Клуб основан в 1958 году. 2-кратный чемпион России, победитель Суперкубка России 2010 г.
В 2003 году в российской Премьер-лиге появился новичок — казанский «Рубин». В первом туре он был разгромлен ЦСКА со счетом 4:0. Во втором на своем поле одержал первую победу со счетом 1:0 над «Торпедо — Металлургом» (может быть, не все помнят, что так в том сезоне стал называться клуб «Торпедо — ЗИЛ», родившийся на московском автозаводе после того, как заслуженное настоящее «Торпедо» ушло под крыло ООО «Лужники»). В третьем туре «Рубин» сыграл вничью — 0:0 с «Крыльями Советов».
Словом, чудес от новичка никто не ждал, полагали, что его удел — борьба за выживание в высшей лиге, как это нередко и бывает с дебютантами. Однако в четвертом туре «Рубин» разгромил клуб «Спартак-Алания» — 4:0. Вскоре в Казани потерпел поражение второй московский клуб — на этот раз «истинное» «Торпедо», уступившее со счетом 1:3. Потом и третий — «Спартак», пропустивший единственный гол. В последнем туре первого круга ни с чем уехал из Казани и московский «Локомотив» — 1:3. Теперь уже всем стало ясно, что новичок не робкого десятка и на своем поле способен одолеть любого соперника.
В двадцатом туре эта участь постигла московское «Динамо», проигравшее 1:2. После двадцать первого тура дерзкий дебютант обосновался на третьей строчке турнирной таблицы. В двадцать втором, обыграв в Москве «Спартак» — 2:0, — поднялся на вторую. Затем, правда, казанцы провели несколько не слишком удачных игр, а в последнем туре принимали на своем поле армейцев, уже обеспечивших себе золотые медали. До 89-й минуты «Рубин» проигрывал 1:2 и все-таки сумел забить два гола. Эта победа принесла дерзкому новичку бронзовые медали и славу грозы московских клубов — в Казани они проиграли все без исключения. И теперь любители футбола, в начале сезона относившиеся к «Рубину» с изрядной долей скепсиса, хотели, конечно, разузнать об этом клубе и его тренере Курбане Бердыеве побольше.
Официальной датой основания футбольного клуба из Казани считается 1958 год, хотя, как и у многих других российских клубов, у него есть предшественник — рабочая футбольная команда казанского авиационного завода, которому в 1941 году было присвоено имя С. П. Горбунова. В послевоенные годы команда стала участвовать в Поволжской зоне чемпионата РСФСР. В 1958 году на основе этой команды и был создан новый футбольный клуб, который до 1964 года назывался не «Рубином», а «Искрой».
После распада СССР начало чемпионатов России «Рубин» встретил в первой лиге, но в 1994 году на целых 5 лет опустился во вторую. С 1998 года вновь играл в первой лиге, а когда в 2001 году клуб возглавил Курбан Бердыев, родившийся в Туркмении и успевший поиграть за туркменские, казахские и российские клубы, а потом тренировать джамбульский «Химик», алма-атинский «Кайрат», смоленские «Кристалл» и другие клубы, началось быстрое восхождение «Рубина». Уже через два года он вышел в Премьер-лигу и сразу же завоевал бронзовые медали.
В следующие несколько сезонов дерзкий дебютант, правда, играл неровно, то опускаясь на десятое место, как было в 2004 и 2007 годах, то занимая четвертую и пятую строчки в турнирной таблице. Наконец, с самого начала сезона 2008 года он безоговорочно захватил лидерство, одержав семь побед в семи первых турах. В будущее чемпионство казанского клуба, конечно, верили еще далеко не все, но отменное финансовое благополучие «Рубина» позволило Курбану Бердыеву подобрать состав, не уступающий чемпионам прошлых лет ЦСКА и «Зениту». Теперь «Рубин» представлял собой великолепный сплав молодости и опыта, великолепных российских футболистов и легионеров. В том сезоне у всех на слуху были имена Карадениза, Семака, Шаронова, Ансальди, Милошевича, Реброва.
Первый круг «Рубин» закончил на первом месте. Тем не менее клубу Бердыева многие предрекали неминуемый спад, но он так и не наступил. Уже в двадцать седьмом туре, победив «Сатурн» на его поле со счетом 2:1, «Рубин» досрочно стал чемпионом России. «Золотой гол» на 89-й минуте игры забил сербский легионер казанцев Саво Милошевич.
Теперь скептики предрекали «Рубину» спад в следующем сезоне, но казанский клуб вновь прошел его ровно и мощно. Бесспорным лидером команды был аргентинец Алехандро Домингес, вернувшийся в «Рубин» из «Зенита». Судьба чемпионства практически решилась в двадцать восьмом туре, когда казанцы одержали в Москве победу над ЦСКА — 2:0. Первый мяч как раз забил Домингес, второй — Александр Бухаров. А в следующем туре, сыграв вничью с «Зенитом» — 0:0, «Рубин» стал недосягаемым для своего ближайшего преследователя — московского «Спартака».
Стать дважды подряд чемпионом России до этого не удавалось ни одному не московскому клубу. А ведь «Рубин» не только завоевал свой второй титул, но провел сезон еще мощнее, чем предыдущий, победив по всем показателям — не только одержал больше всех побед, но и забил больше всех мячей и меньше всех пропустил. Кроме того, была подтверждена еще одна истина — клуб, позволяющий главному тренеру работать долго и обстоятельно, несмотря на неминуемые спады, добивается, как правило, большего, чем клуб, нередко меняющий наставников. Вот и Курбан Бердыев сумел вывести «Рубин» в первые ряды не только российского, но и европейского футбола.
Европейский класс был лишний раз подтвержден осенью того же года в Лиге чемпионов. В групповом турнире сезона 2009–2010 годов судьба свела «Рубин» с «Барселоной», действующим чемпионом. И казанский клуб сумел отобрать у каталонцев 5 очков, причем одержал победу на поле «Барселоны». Уже на 2-й минуте Александр Рязанцев открыл счет, ошеломив и каталонских футболистов, и зрителей на трибунах стадиона «Камп Ноу». И хотя в начале второго тайма Ибрагимович сравнял счет, на 73-й минуте турецкий легионер «Рубина» Гекдениз Карадениз забил победный гол. В Казани «Барселона» жаждала взять реванш, но матч завершился вничью. В групповом турнире, правда, казанский клуб остался на третьем месте и дальше играл в Лиге Европы, но одержать победу над «Барселоной» в Барселоне удается далеко не каждому европейскому гранду.
Последним трофеем «Рубина» стал Суперкубок России, завоеванный 7 марта 2010 года. В упорном матче с ЦСКА Александр Бухаров забил единственный победный гол.