Одним из величайших памятников Древней Руси стала Святая София в Новгороде, возведенная лишь на несколько лет позднее первого собора Русского государства — Софии Киевской. Здесь она стала такой же главной святыней и олицетворением древнего града, о котором говорили: «Где Святая София, там и Новгород».
Первый деревянный храм Святой Софии о тринадцати куполах был возведен в Новгороде в 989 г., сразу после принятия христианства. Собор сгорит в 1045 г., в период строительства первых каменных стен кремля, начатых за год до этого. Новгородский князь Владимир, сын Ярослава Мудрого, закладывает новый каменный храм в строящемся детинце, в отличие от предыдущего, располагавшегося за пределами его стен.
Событие это было настолько значительным во всей Киевской Руси, что на его закладку прибывает даже сам великий князь Ярослав Мудрый и княгиня Ирина (Ингегерда). Собор строится по подобию Софии Киевской, но со значительными отличиями от своего прототипа. Вместо тринадцати куполов возводится только пять, что придает собору большую строгость. Шестая глава венчает лестничную башню, расположенную в западной галерее южнее входа. Все главы были выполнены в виде древнерусских шлемов. При общей изящности и ясности форм храм приобретет необыкновенную силу и мощь, выглядя единым цельным монолитом. Крестово-купольный 5-нефный храм с хорами окружен тремя широкими 2-этажными галереями. Фасады собора не отличались большим оформлением, ограничиваясь отдельными элементами декоративной кладки. Сложенный из грубо отесанного известняка разных оттенков, скрепленного розоватым известковым раствором, смешанным с толченым кирпичом, первоначально он не был оштукатурен. После побелки храм приобретет еще более торжественный вид. Собор имел в длину (без галерей) 27 м, а в ширину 24 м, вместе с галереями соответственно 34 м и 39 м. Высота храма до вершины креста центральной главы составляла 38 м. Древний пол в течение веков неоднократно перекрывался последующими покрытиями, в том числе и мозаичным, поднявшись от основания на целых 130 см. Сам собор за столетия врос в землю на полтора метра. В результате последующих переделок появились большие окна над входами, расширены остальные окна. Удивительно, но стены собора имели толщину всего до 1,2 м, хотя храмы даже меньших размеров возводились позднее с более массивными стенами. Освящен собор был, по данным разных летописей, в 1050-м или в 1052 г. епископом Лукой.
Возведенный Софийский собор сразу стал символом города, его духовным центром. Под его сводами происходили не только главные богослужения, но и торжественные церемонии и приемы послов, а на площади перед ним собиралось буйное вече. В его стенах погребали новгородских князей и епископов. Здесь воедино сплелись все смысловые ценности религиозной и общественной значимости горожан. Недаром бытовавшее выражение «Умереть за Святую Софию» ассоциировалось с самой новгородской республикой.
В соборе сохранилось сравнительно немного древних фресковых росписей, отражающих различные этапы украшения здания. Общепринято считать, что впервые собор расписывался в 1109 г., хотя, возможно, росписи середины XI в. до нас не дошли. Украшался первоначально собор лишь отдельными «иконными фресками», а большая часть стен оставалась открытой. Поновления росписей производились в 1144 и в 1195 гг., но последние поновления производились в XIX в. От XII в. сохранились только фрагменты росписи центрального купола и композиция «Константин и Елена» в средней части южной галереи Мартирьевской паперти. Знаменитая фреска «Пантократор» в главном куполе погибла во время войны от попадания в нее немецкого снаряда. Во время одного из авианалетов с центрального купола также был сбит знаменитый крест со свинцовым голубем, позднее снятый немцами. С фигурой голубя — символом Святого Духа, связана целая легенда, уходящая в историю жестокой расправы Ивана Грозного (1570 г.) над жителями Новгорода. Она повествует, что однажды на крест Святой Софии сел голубь, но, взглянув вниз и увидев страшное побоище, окаменел от ужаса. Позднее Богородица открыла одному из монахов в видении, что голубь послан в утешение пострадавшему граду, и пока он не слетит с креста, город им будет храним. Новгородская святыня, крест, был вывезен оккупантами в Испанию, но в 2004 г. возвращен в собор, где и почитается теперь. На куполе установлен новый золоченый крест с нерушимым символом города.
Главный вход собора с XV в. украшают уникальные Магдебургские ворота в романском стиле с большим количеством горельефов — блестящий образец западноевропейской работы. Происхождение их имеет множество версий. По одной из них, они изготовлены в 1153 г. в Магдебурге и первоначально предназначались для собора в Полоцке. По другой — являются военным трофеем новгородцев, взявших в 1187 г. шведскую столицу Сигтуну. До 1570 г. в соборе находилась еще одна реликвия, Васильевские врата, вывезенные Иваном Грозным в Александровскую слободу. Выполненные в технике золотой наводки, этот уникальный памятник тоже сохранился в бывшем центре опричнины.
Главными святынями собора являются его чудотворные иконы, древнейшая из которых, «Святые апостолы Петр и Павел», относится к XI в. В иконостасе сохранилось несколько икон XIV в., написанных греческими мастерами. Но самым известным новгородским образом является икона Пресвятой Богородицы «Знамение», связанная с величайшим чудом в истории города. В 1170 г. соединенные войска князя Суздальского Андрея Боголюбского с дружинами Полоцкого, Рязанского и Муромского княжеств осадили Новгород. Жители не ждали милости от врагов и лишь надеялись на чудо, моля о заступничестве Всемилостивого Спаса и Пресвятую Богородицу. Однажды первому новгородскому архиепископу Иоанну было видение, чтобы он забрал из церкви Святого Спаса на Ильиной улице икону Пресвятой Богородицы и отнес ее на крепостную стену «против супостатов». Так он и поступил, но когда вражеская стрела попала в драгоценный образ, из глаз Девы выкатилась слеза. Тут святой Иоанн воскликнул: «О дивное чудо! Как из сухого дерева текут слезы? Ты даешь нам Знамение, что сим образом молишься пред Сыном Твоим и Богом об избавлении града!» И скоро страшная тьма покрыла врагов, на них напал такой страх, что они в смятении побежали, поражая друг друга. Тогда новгородцы открыли крепостные ворота и бросились добивать отступающих суздальцев. В память этого события было установлено в Новгороде празднование Знамения Пресвятой Богородицы. На иконе сохранились лишь позднейшие поновления XVI—XVII вв. Икона двухсторонняя, на лицевой стороне изображена по пояс Богоматерь с простертыми к небу руками, а на груди у Нее в круге Богомладенец. Такой тип композиции относится к очень древним временам, а на Руси примером может служить мозаика Оранты («Молящаяся») в Киевской Софии. На обороте иконы изображен апостол Петр и мученица Наталия, предстоящие перед Христом. С иконой связано множество чудотворений в истории города, почитаемой во все времена главной святыней. Алексей Михайлович украсил ее драгоценным окладом, и множество даров и вкладов было сделано ей. В конце XIX в. она была украшена несметными сокровищами, лишь одно перечисление их повергает в изумление: на иконе находилось 2062 бриллианта, 326 бриллиантовых роз, 173 зерна жемчуга, 31 изумруд и яхонт, 9 рубинов, 6 сапфиров и 38 алмазов.
Еще одним чудотворным образом является «Никола Липный» (Николай Угодник), написанный в 1294 г. мастером Алексом Петровым по заказу и на деньги новгородца Николая Васильевича. Прославилась также чудотворениями Тихвинская икона Богородицы (XVI в.), находящаяся в Рождественском иконостасе.
В соборе упокоились мощи княгини Ирины и ее сына князя Владимира, князей Мстислава Храброго и Феодора Ярославовича, архиепископов Никиты и Иоанна, а также архиереев XVIII—XIX вв.
После революции собор был закрыт, а в 1929 г. в нем был организован антирелигиозный музей, где представлялись исторические сокровища ризницы собора, как пример «баснословных богатств церкви». Во время немецкой оккупации собор был окончательно разграблен, но после войны полностью восстановлен, став отделом Новгородского музея-заповедника. В 1991 г. Софийский собор был передан РПЦ, и вновь под древними сводами зазвучали православные молитвы, возвращая нас к неиссякаемому источнику отеческой веры.