Василий Васильковский родился в 1778 г. После окончания Севской духовной семинарии в 1804 г. он был рукоположен в сан священника и служил в Ильинской церкви в г. Сумы. После смерти жены батюшка остался с малолетним сыном Семеном на руках. 15 июня 1810 г. священник был назначен полковым пастырем 19-го егерского полка. Спустя полгода шеф полка полковник Т. Д. Загорский в «Списке о поведении полкового священника» отмечал прекрасную образованность отца Василия, его познания в математике, физике, географии, истории, владение латинским, немецким, французским и греческим языками. Отечественную войну 1812 г. о. Василий встретил в своем полку (19-й егерский числился в 24-й пехотной дивизии 6-го корпуса 1-й армии).
Боевое крещение военный пастырь принял под Витебском. 15 июля 1812 г. там разгорелся тяжелейший бой — арьергард армии, в который входил и 19-й егерский полк, прикрывал отход основных сил 1-й армии к Смоленску. Упорное сражение продолжалось с раннего утра до 17 часов — т. е. по продолжительности было равным Бородинской битве.
В ходе этого боя о. Василий проявил себя настоящим героем. С самого начала сражения он находился в первых рядах своего полка, исповедовал и причащал Св. Тайнами умирающих. В один из таких моментов священник был тяжело ранен в левую щеку ядром, но, несмотря на потерю крови, не оставил рядов. Вскоре о. Василию пулей оторвало мизинец, вторая пуля ранила его в ногу. Только после этого обессилевший от ран служитель церкви оставил поле сражения.
18 августа 1812 г. командир 24-й пехотной дивизии генерал-майор П. Г. Лихачев обратился к обер-священнику армии и флота протоиерею И. С. Державину с просьбой о достойном награждении отца Василия за проявленное мужество в бою под Витебском: «Во вверенной мне дивизии 19-го егерского полка священник Василий Васильковский во время бывшего 15 июля 1812 г. близ г. Витебска сражения по искреннему его усердию находился при начале оного впереди с крестом, благословил полк, потом в самом жарком огне, поощряя всех на побеждение неприятеля, и исповедовал тяжело раненных, где от рикошета ядра землею в левую щеку получил рану, но и с оною находился еще в сражении, пока вторично получил в крест, бывший у него на груди, удар пулею и от оной сильную в грудь контузию; я долгом поставляю о таковой отличности священника Васильковского сообщить Вашему высокопреподобию и просить покорнейше за ревность его к вере и пользе Монаршей о исходатайствовании пристойного награждения, которого он по всей справедливости заслуживает». Наградой отважному пастырю стала камилавка — головной убор «белого» духовенства.
Второй свой подвиг о. Василий совершил уже в октябре, во время преследования отступающих французов. В ходе Малоярославского сражения 12 октября 1812 г., по свидетельству генерала Д. С. Дохтурова, о. Василий «шел впереди полка с святым крестом и примером своего мужества поощрял воинов к поражению неприятеля, при чем он получил рану пулею в голову; сверх того отличился он подобным же поступком в сражении при г. Витебске».
Подвиги священника были настолько значительны, что М. И. Кутузов доложил о них императору Александру I. А тот распорядился наградить о. Василия боевым орденом Святого Георгия IV степени. Это был первый случай, когда учрежденной в 1769 г. высокой награды было удостоено духовное лицо. 17 марта 1813 г. орден был вручен отцу Василию.
В течение XIX столетия военным священникам орден Св. Георгия был вручен еще 3 раза. А всего в 1813–1916 гг. этой награды за заслуги на поле боя были удостоены 18 русских священнослужителей.
Дата смерти священника-героя в точности не известна. По одним данным, он умер от ран 24 ноября 1813 г., по другим — «во время похода во Францию», т. е. в 1814 г. А кипарисовый крест первого священника — Георгиевского кавалера еще долгое время хранился в походной церкви 19-го егерского, а затем — сформированного на его основе 109-го пехотного Волжского полка. В нижней части этого креста была закреплена французская пуля и сделана надпись: «Ранен в сражении 15 июля 1812 года при г. Витебске с отбитием мизинца священнику Василию Васильковскому».