Клуб основан в 1926 году. Победитель Кубка УЕФА 1989 г., 2-кратный чемпион Италии, 3-кратный победитель Кубка Италии, победитель Суперкубка Италии 1991 г.
В знаменитой итальянской комедии «Операция “Святой Януарий”» есть примечательный эпизод: герой дает клятву скульптурному изображению Святого, покровителя Неаполя, купить для футбольного клуба «Наполи» Эйсебио. В те 1960-е годы, когда снимался фильм, португалец Эйсебио был лучшим футболистом Европы. А клуб «Наполи», за который неистово болел весь Неаполь, тогда раз за разом входил в первую пятерку Серии A (в 1968 году даже занял второе место), но никак не мог стать чемпионом страны.
Прошло около двух десятков лет, и с «Наполи» произошло примерно то же самое, что обещал Святому Януарию герой фильма: для клуба был куплен форвард мирового класса, только, конечно, не Эйсебио, который к тому времени уже давно завершил футбольную карьеру, а великий аргентинец Марадона. Это случилось в 1984 году.
Два предыдущих года Марадона провел в «Барселоне», первом своем европейском клубе, перейдя сюда из «Боки Хуниорс». Однако надежд каталонцев Марадона не оправдал. Временами он показывал блестящую игру, но иногда у него случались настоящие провалы. Вдобавок он испортил отношения с журналистами, отвечая бранью на их критику, а потом и с руководством клуба. Тем не менее в футбольную биографию Марадоны была вписана одна победа, одержанная им вместе с «Барселоной», — Кубок Испании, выигранный в сезоне 1982–1983 годов.
А вот годы, проведенные Марадоной в «Наполи», стали, бесспорно, лучшими в его футбольной карьере. Горячая любовь неистовых неаполитанцев обрушилась на аргентинца сразу же, едва он ступил на землю Неаполя. Когда 5 июля 1984 года Марадона сошел с трапа самолета, его встретили толпы болельщиков и сотни журналистов. Когда десять дней спустя Диего впервые вышел на поле в футболке «Наполи» с номером 10, 60 тысяч зрителей встретили его гимном, специально сочиненным в его честь. Первый же забитый им гол обернулся празднеством: тысячи неаполитанцев до глубокой ночи целовались на улицах и пили вино в честь великого Диего. От Марадоны ожидали футбольных подвигов.
К этому времени история клуба насчитывала почти шесть десятков лет. По мнению неистовых поклонников, даже больше — они брали точкой отсчета объединение двух неаполитанских клубов «Интернационале» и «Наплесс» в один, который стал называться «Интернаплес». Это случилось в 1922 году, однако официальной датой основания клуба «Наполи» считается 1 августа 1926 года, когда руководители клуба зарегистрировали именно это название.
Как бы то ни было, за предыдущие годы «Наполи» выиграл лишь 2 Кубка Италии и однажды в Кубке обладателей кубков дошел до полуфинала. В Серии A дважды поднимался на второе место, последний раз в 1975 году. А Марадона действительно начал совершать футбольные подвиги. Правда, первого чемпионского титула горячим болельщикам «Наполи» пришлось дожидаться еще 3 года. До этого Марадона вместе со сборной Аргентины съездил в Мексику на чемпионат мира 1986 года, откуда вернулся победителем. Это был тот чемпионат, на котором Марадона забил знаменитый гол в ворота сборной Англии рукой. Однако в Неаполе Марадону встречали так, будто он принес победу сборной Италии, а не Аргентины. И вот теперь действительно наступили лучшие годы «Наполи» и самого Марадоны.
В сезоне 1986–1987 годов аргентинец забивал в итальянском чемпионате голы, поражающие воображение футбольных гурманов. В матче с «Лацио», например, один раз он послал мяч в ворота прямо с угловой отметки, а второй раз ударил метров с сорока, и закрученный мяч по немыслимой траектории залетел в самый угол. В том сезоне «Наполи» впервые стал чемпионом страны, а вдобавок в третий раз выиграл Кубок Италии.
Правда, в следующем сезоне «Наполи» остался в Серии A вторым, пропустив вперед «Милан», но зато весной 1989 года впервые добился успеха в Европе — был завоеван Кубок УЕФА. В полуфинале неаполитанский клуб прошел мюнхенскую «Баварию», а в финале его соперником был другой немецкий клуб — «Штутгарт». 3 мая на своем поле «Наполи» одержал победу со счетом 2:1, один из мячей забил Марадона. 17 мая во втором финальном матче в Штутгарте «Наполи» вел со счетом 3:1. Немецкие футболисты сумели свести матч к ничьей, но Кубок УЕФА достался «Наполи». За этот европейский триумф болельщики простили своим футболистам то, что в Серии A они вновь остались на втором месте, да еще в финале Кубка Италии проиграли «Сампдории».
После победы в Кубке УЕФА в составе «Наполи» появился молодой Джанфранко Дзола, которому в будущем предстояло стать одним из самых известных футболистов Италии. Пока же он научился прекрасно взаимодействовать с Марадоной. И в сезоне 1989–1990 годов «Наполи» во второй раз стал чемпионом Италии, на 2 очка опередив «Милан».
Однако восторженная любовь неаполитанских болельщиков к своему кумиру Марадоне угасла столь же быстро, как загорелась. В том же 1990 году, когда «Наполи» отпраздновал победу в Серии A, именно в Италии проходил очередной чемпионат мира. Футбольной судьбе было угодно свести в одном из полуфиналов сборные Аргентины и Италии, причем играли они не где-нибудь, а в Неаполе. Матч выдался очень упорным, основное и дополнительное время закончилось вничью. Только в серии пенальти аргентинцы одержали победу, а капитаном сборной Аргентины, обыгравшей сборную Италии, был не кто иной, как Диего Марадона.
В тот день негодовала вся Италия, а вместе с ней и Неаполь. А затем, когда сборная Аргентины, а вместе с ней и Марадона, проиграла финальный матч сборной Германии — 0:1, вся Италия, наоборот, ликовала.
17 марта 1991 года грянула сенсация — после очередного матча «Наполи» Марадона проходил допинг-контроль, и в его организме обнаружилось присутствие кокаина. Решение футбольных инстанций было суровым — 15 месяцев дисквалификации. Марадону отстранили и от игр за сборную Аргентины. С этой дисквалификации начался закат карьеры выдающегося футболиста Диего Марадоны.
Но и «Наполи» с тех пор ничего больше не выигрывал. Последним его трофеем стал Суперкубок Италии, завоеванный еще при Марадоне перед началом сезона 1990–1991 годов. В 1997 году неаполитанский клуб вышел в финал Кубка Италии, где проиграл «Виченце». А в следующем сезоне вылетел в Серию B.
В августе 2004 года «Наполи», успевший к этому времени вернуться в Серию A и вновь опуститься в Серию B, пережил финансовый крах и новый сезон начал в Серии C. Но в 2007 году вернулся в Серию A. Несмотря на все эти передряги, неаполитанцы продолжают болеть за свой клуб столь же горячо, как во времена Марадоны. В сезоне 2010–2011 годов клуб из Неаполя поднялся в Серии A на третье место.