Ипатьевская обитель расположена в живописном месте — на стрелке между реками Волгой и Костромой, стоявшем к тому же на важной торговой дороге, идущей в сторону Ярославля. С самого момента своего основания Ипатьевский монастырь был укрепленным пунктом на подступах к Костроме, когда город стал центром удельного княжества. С этим временем местные предания связывают целый ряд событий, оставивших след в истории Костромы. Так, во времена княжения Василия Ярославича (брата Александра Невского) на левом берегу реки Костромы был возведен Спас-Запрудненский монастырь. Обе обители создавали мощный заслон богатым галичским землям.
В летописях первое упоминание о монастыре относится к 1432 г. — ко времени борьбы за великокняжеский престол, которую подняли князья Юрий Звенигородский и его сыновья — Василий Косой и Дмитрий Шемяка — против Василия Васильевича — племянника Юрия Дмитриевича (второго сына князя Дмитрия Донского). Однако основана обитель была значительно раньше — около 1330 г. Предание, записанное в XVI в., относит время ее возникновения ко второй четверти XIV в. Согласно ему, монастырь был основан знатным татарским мурзой Четом (предком Годуновых) — выходцем из Золотой Орды, как будто бы добровольно перешедшим на службу к великому князю Ивану Даниловичу Калите.
Однажды, когда Чет плыл по Волге, он тяжело заболел и остановился на месте, где теперь стоит монастырь. Во сне ему явилась Пресвятая Богородица с апостолом Филиппом и священномучеником Ипатием Гангрским. Божия Матерь обещала исцелить Чета, если он примет христианство. Выздоровев, мурза прибыл в Москву и принял христианскую веру, получив при крещении имя Захария. В честь своего чудесного исцеления он возвел каменный храм во имя Святой Живоначальной Троицы с приделами во имя апостола Филиппа и священномученика Ипатия и основал монастырь во имя святого Ипатия.
Чет-Захария стал и родоначальником костромских вотчинников Зерновых, Шеиных, Вельяминовых-Зерновых, Сабуровых и Годуновых — знатных боярских фамилий, покровительствовавших монастырю. Однако есть и другие списки легенды, по-иному излагающие обстоятельства возникновения монастыря. Академик С. Б. Веселовский, рассматривая взаимоотношения крупных боярских родов с Ипатьевским монастырем (в частности, генеалогию бояр Сабуровых-Годуновых), подвергает критике легенду об основании монастыря Четом-Захарией. Более того, ученый называет вымыслом предание «о чудесном во сне видении и не менее чудесном превращении поклонника Аллаха в русского патриота и основателя монастыря».
Сопоставляя легенду с родословными записями Годуновых и сообщениями летописей, ученые действительно нашли несколько противоречий. Например, Захария не мог приехать на службу к Ивану Калите, т. к. время его жизни (согласно родословной) отодвигается на 50 лет назад. А если все же именно он основал обитель, то время ее устроения приходится на вторую половину XIII в. С. Б. Веселовский считает, что Захария был истинным костромским вотчинником, а версия о происхождении рода Годуновых от мурзы Чета создана при составлении родословной в XVI в.
Междоусобная княжеская борьба длилась 30 лет, и заключительный этап ее был связан с Ипатьевским монастырем. В 1435 г. Василий Косой, как сообщают летописи, после поражения на реке Которосли укрепился в Костроме и стал собирать войско против московского князя. Василий Темный, выступив против него, расположился на Ипатьевском мысу. Не приняв сражения, Василий Косой согласился на мир, который и был заключен в монастыре. Вскоре после этого (в 1442 г.) монастырь получил по одной из великокняжеских грамот право перевоза через реку Кострому, а также богатые вклады от костромских вотчинников Шеиных, Сабуровых, Годуновых и др.
В XV в. монастырь становится и обладателем первых земельных вкладов, а в середине столетия получает поблизости два села (Костенево и Кошево) с деревнями. Но особый рост Ипатьевской обители начался с возвышением во второй половине XV в. рода Годуновых, ведущих свою родословную от легендарного мурзы Чета, и особенно после женитьбы царя Федора Иоанновича на Ирине (сестре Бориса Годунова). Доказывая древность и родовитость своего происхождения, чтобы оградить себя от политических притязаний Шуйских, Романовых и Захарьиных, Б. Ф. Годунов и его дядя Д. И. Годунов делали в монастырь богатейшие вклады, в результате чего обитель сделалась крупнейшим очагом культуры. Так, при поддержке Годуновых, в монастыре была устроена живописная мастерская.
В течение 30 лет в монастырь непрерывным потоком поступают от Годуновых вклады землей, деньгами и ценными вещами. Монастырская ризница обогатилась облачениями, церковной утварью, иконами в золотых и серебряных окладах, ценными рукописями. На средства бояр Годуновых обитель была полностью переустроена. Руководил работами специально назначенный «строитель» Гурий Ступищий, который до того времени успешно потрудился над возведением ИосифоВолоколамского монастыря. В 1585–1590 гг. деревянная монастырская ограда была заменена каменной стеной, длина которой составляла более 500 м, а высота — более 6 м. Толстые и прочные стены были возведены из огромных кирпичей на известковом растворе, для изготовления которых неподалеку от Ипатьевского монастыря построили печи. Пространство между внешней и внутренней кладкой, заполненное кирпичным боем щебнем и булыжником, тоже было залито известковым раствором.
Многие монастырские сооружения годуновского времени дошли до нас, но в перестроенном виде. Первая каменная постройка обители — это Троицкий соборный храм, возведенный в 1586 г. Первоначально собор был пятиглавым, с трех сторон его окружали открытые галереи, а с южной стороны была выстроена трапезная палата. Троицкий собор был летним храмом, предназначавшимся для торжественных богослужений. В 1581 г. в монастыре случился пожар, но восстановление обители началось сразу же.
За десятилетие были возведены каменные стены с башнями и въездными воротами. Святые (парадные) врата первоначально выходили к реке Костроме, под ними была выстроена церковь во имя воина Федора Стратилата и святой Ирины — в честь соименных царя Федора Иоанновича и царицы Ирины. В это же время строятся каменные кельи, погреба и настоятельские покои; в 1604 г. была сооружена каменная звонница, завершившая архитектурный ансамбль монастыря.
От первоначального убранства Троицкого собора сохранились три металлические двухстворчатые двери — дар Д. И. Годунова. В 1649 г. Троицкий храм обрушился от взрыва пороха, хранившегося в его подвалах. Взрывом двери были «совсем переломаны», но и их впоследствии восстановили, хотя расположение пластин было перепутано. Эти двери обиты медными листами, на которых изображены библейские пророчества и евангельские сюжеты; отдельные композиции обрамлены орнаментными валиками. Среди пророков и волхвов представлены языческий бог Аполлон, античные драматург Менандр и философ Платон, которых церковь причислила к провозвестникам христианской веры.
Зимней церковью, в которой совершались также и ежедневные службы, являлся храм Пресвятой Богородицы, до настоящего времени, к сожалению, не сохранившийся.
Главное боевое значение имели монастырские башни, в которых размещались бойницы с установленными в них крупными орудиями со снаряжением и полным «осадным нарядом». Для хранения пороха предназначалась специальная Пороховая башня (северо-восточная). Круглая форма угловых башен позволяла вести огонь в радиальном направлении, взаимодействуя с соседними и одновременно являясь удобным наблюдательным пунктом. В Водяной башне был устроен потайной вход к реке Костроме, который обеспечивал снабжение монастыря водой во время осады.
Одновременно с возведением стен и башен в монастыре строились жилые и хозяйственные каменные здания. Например, вдоль северной стены разместился Братский корпус, окна которого выходили на юг. Кельи у западной стены (справа от западных ворот) назывались Келарскими. С 1598 г., когда настоятелю Ипатьевского монастыря было присвоено звание архимандрита, корпус стал называться Наместническим.
В годы польско-шведской интервенции XVII в. Ипатьевский монастырь стал свидетелем одной из ярчайших страниц борьбы русского народа за независимость. Осенью 1608 г. западные районы и большая часть северных областей России были захвачены врагами, однако уже в ноябре выступили посадские люди Галича, к которым присоединились жители Вологды, Костромы и других городов. И в мае следующего года поляки и их сторонники во главе с воеводой Вельяминовым были изгнаны из города, но им удалось завладеть Ипатьевским монастырем. Слабо вооруженному войску ополченцев изгнать их было нелегко: монастырь-крепость мог противопоставить им 37 пушек, к тому же пороха и продовольствия у захватчиков было достаточно.
По приказу прибывшего в Кострому опытного воеводы Давида Жеребцова вокруг монастыря выкопали глубокий ров, за которым засели ополченцы, отрезав засевших в обители от всякого сообщения с внешним миром. Все попытки Вельяминова прорваться успехом не увенчались, т. к. ополченцы бились с иноземцами «день и ночь». Но чтобы взять крепость, нужно было взорвать ее стены, что и было сделано в ночь с 24 на 25 сентября 1609 г. Засевшие в монастыре поляки и их сторонники были уничтожены, а оставшиеся в живых нашли свою смерть на дне Святого озера (ныне Некрасовское). По преданию около 350 лет до этих событий оно стало могилой и для монголо-татарских завоевателей.
В Ипатьевском монастыре при Борисе Годунове жили в ссылке бояре Романовы, а в годы Смутного времени они получили монастырь в свое вотчинное владение как вознаграждение за опалу. Когда на Земском соборе 1614 г. юного Михаила Романова избрали царем, в монастырь явилось посольство от духовенства и бояр. Отрок Михаил Романов с матерью своей — инокиней Марфой — жил тогда в Наместническом корпусе, поэтому здание еще именовалось «палатами бояр Романовых». Посланные просили инокиню Марфу отпустить на царство юного сына, но старица, ссылаясь на его молодость, долго отказывала. Тогда архиепископ Рязанский взял в руки Феодоровско-Костромскую икону Божьей Матери и сказал старице Марфе и Михаилу: «Для чего же иконы Божьей Матери шествовали с нами в далекий путь? Если нас не слушаетесь, то ради Богоматери склонитесь на милость и не прогневайте Господа Бога». Против таких слов старица Марфа ничего не могла возразить и, упав на колени перед чудотворным образом, сказала: «Да будет воля Твоя, Владычица Небесная! В Твои руки предаю сына моего. Наставь его на путь истинный, на благо Себе и Отечеству».
В Троицком храме был отслужен первый благодарственный молебен за спасение России в Смутное время и за благоденствие нового царствующего дома. После этого стало укрепляться значение и благоденствие Ипатьевской обители. Монастырь состоит из Старого города (возведенного в 1586–1690 гг. на средства бояр Годуновых) и Нового (пристроенного в 1642–1643 гг. царем Михаилом Федоровичем Романовым).
В знак особого расположения царь Михаил Федорович передал в дар монастырю часть «ризы Господней», полученной от персидского шаха Аббаса, а также так называемое «царское место», изготовленное московскими резчиками по дереву. Основание его установлено на лежащих львах, «охраняющих» того, кто на нем восседает. Верх «царского места» венчает шатер, украшенный причудливой резьбой. В Троицком соборе оно находилось у южного столпа, а сейчас хранится в музее «Коломенское» — бывшем царском подмосковном селе.
Воцарение Петра I было разрушительным для Ипатьевской обители. В монастыре сняли часть колоколов, которые вместе с медными котлами отправили на переплавку в Москву. Последующие годы правления Петра Великого тоже не благоприятствовали обители, и в 1721 г. вновь назначенный архимандрит Гавриил писал в Святейший Синод: «нашел в Ипатьевском все ветхое… врата распалися и столпами деревянными подперты, всего же разорения в обители вкратце и описать невозможно».
В 1744 г. Ипатьевский монастырь стал резиденцией архиерея Костромской епархии, и поэтому с середины XVIII в. обитель стала расширяться и перестраиваться; возводились в ней и новые здания. Через три года в монастыре разместилась открывшаяся в Костромской епархии Духовная семинария — одна из старейших в России. В 1764 г. заканчивается строительство нового теплого храма в честь Рождества Пресвятой Богородицы, а в Троицком соборе был устроен новый иконостас, сохранившийся до нашего времени.
В 1767 г. Ипатьевский монастырь посетила императрица Екатерина II, участвовавшая 15 мая в Троицком соборе в Божественной литургии, восседая на царском месте — даре царя Михаила Федоровича. В начале 1834 г. костромское духовенство и почетные граждане города встречали у стен обители императора Николая I, который внимательно осмотрел монастырскую ризницу и кельи, в которых проживал юный Михаил Романов с матерью, и повелел восстановить эту «знаменитую по свершимся в ней событиям обитель и обновить все здания сего монастыря».
Во время празднования 300-летия дома Романовых Кострома была одним из главных мест по проведению торжеств. Ничего подобного майским торжествам 1913 г. в обители не было с 1613 г. На празднование прибыли император Николай II с семейством, министры и придворные. Император приложился к иконе Феодоровской Божией Матери, которой предок его был благословлен на царство. Но в то же время торжества эти стали как бы прощанием со старой царской Россией.
В начале 1919 г. новая власть закрыла монастырь, монахи и епископ Филарет (Никольский) были изгнаны, все имущество обители национализировано. Часть монастырский помещений передали губернскому музею, в остальных разместился Советский поселок, в котором поселились жители фабричных окраин. До 1922 г. еще продолжалась служба в монастырских соборах, но уже в марте этого года губернская комиссия конфисковала церковную утварь (священные сосуды, лампады, подсвечники и т. д.) общим весом более 14 кг золотом и около 200 кг серебром.
Возрождение монастыря началось в феврале 1980-е гг., и уже в ноябре 1989 г. после долгих десятилетий «мерзости и запустения» в нем была совершена первая служба. В настоящее время в обители подвизается небольшое число послушников и монашествующих. Кроме послушания, они занимаются реставрацией храма во имя Иоанна Богослова, который был взорван в 1687 г. К 850-летию Костромы городские власти передали монастырю Новый город — часть монастырской стены, башни и корпус, в котором раньше размещался Отдел природы Историко-архитектурного музея.
В июле 2002 г. в Ипатьевском монастыре уже во второй раз память о расстрелянной царской семье была отмечена церковной молитвой. В этот знаменательный день в дар Ипатьевской обители от Екатеринбургской епархии был поднесен камень от стен разрушенного Ипатьевского дома, в котором была расстреляна семья последнего российского царя.