Клуб основан в 1902 году. 3-кратный победитель Кубка Либертадорес, победитель Межконтинентального кубка 1979 г., 2-кратный победитель Рекопы Южной Америки, победитель Суперкубка Либертадорес 1990 г., 38-кратный чемпион Парагвая.
На чемпионате мира 2010 года на любителей футбола и специалистов большое впечатление произвела красивая и азартная игра сборной Парагвая. Команда заняла первое место в своей группе, а затем дошла до четвертьфинала, где на равных играла со сборной Испании, будущим чемпионом. Победу испанцам принес единственный мяч, забитый Давидом Вильей уже в самом конце второго тайма.
Словом, выступление сборной Парагвая приятно удивило. Тем более что среднестатистический российский поклонник Великой игры о парагвайском футболе, говоря по правде, знает не так уж много.
Хотя как не знать легендарного парагвайского вратаря Хосе Луиса Чилаверта, который в 1990-х годах не только трижды признавался лучшим голкипером мира, но и прославился тем, что забивал голы других вратарям, мастерски исполняя пенальти. Хорошо знаком россиянам и форвард парагвайской сборной Роке Санта Крус, но это благодаря тому, что долгие годы он играл в мюнхенской «Баварии» — одном из самых именитых футбольных клубов мира.
Между тем и парагвайский клуб «Олимпия», откуда в 1999 году восемнадцатилетний тогда Роке и переехал в Мюнхен, и возрастом, и числом завоеванных трофеев почти не уступает «Баварии». «Олимпии» уже больше века — клуб был основан в 1902 году голландцем Вильямом Паатсом, жившим тогда в столице Парагвая Асунсьоне и сумевшим увлечь своей любовью к футболу парагвайскую молодежь. Через год в Асунсьоне появился еще один футбольный клуб — «Гуарани», а вместе с этим началось самое давнее в Парагвае футбольное соперничество. И поныне встречи между «Олимпией» и «Гуарани» носят принципиальный характер. Но в профессиональных чемпионатах страны, которые начались в 1935 году, главным соперником «Олимпии» сразу стал еще один столичный клуб — «Серро Портеньо», основанный в 1912 году и более успешный, чем «Гуарани».
Как раз «Серро Портеньо» и выиграл первый чемпионат Парагвая. Затем 3 года подряд чемпионом становилась «Олимпия». Непримиримая борьба двух клубов продолжалась до конца XX столетия, причем ощутимый перевес был на стороне «Олимпии». Однако в последний раз «Олимпия» была чемпионом в 2000 году, а «Серро Портеньо» выиграл в первом десятилетии XXI века четыре чемпионата и стал нагонять соперника. Тем не менее пока «Олимпия» впереди — на целый десяток чемпионских титулов.
А уж в международных клубных турнирах с «Олимпией» не может сравниться ни один другой парагвайский клуб. В 1960 году, в первом же розыгрыше Кубка Либертадорес она дошла до финала, где встретилась с уругвайским «Пеньяролем». Первый матч в Монтевидео выиграл «Пеньяроль» — 1:0. В ответном матче в Асунсьоне «Олимпия» долго вела со счетом 1:0, и лишь за 7 минут до конца второго тайма уругваец Луис Кубилья забил ответный мяч. Победив по сумме двух матчей, первый Кубок Либертадорес завоевал «Пеньяроль».
Никто тогда, конечно, не мог предположить, что Луис Кубилья, автор рокового для «Олимпии» гола, без малого через 20 лет возглавит этот клуб в качестве главного тренера. Но так и случилось, причем на своем тренерском веку ему суждено было не раз уходить из «Олимпии», а потом возвращаться. И почти всегда, когда он работал в клубе, «Олимпия» выигрывала международные трофеи, не говоря уж о победах в национальном чемпионате.
В 1979 году, когда Кубилья возглавил «Олимпию» впервые, она во второй раз дошла до финала Кубка Либертадорес, где ее ожидал именитый аргентинский клуб «Бока Хуниорс». Но два мяча, забитые Освальдо Акино и Мигелем Пиацца в первом матче на своем поле, принесли «Олимпии» победу — 2:0. 27 июля 1979 года во втором финальном матче в Буэнос-Айресе парагвайский клуб удержал нулевую ничью и завоевал свой первый Кубок Либертадорес.
Вскоре клуб из Парагвая, о самом существовании которого многие в Европе даже не подозревали, выиграл и Межконтинентальный кубок. Соперником «Олимпии» должен был стать «Ноттингем Форест», но он отказался от борьбы за этот трофей, и Европу представлял шведский клуб «Мальмё», финалист Кубка европейских чемпионов. Матч в Мальмё был сыгран в ноябре 1979 года, и «Олимпия» победила — 1:0. Матч в Асунсьоне состоялся только в марте 1980 года. Вновь одержав победу — 2:1, «Олимпия» завоевала Межконтинентальный кубок.
В том же году Луис Кубилья ушел из «Олимпии» в первый раз — в аргентинский клуб «Ньюэлл Олд Бойз», а потом в «Пеньяроль». В 1982 году он в первый раз вернулся, но ненадолго. Тем не менее «Олимпия» вновь стала чемпионом Парагвая. В третий раз Кубилья возглавил «Олимпию» в 1988 году и теперь задержался на 5 лет, правда, иной раз совмещал работу в клубе с работой в сборной Уругвая. В это время «Олимпия» выиграла три чемпионата Парагвая, а 1990 год стал поистине золотым — сразу три международных трофея!
За год до этого «Олимпия» уж в третий раз за свою историю вышла в финал Кубка Либертадорес, но уступила колумбийскому клубу «Атлетико Насьональ». Все решилось в серии пенальти, потому что соперники по одному матчу выиграли и проиграли. Роковой промах Виаля Санабрии с одиннадцатиметровой отметки стоил «Олимпии» дорого.
Но в 1990 году «Олимпия» снова играла в финале Кубка Либертадорес — и на этот раз завоевала его во второй раз. Победа (один выигрыш и одна ничья) была одержана над эквадорским клубом «Барселона» из Гуаякиля. И в этом же году «Олимпия» выиграла Суперкубок Либертадорес и Рекопу Южной Америки. Это был невероятный триумф, недаром в 1990 году Луис Кубилья был признан лучшим тренером Южной Америки.
В 1991 году «Олимпия» в третий раз подряд вышла в финал Кубка Либертадорес, но теперь проиграла чилийскому клубу «Коло-Коло». А Луис Кубилья в 1993 году тоже в третий раз ушел из клуба, чтобы вновь вернуться через два года и теперь задержаться на восемь лет.
В эти годы «Олимпия» выиграла пять своих последних титулов чемпионов Парагвая, но главные трофеи были завоеваны в 2002 году, когда клуб праздновал вековой юбилей: третья победа в Кубке Либертадорес, на этот раз над бразильским клубом «Сан-Каэтано», и вторая Рекопа Южной Америки.
В 2003 году Кубилья вновь оставил «Олимпию» и работал с клубами Аргентины, Гватемалы, Эквадора и Перу. Парагвайский клуб в это время ничего не выигрывал. В 2010 году семидесятилетний Кубилья вернулся в «Олимпию» в пятый раз, однако ненадолго, и новых трофеев не завоевал.