Клуб основан в 1946 году. Победитель Кубка Мерконорте 2001 г., 13-кратный чемпион Колумбии.
Единственным международным трофеем, завоеванным «Мильонариосом», остается Кубок Мерконорте. Победа в этом не слишком престижном турнире для клубов стран северной части Южной Америки была одержана командой из Боготы в 2001 году. Кстати, это был последний розыгрыш Кубка Мерконорте, упраздненного не в последнюю очередь потому, что он не пользовался большой популярностью. А последняя победа «Мильонариоса» в чемпионате Колумбии датируется 1988 годом. Между тем в конце 1940-х — начале 1950-х годов он был одним из сильнейших клубов мира. А уж у себя в стране с 1949 по 1953 год «Мильонариос» оставался почти бессменным чемпионом. Один только раз, в 1950 году, этот титул выиграл «Онсе Кальдас» из Манисалеса.
Взлет «Мильонариоса» пришелся на золотую пору, который в историю колумбийского футбола вошел под названием Эльдорадо. Как известно, в это время колумбийская лига Ди Майор объявила о независимости от ФИФА, и в колумбийские клубы стали во множестве приезжать лучшие футболисты не только из Южной Америки, но и из Европы, привлеченные огромными гонорарами. Ну а лучшие из лучших собирались в столичном «Мильонариосе», президент которого Альфредо Сеньор одновременно руководил лигой Ди Майор.
Колумбийские поклонники футбола были в восторге от приобретений, которые тогда делал президент «Мильонариоса». Великого футболиста «Ривер Плейта» Адольфо Педернеру, например, в июне 1949 года в аэропорту Боготы встречали несколько тысяч человек. Им было хорошо известно, что этого футболиста в Аргентине называли «Маэстро», «Гением», «Футбольным Бетховеном» и даже «Футбольным Наполеоном», и они жаждали увидеть его в составе любимого клуба. Впрочем, в том 1949 году Педернера приехал в Колумбию не из «Ривер Плейта», а из другого аргентинского клуба. Дело в том, что за год до этого хозяева «Ривера», прельстившись огромной ценой, продали своего лучшего футболиста в «Атланту», а потом он оказался в «Уракане». Хозяева исходили из того, что Педернере уже исполнилось тридцать, а в клубе «Ривер Плейт» появилась новая звезда — Альфредо ди Стефано, который был моложе Педернеры на восемь лет…
Но в 1949 году ди Стефано тоже переехал в «Мильонариос», и вместе с Педернерой они представляли великолепную пару нападающих. Да и почти весь клуб из Боготы вскоре состоял из аргентинских футболистов. Сыгравшись, они составили прекрасную, сильную команду. Прежде «Мильонариос» ни разу не выигрывал чемпионского титула, а в том же 1949 году сразу занял первое место.
Впрочем, «Мильонариосу» мало в чем уступали и другие колумбийские клубы, также составленные из легионеров, и поэтому борьба была серьезной, а турнирные коллизии непредсказуемыми. Но именно это и привлекало зрителей на трибуны стадионов, и у каждого клуба были свои поклонники. И все-таки «Мильонариос» в эти годы был сильнее.
Слава клуба из Боготы быстро шагнула за пределы Южной Америки. В 1952 году его, например, как и несколько других клубов разных стран, пригласили в Испанию на турнир, посвященный 50-летию мадридского «Реала». Педернере тогда было уже 34 года, и как раз тогда он стал играющим тренером «Мильонариоса». А для Альфредо ди Стефано эта поездка оказалась поворотной в его футбольной карьере.
Игры проводились в нескольких городах и превратились в настоящие праздники великолепного футбола. Победителем турнира стал «Мильонариос» — во встрече с юбиляром он победила 4:2, и два гола забил ди Стефано. После игры президент «Реала» Сантьяго Бернабеу решил сделать все возможное, чтобы ди Стефано играл в его клубе.
В следующем, 1953 году ди Стефано переехал в Мадрид, где великого футболиста ожидала своя судьба, а «Мильонариос» в третий раз подряд стал чемпионом Колумбии. Но золотое время Эльдорадо для всех колумбийских клубов уже подходило к концу…
И победы «Мильонариоса» становились уже не столь частыми. После 1953 года он вновь выиграл титул чемпиона страны только в 1959 году. Правда, в начале 1960-х годов был новый мощный взлет — четыре победы подряд, последняя в 1964 году. Потом две победы в 70-х годах, две в 80-х, и пока все.
Впрочем, великие взлеты и столь же великие падения приходилось переживать не одному «Мильонариосу»…