Клуб основан в 1904 году. Победитель Кубка обладателей кубков 1988 г., победитель Суперкубка УЕФА 1988 г., 4-кратный чемпион Бельгии, победитель Кубка Бельгии 1987 г.
Имена футболистов, в разное время выступавших за бельгийский клуб из города Мехелена, что лежит на полпути из Брюсселя в Антверпен, многое скажут любителям футбола. В их числе бельгийцы Марк Вильмотс и Мишель Прюдомм — капитан и вратарь сборной Бельгии, а также голландцы Эрвин Куман и Джон Босман, швед Кеннет Андерссон. Тем обиднее, что в наши дни клуб «Мехелен» продолжает переживать спад и не может конкурировать не только с «Брюгге» и «Андерлехтом», но и с более скромным «Гентом». Впрочем, вся история этого клуба — череда подъемов и спадов.
Первый подъем случился в 1940-е годы. Может быть, не все знают, что в Бельгии футбол не остановила даже Вторая мировая война. Не состоялся лишь чемпионат 1940–1941 годов, но в 1942 году четырнадцать бельгийских клубов вновь разыграли звание чемпиона страны. А в следующем, 1943 году чемпионом впервые стал «Мехелен». Затем он побеждал в 1946 и 1948 годах. Надо, впрочем, учесть, что это были нелегкие для всего бельгийского футбола военные и послевоенные годы, когда многие клубы потеряли своих ведущих футболистов. Затем «Мехелен» слегка отступил — в 1950 и 1951 годах занимал третью строчку, в 1952 году — вторую. Потом последовало крушение: шестнадцатое место в сезоне 1957–1958 годов и вылет во Второй дивизион. Еще через два года 3-кратный чемпион Бельгии опустился уже в Третий дивизион.
Путешествие между дивизионами продолжалось до 80-х годов, пока президентом клуба не стал крупный промышленник, производитель электроники, Джон Кордье. В «Мехелене» появились хорошие футболисты, перестроен был клубный стадион. В сезоне 1982–1983 годов «Мехелен» занял первое место во Втором дивизионе и вернулся в элиту бельгийского футбола. Но настоящий взлет клуба начался только с сезона 1986–1987 годов и связан с именем голландского тренера Аада де Моса. Весной 1987 года «Мехелен» занял второе место вслед за «Андерлехтом» и тогда же в первый раз (пока он и последний) завоевал Кубок Бельгии.
С этой кубковой победы начался великий поход «Мехелена» в европейском клубном турнире — Кубке обладателей кубков. На пути к финалу бельгийский клуб победил «Динамо» из Бухареста, шотландский «Сент-Миррен», «Динамо» из Минска и итальянскую «Аталанту». В финале, состоявшемся 11 мая 1988 года в Страсбурге, соперником «Мехелена» был амстердамский «Аякс», уже завоевавший Кубок обладателей кубков в предыдущем году. Но теперь победа была за «Мехеленом» — исход финала решил единственный мяч, забитый на 53-й минуте голландцем Питом ден Буром. Вратарь «Мехелена» и сборной Бельгии Мишель Прюдомм сохранил свои ворота в неприкосновенности.
Тот 1988 год стал для «Мехелена» поистине золотым временем. Осенью он вступил в борьбу за Суперкубок УЕФА, причем его соперником вновь оказался голландский клуб «ПСВ», владелец Кубка европейских чемпионов. «ПСВ» тогда возглавлял не кто иной, как Гус Хиддинк, и победу заранее отдавали его клубу. Но в первом матче в Мехелене бельгийцы разгромили именитых голландцев со счетом 3:0. Два мяча забил Джон Босман, а третий футболисты «ПСВ» забили в свои ворота. В ответной игре в Эйндховене голландцы сумели победить лишь с минимальным счетом 1:0, и Суперкубок УЕФА впервые достался «Мехелену».
Тогда многие футбольные обозреватели называли завоеванные «Мехеленом» в один год трофеи «бельгийским чудом». А скромный клуб продолжал творить чудеса, правда, уже местного масштаба — в следующем сезоне он в четвертый раз стал чемпионом Бельгии.
Однако на этом чудеса и закончились. Вступив в сезоне 1989–1990 годов в борьбу за Кубок европейских чемпионов, «Мехелен» дошел только до четвертьфинала, где уступил «Милану». Правда, борьба оказалась упорной — первый матч закончился нулевой ничьей, а во втором итальянцы лишь в дополнительное время смогли забить в ворота Прюдомма два сухих мяча. «Милан», кстати, в тот год и стал победителем Кубка европейских чемпионов, победив в финале «Бенфику».
Ну а затем дела «Мехелена» пошли хуже. До 1993 года он, правда, продолжал держаться в первой четверке бельгийского футбола, но потом стал отступать. У президента клуба Джона Кордье начались финансовые проблемы, клубу пришлось расстаться с ведущими игроками. В сезоне 1996–1997 годов «Мехелен» занял семнадцатое место и опустился во Второй дивизион. Два года спустя вернулся в первый, но в сезоне 2000–2001 годов занял в ней последнее место и вновь опустился во Второй дивизион. Теперь, чтобы вернуться, «Мехелену» потребовался лишь один сезон, однако сразу после этого, в 2003 году, клуб был объявлен банкротом и с тех пор играл в Третьем дивизионе.
Только весной 2007 года «Мехелен» сумел наконец вернуться в Лигу Жюпиле, как в Бельгии называется высший дивизион.