История этой обители началась в XII в., когда в Новгородских землях особенно широко распространяется иночество. Основной источник сведений о Хутынском монастыре и его основателе — «Житие преподобного Варлаама», одного из наиболее почитаемых святых Русского Севера. Преподобный Варлаам не был ни первым монастырским строителем в Новгороде, ни первым новгородским святым, но после смерти его очень почитали в городе.
«Сын богатых новгородцев Михаила и Анны, названный при крещении Алексеем, он рано приобщился к книжной премудрости и слову Божию, усердно молился и строго соблюдал посты. Родители, заботясь о его здоровье, всячески старались удерживать его религиозное рвение, но Алексей кротко отвечал им: „Любезные мои родители! Много читал я книг священных, но нигде не находил, чтобы сами родители недоброе советовали своим детям. Что нам дороже, что важнее Царства Небесного? Вот его и надо искать нам. Истинное богатство — душевное, а не телесное. Заботящийся о временном гоняется за суетною тенью и, как худой врач, слепыми делает здоровье и глаза. Так и богатство своей прелестью может ослепить взоры душевные“.
После смерти родителей он не воспользовался их состоянием, а раздал доставшееся ему наследство бедным, принял постриг с монашеским именем Варлаам и поселился в Лисицком монастыре, располагавшемся в семи километрах от города вниз по течению Волхова. В монастыре он поступил под руководство благочестивого иеромонаха Порфирия, однако жизнь в большой обители не давала настоящего уединения, какого жаждал сей подвижник.
Любя совершенное уединение и безмолвие, святой Варлаам часто ходил по окрестностям Новгорода, ища места для полного уединения. Однажды во время своего очередного странствия он забрел в живописную, но пользовавшуюся дурной славой местность Хутынь, располагавшуюся в трех километрах ниже по течению Волхова. По народным преданиям, здесь с незапамятных времен свила себе гнездо нечистая сила, которая тревожила всех попадавших сюда людей. Но Варлаам удостоился необычного видения: однажды в чаще леса он был поражен лучом света, блиставшем ярче солнца. Он принял это за небесное знамение — за указание места для основания будущей обители.
На возвышенном холме святой Варлаам построил себе уединенную келью и начал самую суровую жизнь: днем работал, а ночью молился. Враг рода человеческого не раз старался смутить дух святого Варлаама, изгнать подвижника из пустыни, искушая его плотскими видениями, а то и нападая на него в образе зверя или гадов. Но преподобный Варлаам крестной силой и молитвами отгонял от себя козни и напасти лукавого врага. Вскоре по округе разнеслась молва о его высокой жизни, и к пустынному жилищу святого Варлаама стали приходить за советами и наставлениями и простолюдины, и знатные вельможи из Новгорода и его окрестностей, а также и из иных земель.
Со временем в память чудесного знамения устроили в той чаще церковь во имя Преображения Господня. Архиепископ Григорий освятил храм и поставил Варлаама игуменом учрежденного там монастыря, который известен как Хутынский Преображенский».
Мир и любовь царили в обители преподобного Варлаама. Еще при жизни Господь удостоил его дара прозорливости и чудотворения. Живя в пустыни, управляя братией и ведя строгую подвижническую жизнь, святой угодник Божий нередко посещал Новгородского архиепископа Антония. Путь к его двору, стоявшему рядом с Софийским собором, проходил по мосту через Волхов, в то время служивший и местом казни преступников, которых сбрасывали с него в воду. Проходя однажды по мосту, Варлаам увидел приготовления к казни; сжалился преподобный над несчастным, остановился и, благословив народ, стал просить, чтобы осужденного отдали в монастырь на служение братии. «Он исправится там», — говорил святой Варлаам. И действительно, преступник впоследствии постригся в монахи и стал вести жизнь самую строгую и благочестивую.
А однажды, прощаясь с Новгородским архиепископом, преподобный Варлаам пообещал ему снова приехать в пятницу, на первой неделе Петрова поста (т. е. в июне) — на санях! И пророчество это осуществилось самым неожиданным образом: в ночь на означенную пятницу выпало столько снега, что преподобный действительно приехал в город по санному пути. Он застал владыку в глубокой скорби о погибших хлебах, которые к этому времени уже обычно начинали колоситься. Старец же успокоил его, объяснив, что без мороза настал бы голод, ибо все хлебные корни были поражены червями, которые теперь погибли от холода. На следующий день наступила жара, растаявший снег напоил землю, и урожай в тот год собрали небывало богатый. В память этого события владыка Новгородский установил на все времена совершать в первую пятницу Петрова поста торжественный крестный ход из Софийского собора в Хутынский монастырь.
Достигнув глубокой старости, преподобный Варлаам хотел поставить каменный храм во имя Преображения Господня вместо старого деревянного, и уже приступил к его возведению. Но завершенным он новый храм не увидел; чувствуя близкую кончину, собрал он учеников своих и сказал: «Дети мои, я уже отхожу от сей жизни. Да будет начальником после меня друг мой Антоний; и его, и вас предаю покровительству Божию. Он сохранит и вразумит вас во спасение. Я же, если стяжу дерзновение перед Богом, не оставлю вас, но буду с вами духом. Знамением сего будет, что обитель и по смерти моей не оскудеет, а будет процветать. Храните между собой любовь». Затем, осенив себя крестным знамением, преподобный мирно скончался 6 ноября 1193 г.
С именем преподобного Варлаама Хутынского связано множество легенд, а в монастыре до настоящего времени хранятся памятники святых подвигов его: железные вериги весом 4 кг и власяница весом около 9 кг. В обители у гроба святого угодника Божьего совершалось много чудес: исцеление новгородского князя Константина — сына Дмитрия Донского, воскрешение Григория — постельничего князя Василия Темного и др. В 1472 году великий князь Московский Иоанн III, взяв Новгород, прибыл в Хутынский монастырь поклониться святому Варлааму и был очень удивлен, почему мощи святого не открыты. Игумен Нафанаил отозвался неведением, и тогда князь приказал отодвинуть каменную плиту, бывшую над могилой, и копать землю. Но едва приступили к этой работе, как из могилы повалил густой дым, а вслед за ним сверкнуло пламя, опалившее стены храма. Иоанн бежал из собора, бросив свой посох, который сохранялся в обители, как свидетельство того знамения.
С самого начала своего существования Хутынский монастырь пользовался особой почестью «великия обители». Права, которые он имел, были значительнее прав почти всех других новгородских монастырей. Владея с незапамятных времен разными землями и крестьянами, он получал много и других преимуществ. Согласно высочайшей воле князей (начиная от правления великого князя Василия III и до Петра I), монахи и крестьяне обители освобождались от светского суда, а угодья — от пошлин.
В 1685 г. к монастырю была присоединена Ксенофонтовская пустынь, основанная одним из учеников преподобного Варлаама. Это дало обители новые угодья и доходы, однако жизнь братии не отличалась излишествами. Писатель А. Г. Слезкинский, посетивший монастырь уже в начале ХХ в., был удивлен скромностью монастырской трапезы: в будни на обед подавались ботвинья, щи, суп или уха, гречневая или пшенная каша, а на ужин — щи и «разваришка» (жидкая гречневая каша). Лишь в праздники трапеза «украшалась» булками и осетриной, которую крошили прямо в щи.
Спасо-Преображенский собор 1192 г., с которого началось монастырское строительство, через 300 лет пришел в ветхость. В 1515 г. на месте разобранного храма вырос новый. Летопись отмечает, что его строительство велось за счет монастырской казны, но «повелением великого Государя и великого князя Василия Ивановича всея Руси». Огромное сооружение, увенчанное пятью главами, в общих чертах повторило облик знаменитого Успенского собора Московского Кремля, но в деталях сильно отличалось от него.
В 1552 г. к северу от собора построили новую церковь во имя Варлаама Хутынского — двухэтажную, с монашеской трапезной. В последующие века достраивались храмы и колокольни, братские корпуса, монастырская больница…
Обитель преподобного Варлаама была самой процветающей в Новгородской епархии. В дни памяти преподобного Варлаама на поклонение ему стекались сотни паломников из разных земель.
В 1646 г. к нему были пристроены приделы: с южной стороны — во имя Покрова Пресвятой Богородицы, с северной — во имя Иоанна Богослова. Последний был потом переосвящен во имя архангела Гавриила — после погребения в нем в 1816 г. поэта Г. Р. Державина, скончавшегося в своем новгородском имении Званка, находившемся от Хутыни в 60 верстах вниз по Волхову.
В 1919 г. Хутынский монастырь был закрыт. На его территории разместилась психиатрическая больница, а монастырские земли были переданным ее подсобному хозяйству. Во время Великой Отечественный войны вражеские снаряды превратили обитель в руины. Почти вся верхняя часть Спасо-Преображенского собора обрушилась. В мощных стенах, ограждавших обитель, образовались проломы. Церковь преподобного Варлаама пострадала еще больше. От архиерейского дома остались лишь стены. Но к гробнице Варлаама, где под спудом лежали его мощи, продолжали приходить люди. Разгребали снег и зажигали свечи, приносили цветы и молились преподобному.
В 1976 г. под руководством архитектора Г. М. Штендера начались работы по восстановлению ансамбля Хутынского монастыря. Но только через 20 лет закончилась реставрация собора и братского корпуса. А 19 ноября, в день памяти преподобного Варлаама, Спасо-Преображенский храм был освящен. Монастырь возродился как обитель женская.