Клуб основан в 1893 году. 2-кратный победитель Кубка европейских чемпионов и Лиги чемпионов, 2-кратный победитель Кубка УЕФА и Лиги Европы, 2-кратный победитель Межконтинентального кубка, победитель Суперкубка УЕФА 1987 г., 25-кратный чемпион Португалии, 20-кратный победитель Кубка Португалии, 18-кратный победитель Суперкубка Португалии.
О ранних годах клуба «Порту» рассказывают легенды. Согласно одной из них, в 1893 году клуб основал Антониу де Алмейда, торговец портвейном (всем известно, что город Порту — родина этого напитка). Совершив по своим коммерческим делам поездку в Англию, он увидел, как там играют в футбол и, вернувшись, постарался увлечь Великой игрой своих земляков. Не исключено, что так оно и было, однако самые ранние официальные документы, связанные с клубом, относятся уже к 1906 году. Несомненно, однако, что «Порту» вместе со столичными «Бенфикой» и «Спортингом» относятся к старейшим футбольным клубам Португалии. Они же составляют «большую тройку» этой страны, которая и ведет борьбу за звание чемпиона. Кроме них, чемпионат по разу удалось выиграть лишь еще двум клубам — «Белененсешу» в сезоне 1945–1946 годов и «Боавиште» в сезоне 2000–2001 годов.
В первые десятилетия XX века в Португалии разыгрывались отдельные региональные чемпионаты. Только в 1934 году была создана общенациональная Первая лига, в которую поначалу вошли всего 8 клубов. Как бы то ни было, именно «Порту» и стал первым чемпионом страны, а второе и третье места заняли «Спортинг» и «Бенфика». В следующем сезоне чемпионат выиграла «Бенфика», а следом за ней расположились «Порту» и «Спортинг». Впрочем, четыре чемпионата Первой лиги с малым числом участников считаются в Португалии неофициальными. Полновесный Первый дивизион был образован в 1938 году. С первого сезона 1938–1939 годов и ведет свою историю официальный чемпионат Португалии.
Первые два сезона чемпионом вновь был «Порту», однако потом клуб надолго ушел в тень, уступив первые роли «Бенфике» и «Спортингу». Лишь в 50-е годы «Порту» выиграл еще два чемпионских титула, потом еще два в 70-х годах. Этими двумя победами клуб был обязан тренеру Жозе Педрото, с которым весной 1976 года он завоевал еще и Кубок Португалии.
В сезоне 1983–1984 годов «Порту» удивил всю Европу, впервые в своей истории добравшись до финала Кубка УЕФА, но там уступил «Ювентусу» — 1:2. Вскоре, увы, тренер Педрото скончался после тяжелой болезни, и клуб возглавил его ученик Артур Жорже (российские любители футбола помнят, что в 2003–2004 годах он был главным тренером ЦСКА). Под его руководством уже в следующие два сезона «Порту» дважды подряд становился чемпионом Португалии.
В это время у «Порту» был великолепный состав. При Жорже клуб пополнили алжирец Рабах Маджер, которому предстояло стать настоящей звездой, и польский вратарь Йозеф Млинарчик, великолепно взаимодействовали друг с другом бразильцы Селсо и Жуари, набирал силу молодой португальский форвард Паулу Футре. Наконец, в сезоне 1986–1987 годов, победив в полуфинале киевское «Динамо», «Порту» дошел до финала Кубка европейских чемпионов.
Финальный матч с мюнхенской «Баварией» был сыгран 27 мая 1987 года в Вене. В середине первого тайма немецкий футболист Людвиг Кёгль открыл счет, а потом многоопытная «Бавария» умело его удерживала. Лишь на 79-й минуте Рабах Маджер забил ответный гол неожиданным ударом пяткой. На 81-й минуте второй гол забил бразилец Жуари. Так в течение всего двух минут «Бавария» из побеждающей команды превратилась в побежденную — отыграться она уже не успела.
А «Порту» в том сезоне завоевал еще два трофея. В матчах за Суперкубок УЕФА он дважды победил амстердамский «Аякс». Обе встречи, и в Амстердаме, и в Порту, закончились со счетом 1:0 в пользу португальского клуба. Матч за Межконтинентальный кубок, сыгранный 13 декабря 1987 года с уругвайским «Пеньяролем», оказался упорным. Португальцы открыли счет, уругвайцы за 10 минут до конца второго тайма забили ответный мяч. Уже в дополнительное время Маджер расчетливо перебросил мяч через вратаря, и «Порту» победил — 2:1.
В начале 90-х годов Артур Жорже возглавил сборную Португалии, но «Порту» в национальных чемпионатах теперь неизменно был на первых ролях. В 1990-х годах клуб выиграл 7 чемпионских титулов. В 2000-х еще 6, не считая побед в Кубке Португалии и Суперкубке Португалии. В эти два десятилетия в клубе сменилось немало тренеров, в числе которых был и великий англичанин Бобби Робсон, возглавлявший «Порту» в 1994–1996 годах. При нем клуб дважды подряд стал чемпионом Португалии и выиграл Суперкубок страны.
Однако в европейских клубных турнирах «Порту» пока не везло. Весной 1994 года он дошел до полуфинала Лиги чемпионов, но проиграл «Барселоне», которую тогда возглавлял Йохан Кройф. В 1997 году играл в четвертьфинале Лиги чемпионов, но путь дальше преградил «Манчестер Юнайтед». И следующие громкие победы в Европе пришли только в начале 2000-х годов, когда в клуб пригласили Жозе Моуринью, тогда малоизвестного тренера.
До этого Моуринью уже работал в «Порту», куда его пригласил Бобби Робсон. Первое время Моуринью выполнял при нем обязанности переводчика, поскольку знал английский, но быстро стал его помощником. Уходя из «Порту» в «Барселону», Робсон взял с собой в качестве помощника и Моуринью. Дальше у Моуринью, многому научившегося у Робсона, была своя тренерская судьба. В 2000 году его пригласили возглавить «Бенфику», но первый опыт оказался неудачным — вскоре молодого тренера уволили. Затем он оказался в скромном клубе «Униан Лейрия». В сезоне 2001–2002 годов Моуринью вывел этот клуб на небывало высокое для него четвертое место. Сразу после этого его пригласили возглавить «Порту». Вскоре имя Моуринью стало известно всему футбольному миру.
В первые же два года его руководства «Порту» дважды становился чемпионом Португалии, по одному разу выигрывал Кубок страны и Суперкубок. Но еще весомее были победы на международной арене. В сезоне 2002–2003 годов «Порту» впервые завоевал Кубок УЕФА: 21 мая 2003 года в финальном матче со счетом 3:2 был обыгран шотландский «Селтик». Один из мячей забил выступающий тогда за «Порту» российский футболист Дмитрий Аленичев.
В следующем сезоне «Порту» уверенно двигался к финальному матчу в Лиге чемпионов. В групповом турнире клуб Моуринью потерпел единственное поражение от мадридского «Реала» и вышел в следующий этап со второго места. В одной восьмой финала «Порту» прошел «Манчестер Юнайтед», в четвертьфинале — «Лион», в полуфинале — «Депортиво». Наконец, 26 мая 2004 года в финальном матче португальский клуб уверенно переиграл «Монако» — 3:0, и один из мячей вновь забил Аленичев.
В том же году «Порту» завоевал и свой второй Межконтинентальный кубок, победив колумбийский клуб «Онсе Кальдас». После нулевой ничьей пришлось пробивать серию пенальти, и португальцы оказались удачливее — 8: 7. Этот трофей клуб выиграл уже без Моуринью — сразу после победы в Лиге чемпионов тренер был приглашен в «Челси». Но и после него «Порту» еще 5 раз становился чемпионом Португалии, 4 раза завоевывал Кубок страны и 4 раза Суперкубок.
Яркий взлет клуб пережил в сезоне 2010–2011 годов, когда им руководил молодой тренер Андре Виллаш-Боаш. «Порту» выиграл Лигу Европы, победив в финале другой потругальский клуб — «Спортинг Брага». Вдобавок «Порту» в очередной раз стал чемионом Португалии, а также завоевал Кубок и Суперкубок страны. После этого выдающегося успеха Андре Виллаш-Боаш был приглашен в лондонский «Челси».