — 5:5.
Увы, по регламенту два мяча, забитые на чужом поле, не давали «Флуминенсе» преимущества. Пришлось играть в дополнительное время, а потом пробивать пенальти.
Футболисты обеих команд нервничали: после того как капитан эквадорцев Уррутия первым ударом поразил ворота, следующие три футболиста, два бразильца и эквадорец, промахнулись. Наконец, после удара Франклина Саласа счет стал 0:2. Только с третьей попытки ворота поразили и бразильцы — 1:2. Вслед за этим бивший у эквадорцев четвертым Хоффре Герон тоже не промахнулся — 1:3. У футболистов «Флуминенсе» еще оставалась надежда, но Вашингтон опять не смог поразить ворота, и Кубок Либертадорес достался эквадорскому клубу. Это была первая победа клуба «ЛДУ Кито» в самом престижном клубном чемпионате Южной Америки. А самым большим достижением «Флуминенсе» в Кубке Либертадорес остался лишь выход в финал этого турнира.
В следующем, 2009 году судьба вновь свела оба клуба в финале Кубка Южной Америки, второго по значимости турнира континента, аналога теперешней Лиги Европы. И вновь победу по сумме двух матчей праздновал эквадорский клуб. Дома он разгромил бразильцев — 5:1, хотя в гостях проиграл со счетом 0:3.
В 2010 году во второй раз за свою историю «Флуминенсе» стал чемпионом Бразилии.