Приход к власти Василия Шуйского только обострил противоречия в русском обществе. Новый царь действовал в интересах боярства, а это не нравилось служилым, посадским, крестьянам, страдавшим от усиления крепостного гнета. Не были удовлетворены интересы поляков.
Уже летом 1606 г. на юго‑западе страны вспыхнуло крестьянское восстание под руководством Ивана Болотникова. Болотников действовал от имени якобы спасшегося Дмитрия, рассылал грамоты с призывом к борьбе против Шуйского. К крестьянам присоединились отряды дворян Пашкова и Ляпунова. 100‑тысячное войско повстанцев 7 октября 1606 г. подошло к Москве. Но предательство дворян заставило Болотникова отойти к Калуге. В мае 1607 г. его войско, одержав победу над противником, перешло в Тулу. После долгой осады правительственные войска взяли город, Болотников был казнен.
На этом война не закончилась. Летом 1607 г. в Стародубе объявился новый «Дмитрий». К нему примкнула часть польской шляхты, остатки войск Болотникова, казаки под руководством Заруцкого. Весной 1608 г. некоторые города Северской «украйны» присягнули на верность Лжедмитрию II. В начале июня он был уже под Москвой, но в боях у Химок и на Пресне был остановлен и основал свой лагерь в Тушине, из‑за чего получил прозвище Тушинский вор. Одновременно польский отряд под командованием Сапеги начал осаду Троице‑Сергиевского монастыря, который мужественно оборонялся 11 месяцев.
Стремясь освободить силы для борьбы с Лжедмитрием II, Шуйский в июле 1608 г. заключил перемирие с Польшей. Из Москвы были отпущены Марина Мнишек и ее отец. Они тут же отправились в Тушино, где Марина «признала» в новом Лжедмитрии своего первого мужа. За это ее отцу была обещана Северская земля. От католической церкви Лжедмитрий II получил указание ввести в России унию, перенести столицу страны из Москвы в один из городов поближе к Польше.
Пока самозванец стоял в Тушине, интервенты, захватив обширные территории, начали грабежи. В ответ вспыхивали восстания, народные ополчения выбили интервентов из Костромы и Галича, успешно выдержал осаду Ярославль. В течение 1609 г. освободительное движение охватило значительную часть страны к северу и северо‑востоку от Москвы.
Тем временем, в Тушино тянулись перебежчики («тушинские перелеты») из числа служилой знати (и не только), недовольной царем. Лжедмитрий раздавал им земли и крестьян, повышал в чинах. В Тушине был совершен свой государственный переворот. Из захваченного интервентами Ростова был привезен обиженный при Годунове митрополит Филарет (в миру Федор Романов), которого объявили патриархом.
Ища поддержки в борьбе против поляков и Лжедмитрия, правительство Шуйского пошло на соглашение со шведами. За военную помощь правительство отказалось от претензий на Балтийское побережье, отдало город Корелу, разрешило свободное хождение на Руси шведской монеты. Для уплаты шведам царь обложил население тяжелыми налогами. Так, помимо польской, в России началась и шведская интервенция. И потому, например, псковитяне, для которых шведы были естественными врагами, предпочли принести присягу Л же Дмитрию II.
Весной 1609 г. молодой талантливый полководец, государев племянник Михаил Скопин‑Шуйский с помощью шведского отряда освободил от поляков север страны. Появление шведов, с которыми Речь Посполитая и так находилась в состоянии войны, позволило Польше начать открытое вторжение в Россию. Летом 1609 г. войска Сигизмунда двинулись на Смоленск. Город героически оборонялся под руководством воеводы Шейна, что надолго задержало польские войска. Тушинский лагерь распался, Лжедмитрий II с небольшой группой приверженцев бежал в Калугу. «Русские тушинцы» и ряд бояр вступили в переговоры с польским монархом.
В марте 1610 г. Скопин‑Шуйский торжественно вступил в Москву. Дворяне собирались использовать авторитетного военачальника для свержения Василия, но полководец неожиданно умер. Во главе правительственных войск был поставлен гораздо менее способный брат царя Дмитрий. С 40‑тысячной армией он двинулся навстречу полякам, шедшим от Смоленска. В июне 1610 г. войска Дмитрия Шуйского потерпели сокрушительное поражение под Клушином. В разгар сражения шведы ушли на север укреплять там свою власть.
После этого вновь активизировался Лжедмитрий II. Он захватил Серпухов, на время овладел Коломной, подошел к Москве и стал в Коломенском. С запада к столице подходили польские войска воеводы Жолкевского. 17 июля 1610 г. дворяне во главе с Захарием Ляпуновым при поддержке посадского населения Москвы низвели с престола Василия Шуйского и насильно постригли его в монахи. Тут же инициативу перехватили бояре во главе с Мстиславским. Последний призвал Жолкевского выступить из Можайска для защиты Москвы от Лжедмитрия. Начались переговоры по поводу воцарения на Руси польского королевича Владислава. 17 августа об этом был подписан соответствующий договор. Лжедмитрий II опять бежал в Калугу, где был убит при невыясненных обстоятельствах.
В ночь на 21 сентября 1610 г. бояре тайно впустили поляков в Москву.