Основание Троице-Сергиевому монастырю (с 1744 года — лавра) положили преподобный Сергий, в миру Варфоломей, и брат его Стефан. Сначала братья построили себе кельи, а потом на вершине холма Маковец построили небольшую часовню. Она предназначалась для чтения «часов» — псалмов и молитв, приуроченных к определенным часам дня.
Вскоре Стефан ушел в Москву — в Богоявленский монастырь, и Варфоломей остался один. Жил он скромно и достойно: бортничал, ловил рыбу, питался кореньями и орехами… По окрестностям растекалась молва об отшельнике и святости его жизни, и начали сюда приходить люди, желавшие спасения, — просили пристанища и селились рядом. Сообща поставили церквушку во имя Пресвятой Троицы, которую освятил митрополит всея Руси Феогност, со временем перебрались из землянок в добротные срубы, и вскоре вокруг церкви образовался небольшой монастырь. И кельи свои, и монастырь братья обнесли оградой, а потом избрали преподобного Сергия Радонежского себе начальником.
Дальнейшее развитие этой обители связано с активной деятельностью предприимчивого и энергичного игумена Никона — преемника преподобного Сергия, скончавшегося в 1392 году. В августе 1408 года полчища татарской конницы под водительством хана Едигея подошли к Москве и окружили город, рассчитывая взять его долгой блокадой. Месяц стояли вражеские войска под Москвой, грабя окрестные села. Был разграблен и Троицкий монастырь, однако в это время в самой Орде обострились раздоры, и Едигей, взяв с москвичей «откуп» в 3000 рублей, поспешил назад.
Когда Троицкие монахи возвратились в свою обитель, они увидели на ее месте только пепел от пожарища. С помощью великого московского князя игумен Никон отстраивает монастырь вновь, во всем следуя его прежней планировке. На месте старой церкви, где был похоронен преподобный Сергий, возводится новая — тоже деревянная, но больших размеров. В 1422 году преподобный Сергий был причислен к лику святых, его официально объявляют покровителем и заступником земли Русской, и в связи с этим над гробом его начинается возведение белокаменного Троицкого собора Поставленный «в похвалу» вьщающихся заслуг Сергия Радонежского перед Отечеством и церковью, Троицкий собор стал, таким образом, одним из первых мемориальных памятников Московской Руси.
В это же время были обретены мощи преподобного, причем обретение их сопровождалось многими чудесами и исцелением недужных и больных людей. Мощи преподобного Сергия покоятся у южной стены Троицкого собора, близ иконостаса, и по сей день источают благодать и исцеление всем, кто приходит к ним с верой. Мощи почивают в богатейшей серебряной позолоченной раке, сооруженной царем Иваном Грозным. Стенки прямоугольной (по размеру гроба) раки покрыты тонким рельефным орнаментом, на фоне которых четко выделяются накладные фигурные клейма с замысловатой вязью текстов из «Жития Сергия». Одновременно был сделан и великолепный золотой оклад на надгробную икону Сергия в рост, служившую крышкой гроба. У раки Сергия Радонежского торжественным «крестоцелованием» московские князья скрепляли союзы, совершали молебны перед походами и по окончании их, крестили наследников престола и отмечали другие события. Например, в 1552 году царь Иван Грозный перед походом на Казань приходил в монастырь и пред гробом преподобного Сергия получил невидимое благословение от Святого заступника небесного. Оно осенило царя, и пали перед ним твердыни Казанского ханства.
В Троице-Сергиев монастырь рака была передана через год после смерти Ивана Грозного — уже от имени царя Федора и царицы Ирины «с молением о чадородии».
Осеняющий раку серебряный балдахин, устроенный в 1737 году императрицей Анной Иоанновной, был виртуозно выполнен в мастерской московского чеканщика Давида При-фа. Балдахин, весящий более 400 килограммов, стоит на четырех фигурных столбах и пышно украшен замысловатыми орнаментальными рельефами. Перед ракой теплится серебряная вызолоченная Неугасимая лампада, а для свеч устроен большой серебряный подсвечник.
В юго-западном углу Троицкого собора почивают останки князя Андрея Владимировича, которому село Радонеж досталось в удел по духовному завещанию его отца — князя Владимира Храброго. Кроткий и благочестивый князь Андрей принял в обители схиму с именем Саввы, и по кончине над гробом его была укреплена медная доска с летописью.
За алтарем Троицкого собора покоятся останки представителей рода Горбатых-Шуйских, и среди них — Александр Борисович Горбатый-Шуйский, один из храбрейших воевод в покорении Казанского ханства, а потом наместник его.
Искусный в делах ратных и истинный христианин, он впоследствии стал первой жертвой Ивана Грозного во второй период учиненных царем казней. Боярина обвинили в злых умыслах на жизни не только самого царя, но и покойной царицы Анастасии и вместе с 17-летним сыном Петром приговорили к смерти. Оба шли к месту казни без страха, держась за руки. Сын не хотел видеть смерти отца, и первый склонил голову под меч палача. Но отец отвел его в сторону со словами. «Да не узрю тебя мертвого!», и юноша уступил отцу. А потом поднял его отрубленную голову, поцеловал ее, взглянул на небо спокойным взором и отдал себя в руки палача.
Когда скончался преподобный Никон, над гробом его была возведена церковь, которая находится у самого входа в Троицкий собор — у правой стороны его. Строители возвели не отдельно стоящее мемориальное здание, а прислонили его к мощной стене Троицкого собора, объединив два здания и увековечив в камне духовную связь основателя монастыря и его ученика и преемника. Мощи преподобного Никона почивают под спудом в юго-западном углу придела. Позолоченная рака преподобного Никона была устроена преосвященным Платоном — митрополитом Московским. Рака была покрыта басменным серебром, а перед ней на стенах стояли разные древние иконы. Но иконостас Никоновского придела и рака преподобного Никона до настоящего времени не сохранились. Заново они были сделаны в 1950-х годах под руководством профессора Ф.Н. Мишукова.
В Троицком соборе, ближе к Никоновской церкви, покоятся останки представителей рода Воротынских, к северу — представители рода Глинских и Голицыных. Среди последних — родоначальник рода Михаил Иванович Булгаков-Голица. Взятый в плен в битве под Оршей, он 38 лет томился в литовском плену и на родину вернулся только в 1552 году. Оставшуюся жизнь он посвятил Богу, приняв в обители схиму с именем Ионы. Под западным притвором собора упокоились представители родов Одоевских и Трубецких…
К южной стороне Троицкого собора пристроен каменный притвор с широкими окнами и лепным карнизом, устроенный в 1559 году над гробом новгородского епископа Серапиона, бывшего в 1495–1506 годах игуменом монастыря. Часто этот притвор называют Серапионовой палаткой, а устроен он по преданию на месте бывшей кельи преподобного Сергия, в которой он удостоился посещения Богоматери с двумя апостолами. Здесь, на южной стороне, взорам верующих предстает икона этого благодатного видения, которая украшена серебряной позолоченной ризой, золотым венцом и короной из драгоценных камней. Близ этого образа в особых ковчегах хранятся десная (правая) рука Святого первомученика архидиакона Стефана и камень от Гроба Господня.
Вне палатки, с южной стороны, находятся захоронения келаря Авраамия Суханова и Святого Дионисия, архимандрита Троице-Сергиевого монастыря и славного сподвижника келаря, вместе действовавших по спасению Отечества от нашествия поляков.
В 1618 году, во время нападения на монастырь польских войск под командованием полковника Владислава Чаплинского, келарь Авраамий приказал сжечь все находящиеся вокруг нее строения, чем принудил поляков отступить. Один только Троице-Сергиев монастырь устоял в то смутное время, ибо каждый его инок был воином, и ни один из них не запятнал изменой славы обители.
После занятия Москвы поляками архимандрит Дионисий послал из монастыря всю находившуюся в нем церковную утварь и сокровища казакам, которые не хотели идти сражаться. И умолял, чтобы они не расходились до окончания дела. Казаки, увидев все это, умилились и не взяли ничего, а потом успокоились и пришли в послушание своим начальникам.
Где еще можно найти другого Дионисия, другого Авраамия и подобную братию? Сам патриарх Иерусалимский Феофан, посланный вселенскими патриархами для поддержания на Руси православия, приходил в эту обитель подивиться на них…
При царе Иване Грозном, по образцу кремлевского Успенского собора, начал строиться Успенский собор Троице-Сергиевого монастыря, а окончен он был его сыном — царем Федором Иоанновичем. Внутри собора устроены три придела — во имя святого великомученика Федора Стратилата, во имя святой мученицы Ирины и во имя Святого Николая чудотворца. В юго-западном углу собора покоятся датская королева Марфа Владимировна (дочь Старицкого князя Владимира Андреевича) и дочь ее — королева Евдокия, в западной стороне — архиепископ Рязанский Моисей (скончался в 1651 г.), архиепископ Московский Августин (скончался в 1819 г.) и митрополиты московские Макарий и Леонтий.
Неподалеку от Успенского собора, против северо-западного угла его, покоятся бренные останки царя Бориса Годунова, его кроткой супруги Марии, невинного сына — царя Федора и дочери Ксении (в иночестве Ольги).
5 апреля 1605 года Борис Годунов, встав от обеда, поднялся на высокий дворцовый терем, с которого часто обозревал Москву. Но вдруг поспешно сошел оттуда и стал жаловаться на колотье и тошноту. Приближенные бросились за врачами и духовенством, а между тем царю становилось все хуже: из носа и ушей у него пошла кровь, он начал терять сознание… Едва успели причастить Бориса Годунова Святых Тайн и наскоро совершить пострижение в схиму с именем Боголепа, как он испустил дух, оставив семью и престол в роковые минуты.
На следующий день Бориса Годунова погребли в Архангельском соборе Кремля — усыпальнице московских государей, однако злоба людская преследовала царя и за гробом. Не признавая при жизни его прав на престол, бояре и мертвому не хотели дать ему места среди погребений властителей Московского государства. Через шесть недель, когда сын его Феодор был свергнут с престола и убит вместе с матерью, из Архангельского собора вынесли гроб с останками Бориса Годунова и зарыли с телами жены и сына на «убогом доме» Варсонофьевского монастыря. Но и здесь их прах не нашел вечного упокоения. Воцарившийся царь Василий Шуйский в сентябре 1606 года приказал перевезти останки Годуновых в Троице-Сергиев монастырь и похоронить на паперти против северо-западного угла Успенского собора. В 1781 году паперть собора была уничтожена, а над гробницами Бориса Годунова, его супруги, их сына Федора и дочери Ксении был устроен низкий каменный шатер.
Церковь во имя Сошествия Святого Духа в присутствии кроткой и добродетельной супруги Анастасии была заложена собственными руками Ивана Грозного после завоевания им большей части Ливонии. При этой церкви, в особой палатке, покоится прах невинного страдальца, инока Максима Грека — мужа незабвенного в российской церковной истории.
Церковь над мощами преподобного Михея построена в память явления Пресвятой Богородицы со святыми апостолами Петром и Иоанном Богословом преподобному Сергию. Этого видения удостоился и преподобный Михей — ученик преподобного Сергия Радонежского. Храм был сооружен по повелению императрицы Анны Иоанновны в 1734 году. В 1781 году он был заново украшен старанием митрополита Московского Платона.
В 1744 году Троице-Сергиев монастырь приобрел статус лавры (от греч. laura). Так назывались лишь некоторые мужские православные монастыри. В России они подчинялись непосредственно патриарху, с 1721 года — Синоду. (На территории Российской империи имелись еще Киево-Печерская, Александро-Невская, Почаевско-Успенская лавры.)
На открытом пространстве Троице-Сергиевой лавры, между Троицким собором и колокольней, стоит обелиск высотой около 10 метров, сооруженный из дикого камня. На верху обелиска, украшенного мрамором, — позолоченный шар, на поверхности которого устроены солнечные часы. На четырех сторонах постамента вделаны белые мраморные доски, на которых вырезаны краткие описания заслуг Отечеству, которыми в разное время прославилась Троице-Сергиева лавра.