Смоленское кладбище официально было учреждено указом Сената от 22 мая 1756 года, в действительности же оно служило местом погребения с самого основания Санкт-Петербурга. Кладбище располагается в северо-западной части Васильевского острова, который до возведения северной столицы назывался Хирвисаари (Лосиный остров). Старинное предание гласит, что здесь поселилась пришедшая из Смоленска артель рабочих, многих из которых тяжелые условия труда, голод и холод быстро свели в могилу. Умерших свезли на берег Черной речки и там похоронили, с этого времени поле на южном берегу речки и стало называться Смоленским.
Да и где еще можно было хоронить покойников с Васильевского острова, особенно во время ледоходов, бурь и наводнений, когда сообщение с другими частями города прерывалось? Впоследствии, при возведении новых зданий, именно на южном берегу Черной речки и по западному берегу Малой Невы было найдено множество гробов. Привозили сюда и тех, кто был лишен христианского погребения, и тех, кого по каким-либо причинам не отпевал приходской священник.
В петровское время вокруг города шастали целые шайки разбойников, поэтому было много грабежей и убийств, но еще больше было людей спившихся. По закону приходские священники не могли погребать их возле церквей, и потому убитые горем родственники вынуждены были проводить захоронения вне церкви. Все покойники такого рода свозились на Черную речку, и кладбище быстро расширялось. О нем знало и светское и духовное начальство, но когда строили старый Андреевский собор и жители Васильевского острова просили открыть возле него кладбище, Святейший синод отказал им. На плане Санкт-Петербурга 1738 года Смоленское кладбище располагалось между Большим и Средним проспектами, за 23-й линией Васильевского острова. Но здесь был чрезвычайно низкий грунт, в дождливую погоду и при ветре с моря покрывавшийся водой, поэтому место было чрезвычайно неудобным и даже недоступным. Если здесь и погребали, то очень немногих, и в народе не сохранилось даже памяти об этом кладбище.
В царствование императрицы Анны Иоанновны Особая комиссия по делам строений вместе со Святейшим синодом постановила: «В Санкт-Петербурге погребению быть надлежит… на Васильевском острове у Черной речки, между 18 и 23 линиями, к какому месту дорогу расчистить от вновь наростнаго кустарнику». Но и это пространство было довольно низким, так что Святейший синод еще предписал:
Для возвышения кладбищенских мест поделать вокруг и поперек каналы, в пристойных местах устроить пруды, вынутою землей возвысить места; самые кладбища огородить деревянным забором и построить при таких кладбищах деревянные покои для жития караульным и могильщикам и для содержания всяких потребностей к погребению. А те строения, каналы, пруды и городьбу делать и впредь содержать в добром порядке из церковных доходов.
Порядок на кладбище должны были поддерживать могильщики, которым вменялось могилы копать глубиной не менее двух метров, зарывать их, потом утаптывать и делать могильный холмик высотой около 70 сантиметров. Они же обязаны были «содержать на кладбище караулы, с переменой всегда по два человека, и часы городские слушая или песочные имея, в колокол звонить по обыкновению».
Кладбищенское место на Васильевском острове принял священник Андреевской церкви Никифор Никифоров. Церкви на кладбище не полагалось, а отпевание и поминовение усопших проводилось в приходских и домовых церквах. Но какие же могли быть доходы для производства работ и содержания кладбища в порядке, если не было самого источника доходов — церкви? А у Святейшего синода не было средств на возведение храма…
По этому поводу возникла переписка между светским и духовным начальством, но только в 1760 году, уже в царствование Елизаветы Петровны, была построена деревянная церковь во имя Смоленской иконы Божьей Матери. Кладбище обнесли забором, а на западной стороне от поля его отделили еще и каналом. Наблюдение за кладбищем было поручено отставным солдатам из городской богадельни.
Губернская канцелярия считала кладбищенскую церковь своей собственностью, забирала ее доходы, а на церковные потребности внимания обращала мало, поэтому неудивительно, что со временем церковь пришла в упадок. В 1768 году церковь на Смоленском кладбище была передана в ведение Конторы экономии, и смотреть за ней поручили находящемуся при богадельне комиссар-прапорщику Петру Шураеву, под начало которого выделили трех сторожей. В 1772 году к церкви пристроили два придела, но и эта церковь, как и первая, не отличалась ни красотой, ни богатством утвари, поэтому доходы ее были весьма незначительны. Тогда Контора экономии испросила разрешения «в церкви Михаила-архангела, на Смоленском кладбище, отпевать детей, умерших от оспы», с того времени церковь стали называть еще и оспенной. За младенцами «потянулись» и взрослые покойники, и мало-помалу установился обычай отпевать и в кладбищенской церкви.
Священники и причт Смоленского кладбища жалованья никогда не получали и жили только тем, что зарабатывали служением заупокойных литургий и панихид, отпеванием покойников и поминовением их. Могильщики получали плату за рытье могил, обкладывание их дерном, за устройство надгробий, памятников и т. д.
Сначала Смоленское кладбище ограничивалось тем участком, который впоследствии стал называться Старым кладбищем. Но через 20 лет мест для погребений на нем не стало хватать, и в 1783 году к кладбищу присоединили смежный с ним участок, занятый дотоле городскими богадельнями. В том же году стараниями протоиерея Георгия Петрова в кладбищенской церкви был устроен придел во имя архистратига Михаила, но главное здание церкви к этому времени уже сильно обветшало, и тогда же было заложено каменное — с колокольней и папертью. Возведение церкви было закончено через 10 лет, а в 1808 году к ней стали пристраивать с северной и южной сторон пристройки, а над колокольней возвели второй этаж. Однако наводнение 1824 года полностью разрушило церковь. Все кладбищенские заборы были свалены, мосты и мостики уничтожены, земляные насыпи на могилах смыло водой, каменные и металлические надгробия сдвинулись с места, много памятников под напором волн было свалено. Кресты с могил унесло на Выборгскую сторону, и в Морском госпитале ими целую зиму топили печи.
Вода залила подвал церкви, уничтожила хранившийся там архив, затопила и богадельню: три старушки, спасаясь, забрались на печь, но утонули. Другие схоронились на чердаке, но их убогие пожитки были унесены водой. Кладбищенская церковь размыло до такой степени, что после наводнения служить в ней было нельзя.
Во время наводнения утонуло много людей, другие умерли впоследствии от простудных заболеваний, и потребовалось много мест для их погребения, а между тем на Смоленском кладбище уже и раньше чувствовалась нехватка площади. Император Александр I, побывав на кладбище и в церкви Смоленской иконы Божьей Матери, повелел присоединить к кладбищу пустопорожние земли. Он утешил пострадавших от наводнения старушек, приказал обеспечить их теплой одеждой и обувью и доставлять им пищу в течение трех месяцев.
В 1829 году разрушенную наводнением церковь во имя Смоленской иконы Божьей Матери разобрали и на ее месте воздвигли каменную — во имя Святой Троицы с двумя приделами: один во имя архистратига Михаила, другой — в честь мучеников Сергия и Вакха.
На Васильевском острове находились Российская академия наук, Академия художеств, Горный институт, ряд военно-учебных заведений, и Смоленское кладбище сложилось в основном как пантеон русской науки и культуры. Но еще в 1807 году причт кладбища получил от митрополита предписание — приготовить места для кавалеров Ордена святого Иоанна Иерусалимского. Сначала те были погребены на Каменном острове, но потом гробы с их останками по каким-то причинам перенесли на Смоленское кладбище, причем некоторые даже ночью. Однако в церковные книги об этом записано не было, а потому о них ничего и не известно.
Одной из самых известных на Смоленском кладбище является могила блаженной Ксении Петербургской. Происхождение Ксении Григорьевой (таковы ее настоящие имя и фамилия) неизвестны, а замужем она была за придворным певчим Андреем Федоровым, состоявшим в чине полковника. Оставшись в 26 лет вдовой, она все свое имущество раздала бедным, надела одежду мужа и 45 лет под его именем ходила по Санкт-Петербургу, нигде не имея постоянного жилища. Главным местопребыванием ее стала Петроградская сторона, в основном — приход святого апостола Матфея. Рассказывают, что особым уважением Ксения Петербургская пользовалась у извозчиков, которые наперебой предлагали услуги, едва завидев ее. Считалось, что кому хоть немного удастся подвезти ее, у того весь день будет удачным.
…24 декабря 1761 года блаженная Ксения, как всегда, ходила по Петербургской стороне и всем встречным говорила: «Пеките блины, пеките блины. Вся Россия будет печь блины». Этим, как говорят, она предсказывала смерть императрицы Елизаветы Петровны, умершей на другой день.
Год смерти самой Ксении Петербургской неизвестен, предположительно — на рубеже XVIII–XIX веков. С 1820-х годов на ее могилу хлынули толпы паломников и разобрали всю могильную насыпь. Сделали новую, но разобрали и ее, положили плиту — ее разбили и обломки унесли по домам. Ломая плиты и разбирая землю, посетители оставляли на могиле посильные денежные пожертвования, которыми пользовались нищие. Тогда могилу Ксении Петербургской обнесли оградой, к которой прикрепили кружку для пожертвований. На собранные деньги блаженной Ксении поставили памятник в виде часовни, а кружку оставили у памятника. Одно время половина собранной суммы поступала в пользу попечительства о бедных, а другая половина оставалась в церкви на неугасимую лампаду Ксении Петербургской.
На могиле ее впоследствии кто-то сделал надпись: «Кто меня знал, да помянет мою душу, для спасения своей души». На Смоленском кладбище нигде не служится столько панихид, сколько на могиле Ксении Петербургской. Рассказы о творимых ею чудесах распространялись не только по Санкт- Петербургу, но проникали и в другие города, привлекая на кладбище много посетителей.