22 сентября 1914 года немецкая подводная лодка У-9 потопила в базе британского флота Скапа Флоу броненосцы «Абукир», «Кресси» и «Хог». Помощник капитана У-9 Отто Веддигена лейтенант И. Шписс так описывал гибель «Кресси»: «У борта обреченного корабля поднялся клуб дыма и огромный белый фонтан. Теперь перископ показывал страшную картину. Гигант с четырьмя трубами стал медленно переворачиваться. Люди, как муравьи, карабкались по его борту, и затем, когда он совершенно перевернулся, они побежали по его ровному плоскому килю, пока через несколько минут корабль не исчез окончательно под водой. Веддиген и я наблюдали по очереди в перископ. В течение долгих минут мы находились в оцепенении, как бы в трансе». Этот эпизод стал началом подводной войны. Веддиген благополучно вернулся в Киль, так и не обнаруженный англичанами.
2 ноября 1914 года, когда Англия, в нарушение существовавших до той поры международных норм, объявила все Северное море районом боевых действий, что означало фактическую военно-морскую блокаду Германии, германские подводные лодки начали топить британские торговые суда. Лондонская декларация 1909 года, регулирующая правила морской блокады, была создана для крейсеров, при условии не-сопротивления торговых судов. Она предусматривала досмотр судов и спасение экипажа. Декларация была трудно применима к подводным лодкам, которые, всплыв в соответствии с декларацией для досмотра судов, сами становились уязвимы для атаки.
В целом, в 1914 году деятельность подводных лодок обеих сторон была сосредоточена на уничтожении боевых кораблей. 20 октября 1914 лодка U-17 потопила пароход «Glitra», который стал первым коммерческим пароходом, уничтоженным в Первой мировой войне. Пароход был потоплен близ норвежского берега, при этом были соблюдены все формальности призового права. Всего за октябрь — декабрь 1914 года было уничтожено 300 000 тонн торгового тоннажа.
13 января 1915 года британское Адмиралтейство издало секретное распоряжение, разрешающее британским торговым судам использовать флаги нейтральных стран. В этот же день были начаты работы по установке на торговых кораблях артиллерийских орудий.
Германским морским генеральным штабом еще в конце 1914 года был выработан проект беспощадной подводной войны как средства, аналогичного морской блокаде со стороны Антанты. Всякое судно, встреченное в военной зоне, независимо от его флага и назначения, должно было топиться. Но только 4 февраля 1915 года Германия объявила воды, омывающие Англию, военной зоной, и сообщила, что с 18 февраля все встреченные германскими военными судами (подводными лодками) в этих водах английские торговые суда будут уничтожаться, без гарантий спасения их экипажей и пассажиров. Ранее этого срока начать подводную войну Германии мешал недостаток подлодок. К 1 февраля 1915 года находилось в строю всего 27 лодок, из них 8 старых. Строились 26 лодок по 800 т, 4 больших подводных заградителя и 32 малых лодки (120 т), для действий в юго-западной части Северного моря и у отмелевого побережья Фландрии. В первую неделю после объявления войны могли выйти в поход лишь 5 лодок. Нейтральные суда, встреченные в военной зоне, ввиду злоупотребления англичанами нейтральным флагом, подвержены большой опасности, как предупреждала Германия в февральском обращении. Но обещания безусловно топить их не было. Уже 12 февраля, т. е. до начала блокады, посол США в Берлине Дж. Джерард передал министру иностранных дел Германии Г. фон Ягову ноту своего правительства, в которой создавшаяся ситуация была оценена как «прискорбная», и там же подчеркнуто, что «правительство Соединенных Штатов будет вынуждено призвать имперское германское правительство к строгой ответственности за подобные акты своих военно-морских властей». Канцлер Бетман-Гольвег издал 14 февраля приказ, существенно ограничивающий свободу действий в отношении торговых судов нейтральных стран со стороны капитанов субмарин. А в ответной ноте 16 февраля Берлин ссылался на фундаментальное право на ведение торговой войны при помощи подводных лодок в ответ на английскую блокаду Германии. И уже 28 марта 1915 года был потоплен британский пароход «Фалаба», на борту которого находился один американский гражданин.
После войны британский адмирал Дж. Фишер писал гросс-адмиралу А. фон Тирпицу: «Вы единственный немецкий моряк, который понимает толк в войне! Убей своего врага, чтобы он не убил тебя. Я не виню вас за эти дела с подводными лодками. Я бы и сам сделал то же самое и давно предупреждал об этом, только наши идиоты в Англии не верили». В марте 1916 года французская субмарина потопила госпитальное судно «Мадален Рикмерс», а затем атаковала плавучий госпиталь «Электра».
Британский пассажирский пароход «Арабик», на борту которого находилось трое американцев, был потоплен немецкой торпедой 19 августа 1915 года. Эта подводная атака произошла в нарушение приказа кайзера командирам субмарин от 6 июля, запрещавшего торпедировать пассажирские суда. Однако приказ этот был секретным и в Вашингтоне о нем не знали.
Канцлер Бетман-Гольвег дал указание командирам подлодок ни в коем случае не топить пассажирские суда, не предупредив их и не дав команде и пассажирам возможности спастись. 1 сентября германский посол в Вашингтоне Берншторф в письменном виде сообщил американскому правительству, что отныне немецкие подлодки не будут топить суда без предупреждения.
7 ноября 1915 года в Средиземном море без предупреждения и предоставления возможности спастись экипажу и пассажирам был торпедирован итальянский лайнер «Анкона». Из 760 человек, находившихся на борту, более 200 погибли. Среди жертв было 9 американцев. Там же был большой груз золота и серебра, ныне оцениваемый в 17 млн евро. Хотя лайнер потопила австро-венгерская подлодка и Австро-Венгрия согласилась выплатить компенсацию, на Германию тоже возложили ответственность за инцидент. «Анкону» торпедировала германская подлодка, плававшая под австро-венгерским флагом. Действительно, австрийской лодкой У-38 (бывшей германской У-31) командовал капитан германского флота Макс Валентир.
В 1915 году германскими подлодками было потоплено 228 торговых судов Антанты общим тоннажом 651 572 т. и 89 нейтральных судов общим тоннажом 120 254 т. При этом было потеряно 19 подводных лодок — треть имевшихся у Германии.
Германия 11 февраля официально заявила о начале с 1 марта 1916 года так называемой «обостренной» подводной войны, при которой немецким субмаринам давался приказ без предупреждения торпедировать наряду с военными и все вооруженные торговые суда Антанты.
24 марта 1916 года французский пассажирский пароход «Сассекс» был без предупреждения атакован в Ла-Манше немецкой подлодкой УВ-29. И хотя судно не было потоплено, погибло и было ранено восемьдесят человек, из них несколько американцев. 10 апреля Берлин пытался отрицать, что «Сассекс» атаковала немецкая подлодка. 19 апреля Вильсон зачитал ответную ноту на объединенной сессии конгресса. Это был фактически ультиматум. В нем говорилось, что использование подводных лодок «несовместимо с принципами гуманности» и «правами нейтралов» и заявлялось, что в случае, если Германия будет продолжать свою порочную практику, у Соединенных Штатов не останется иной альтернативы, кроме разрыва дипломатических отношений.
24 апреля начальник морского штаба адмирал фон Гольцендорф отдал приказ морякам в Вильгельмсхафене прекратить все военные действия против торговых судов вокруг Британских островов и вести все операции по правилам крейсерской войны, т. е. в случае обнаружения торгового судна, подозреваемого в провозе вооружения противнику, капитаны подводных лодок обязаны были лично в этом удостовериться, предоставить команде возможность его покинуть и лишь затем могли торпедировать пароход. Но командование подводного флота отказалось от ведения крейсерской войны, сославшись на большой риск для германских субмарин. 4 мая немцы обещали не атаковать суда без учета возможной гибели их пассажиров и экипажа, а также проводить перед торпедной атакой инспекцию судов. 9 июня Гольцендорф уведомил канцлера о том, что в условиях изменившейся ситуации на море после Ютландского боя он собирается просить кайзера с 1 июля возобновить в ограниченных формах подводную войну. Но было решено подождать окончания выборов президента США.
После Ютландского боя немцы сделали основную ставку на подводные лодки. 12 декабря Людендорф потребовал немедленного возобновления неограниченной подводной войны. Одновременно Адмиралтейство разработало новый детальный план действий немецких субмарин, согласно которому, в случае начала беспощадной войны с I февраля, Англия, как считали его составители, будет повержена за пять недель. Последний раз вопрос о подводной войне обсуждался между канцлером и членами Верховного главнокомандования 9 января 1917 года. Было решено с 1 февраля 1917 года объявить неограниченную подводную войну. Немецкие субмарины топили теперь все суда, шедшие на Британские острова, в том числе нейтральные. Это, равно как и революция в России, ускорило вступление в войну на стороне Антанты США.
В январе 1917 года общие потери торгового флота союзников от действий немецких подводных лодок и мин составляли 368 500 т, в феврале того же года — 540 000 т, в марте — 593 800 т, а в апреле достигла пика в 881 000 тонн. Но в дальнейшем потери неуклонно снижались, составив в апреле 1918 года 278 700 т, что было меньше, чем среднемесячный уровень потерь до начала неограниченной подводной войны. Снижение потерь произошло главным образом из-за введения системы конвоев. Сыграло свою роль и усовершенствование противолодочного оружия: изобретение новых типов глубинных бомб и минных сетей, гидрофонов и других приборов для обнаружения субмарин под водой. Были построены специальные суда-ловушки и новые типы противолодочных кораблей, активнее стала действовать и авиация. Потери атлантических конвоев от действий подводных лодок в период с 26 июля 1917 года по 5 октября 1918 года составляли в целом 0,79% от числа всех конвоируемых судов, или 0,85% суммарного тоннажа. Эти потери практически не повлияли на снабжение британских островов и перевозки вооружений и войск.