Ипатьевский монастырь в дореволюционной России имел особое положение — он почитался членами царской семьи как фамильная святыня. Их попечением монастырь превратился в богатую обитель, хранившую многие исторические реликвии. А со времен Екатерины II каждый из монархов считал своей священной обязанностью посетить хоть раз в жизни царскую обитель, откуда началась история династии Романовых. В связи с этим монастырь стал незыблемой святыней земли Русской.
Древний монастырь удобно расположился на мысу между Волгой и впадающей в нее рекой Костромой, величаво красуясь грозными каменными стенами и вознесенными ввысь золотыми куполами. Точной даты его основания не существует, но по распространенной легенде его воздвиг золотоордынский мурза Чет, перешедший на службу к великому князю Московскому в конце XIII в. Когда он плыл по Волге, то сразил его тяжкий недуг, и он остановился на том месте передохнуть.
И было ему видение Пресвятой Богородицы с апостолом Филиппом и священномучеником Ипатием, после чего он был исцелен. Крестившись в Москве, мурза принял имя Захария, а в благодарность Богу за исцеление воздвиг монастырь. Первым храмом здесь стала деревянная церковь во имя Живоначальной Троицы. Захарий стал родоначальником знатнейших фамилий костромских бояр: Зерновых, Сабуровых, Шейных, Вельяминовых и Годуновых, ставших могущественными покровителями монастыря.
По другой версии, монастырь был основан в 1275 г. великим князем Владимирским Василием Ярославичем по прозвищу Квашня, братом Александра Невского, но предпочитавшего жить, несмотря на титул, в родной Костроме.
Первое летописное упоминание монастыря относится к 1435 г., как давно уже существующему, в котором прошло заключение перемирия между московским князем Василием II Темным и галицко-звенигородскими князьями, боровшимися за великокняжеский престол.
Скоро начинается возвышение монастыря, которому жертвуют значительные вклады «на помин души» многие костромские бояре. Здесь упокоились основатель монастыря Захария и его потомки. Большие земельные угодья пожертвовал в 1528 г. монастырю могущественный костромич Федор Сабур, брат Соломонии, жены великого князя Василия III. Во второй половине XVI в. значительные милостыни передают обители возвысившийся род костромских Годуновых. Благодаря их финансовой поддержке скоро здесь разворачивается активное каменное строительство. Для руководства работами появляется даже монастырская должность «строителя», которую в это время занимал талантливый зодчий Гурий Ступишин. Первоначально в 1560 г. возводится новый пятиглавый Троицкий собор с приделами во имя Святого апостола Филиппа и Священномученика Ипатия. Он был небольшим, но именно в нем 14 марта 1613 г. будет призван на царство Михаил Романов. Монастырские стены становятся каменными с несколькими въездными воротами, среди которых выделялись Святые Парадные ворота с надвратной церковью во имя Великомученика Феодора Стратилата и великомученицы Ирины, возведеннных в честь святых царя Феодора Иоанновича и его супруги Ирины. Стены протянулись на 518 м, обезопасив обитель от врагов, которая превратилась в хорошо укрепленную цитадель на старой Ярославской дороге. В монастыре создается иконописная мастерская, формируется книжное собрание, включающее древние рукописи. Здесь хранилась и знаменитая Ипатьевская летопись. Обитель обладала богатейшим собранием иконописи и драгоценной церковной утварью. Сегодня многие вкладные годуновские иконы можно увидеть в фондах известных музеев, в том числе Костромского музея-заповедника, в Третьяковской галерее, Историческом музее, Оружейной палате Московского Кремля и т.д. К началу XVII в. обитель становится богатым феодалом-вотчинником, владея более 20 тыс. десятин земли и 400 селами, став четвертым среди крупнейших русских монастырей-землевладельцев. Игумену монастыря присваивается сан архимандрита.
Эпоха Смутного времени принесла обители тяжелые испытания. В 1608 г. монастырь был захвачен отрядами самозванца Лжедмитрия II, которые скоро осаждаются войсками народного ополчения. По всем правилам организуется осада крепости, вокруг стен роется ров. И лишь летом следующего года монастырь освобождается от захватчиков. Во время штурма от взрывов пострадают многие постройки, в т.ч. обе надвратные церкви и Троицкий собор. А уже в феврале 1612 г. Кострома благословит нижегородское народное ополчение, двинувшееся на Москву для окончательного освобождения страны от иноверцев. А в освобожденной столице Земский собор решит звать на царствие Михаила Романова, который пребывал тогда в костромской вотчине Домнино. Именно туда рвались поляки, которых погубил Иван Сусанин, спасая зарождавшуюся царскую династию.
Род Романовых был тесно связан с костромской землей, в первую очередь по линии матери, костромички Ксении Шестовой, ставшей в 1590 г. женой москвича Федора Романова. Да и у самих Романовых были немалые костромские угодья под Унжей.
По преданию, Михаил Романов со своей матерью, ставшей монахиней Марфой, в период Смуты провел в Ипатьевском монастыре несколько лет. Они жили скромно, в обычных келарских келиях, попав в опалу при Годунове. Позднее, в 60-х гг. XIX в., келии будут отреставрированы в стиле древнерусского зодчества и нарядно расписаны по фасаду «в шахматы», превратившись в палаты бояр Романовых. Здесь сохранится посох Михаила Романова и запрестольный крест, с которым московское посольство призывало его на царство.
С приходом к власти Романовых монастырь приобретет новых могущественных покровителей. Начинается возрождение наполовину разрушенной обители, починяются храмы и келии. Строится Новый город (новая часть монастыря), которая обносится высокими стенами с тремя башнями и застраивается деревянными строениями. При Алексее Михайловиче настоятель с братией задумали расширить Троицкий собор, для чего обратились с просьбой к царю о возведении храма по подобию собора в московском Новоспасском монастыре, но повелено было устроить его по образцу ярославского Успенского собора, «не больше онаго». В 1652 г. возводится новое здание, дошедшее до нас, на месте разобранного старого собора. Пятиглавый крестово-купальный храм, на подклете, с трех сторон окруженный галереей с крыльцом, будет расписан известной на Руси костромской артелью изографов под руководством Гурия Никитина и Силы Савина, воплощавших глубокие традиции иконописного искусства. Настенная фресковая роспись была выполнена в четыре яруса, из которых верхний прославил Святую Троицу, второй — чудеса Господни, третий — Страсти Христовы, а нижний повествовал о деяниях Святых Апостолов. Выдающееся произведение монументальной живописи донесло до нас все особенности стиля костромской школы, сочетая высокую одухотворенность образов с глубоко человеческой интерпретацией евангельских событий. В новый собор были перенесены из старого храма двери, обитые листовой медью середины XVI в. — вклад боярина Дмитрия Годунова. Сохранившийся резной иконостас в соборе будет изготовлен костромскими резчиками в 1758 г.
На территории монастыря нашли упокоение представители знатных боярских фамилий. Здесь образовались три усыпальницы, из которых частично сохранилась только одна, причем могила основателя монастыря не сохранилась. Здесь упокоились отец и мать Бориса Годунова, а также Иван Сусанин.
Последующие века монастырь продолжал существовать под покровительством царствующей династии, которая украшала обитель новыми строениями. Императоры Александр II, Александр III и Николай II посещали обитель по два раза. К 300-летию Дома Романовых памятники монастыря были отреставрированы под наблюдением Императорской Археологической комиссии, открыт музей Романовых. На празднование юбилея сюда приезжал Николай II. К этому времени монастырь (с 1744 г.) стал резиденцией Костромского епископа, и на его территории постоянно проживало лишь несколько монахов и послушников.
После революции Ипатьевский монастырь был упразднен, а его ценности национализированы. В общей сложности из монастыря было изъято более 14 кг золота и 200 кг серебра, в виде церковной утвари, драгоценных окладов икон. В 1958 г. здесь создается Костромской историко-архитектурный музей-заповедник, где проводятся реставрационные работы, возвратившие монастырю во многом утраченный перестройками вид. Тогда же из села Вежи была перевезена уникальная деревянная церковь Преображения на сваях (нач. XVIII в.), сгоревшая в 2002 г.
В 1994 г. часть территории Ипатьевского монастыря (Новый город) передается РПЦ, где образуется монашеская община. На звонницу водружаются колокола, а Антиохийский Патриархат передает в монастырь частички мощей священномученика Ипатия. Вновь святыня обретает молитвенное служение, а в исторические памятники возвращается национальный дух.