Как только положение на фронтах гражданской войны улучшилось, Советское правительство и ВЧК вновь рассмотрели вопрос о методах борьбы с антисоветским подпольем.
В январе 1920 г. Ф. Э. Дзержинский внес в ЦК РКП(б) предложение о том, чтобы от имени ВЧК дать местным органам Чрезвычайной комиссии директиву о прекращении с 1 февраля применения высшей меры наказания (расстрела) и о передаче дел, по которым могло бы грозить такое наказание, в революционный трибунал.
13 января 1920 г. Политбюро ЦК РКП(б) постановило принять это предложение «с тем, чтобы приостановка расстрела была тем же приказом распространена и на ВЧК». Была избрана комиссия «для разработки формального приказа и подтверждения этого приказа от имени правительства в целом».
В изданном ВЧК приказе указывалось, что разгром Юденича, Колчака и Деникина, занятие Ростова, Новочеркасска и Красноярска создают новые условия борьбы с антисоветскими силами и в корне подрывают надежды отдельных групп контрреволюционеров свергнуть советскую власть путем заговоров, мятежей и террористической деятельности. Теперь можно было отказаться от применения к врагам советской власти высшей меры наказания — расстрела, «отложить в сторону оружие террора».
Исходя из этих соображений ВЧК постановила немедленно прекратить применение расстрела по решениям ее органов и войти в Совет Народных Комиссаров с предложением об отмене высшей меры наказания и по приговорам революционных трибуналов. Вместе с тем ВЧК предупреждала, что возобновление прямых нападений Антанты на нашу страну «неизбежно может выдвинуть возвращение к методам террора». ВЧК предложила всем чрезвычайным комиссиям обратить усиленное внимание на борьбу со спекуляцией и должностными преступлениями, содействовать налаживанию хозяйственной жизни, устранять препятствия, создаваемые саботажем и недисциплинированностью.
17 января 1920 г. постановлением ВЦИК и СНК применение высшей меры наказания (расстрела) было отменено как по решениям ВЧК и ее местных органов, так и по приговорам революционных трибуналов (за исключением военных трибуналов). Это постановление утвердила первая сессия ВЦИК VII созыва.
На IV конференции губернских чрезвычайных комиссий (3—6 февраля 1920 г.) Ф. Э. Дзержинский поставил вопрос о перестройке работы ЧК и призвал «изыскать такие методы, при помощи которых нам не нужно было бы производить массовых обысков, не пользоваться террором, однако все время вести наблюдение и пресекать корни козней и злонамерений врагов».
В изданном 18 марта 1920 г. новом Положении «О революционных трибуналах» последние признавались единственными органами, имеющими право вынесения приговоров (даже в местностях, объявленных на военном положении). В примечании к статье 1 Положения было допущено лишь одно изъятие из этого правила: «В целях борьбы с нарушителями трудовой дисциплины, охранения революционного порядка и борьбы с паразитическими элементами населения, в случае, если дознанием не установлено достаточных данных для направления дел о них в порядке уголовного преследования, за Всероссийской чрезвычайной комиссией и губернскими чрезвычайными комиссиями с утверждения Всероссийской чрезвычайной комиссии сохраняется право заключения таких лиц в лагерь принудительных работ на срок не свыше 5 лет».
В приказе ВЧК №48 от 17 апреля 1920 г. давалось разъяснение местным чрезвычайным комиссиям по поводу этого изъятия. Необходимость его вызывалась тем, что борьба буржуазии и преступного мира против трудящихся еще не вошла в такое русло, когда каждое преступление могло бы караться только судом. Поэтому закон оставил за ВЧК право в административном порядке изолировать антиобщественные элементы и лиц, заподозренных в контрреволюционных деяниях. В таком порядке могли подвергаться заключению бывшие помещики, капиталисты, царские чиновники, члены враждебных советской власти партий, лица, подозреваемые в спекуляции или уличенные в связи с явными контрреволюционерами, хранившие их переписку или деньги, а также лица, нарушающие трудовую дисциплину или саботирующие хозяйственную жизнь республики.