Основание Новодевичьего монастыря связано со Смоленской иконой Божьей Матери, которая, по преданию, была написана евангелистом Лукой. Сначала икона находилась в Иерусалиме, потом в Константинополе, а на Русь ее привезли в 1046 году. Византийский император Константин Порфирородный благословил ею свою дочь царевну Анну, когда отдавал замуж за князя черниговского Всеволода Ярославича.
В начале XII века образ Пресвятой Богородицы находился в Смоленске, а при великом князе Василии Дмитриевиче, сыне Дмитрия Донского, оказывается в Москве — в придворной церкви Благовещения. Но смоляне считали эту икону своей драгоценностью и просили великого князя Василия Темного вернуть им святыню. В 1456 году епископ Смоленский Мисаил прибыл с этой просьбой в Москву, и великий князь, посоветовавшись с митрополитом Московским Ионой, согласился. Сцена расставания москвичей со Смоленской иконой Божьей Матери, прославившейся многими чудесами, была очень трогательной. В церкви Благовещения собралась вся великокняжеская семья, даже маленького княжича Андрея принесли на руках. Сам великий князь «многие слезы пролил». С иконы было сделано множество списков, которые впоследствии тоже прославились как чудотворные. Великий князь проводил Смоленскую икону Божьей Матери до монастыря Саввы Освященного, а по другим сведениям — «до церкви Благовещения на Дорогомилове».
В 1514 году произошло долгожданное присоединение Смоленска, 110 лет находившегося под властью католической Литвы, к Русскому государству. В память этого события великий князь московский Василий III, отец Ивана Грозного, и решил основать на юго-западе Москвы женский монастырь. В 1523 году великий князь «идучи на свое дело к Казани», а вернувшись, приступил к возведению монастыря. Строителем его называют итальянского мастера Алевиза, который в начале XVI века построил в Москве еще многие каменные церкви. В 1525 году Новодевичий монастырь воздвигли на месте грустного расставания москвичей со святой Смоленской иконой Божьей Матери, так как в старину путь на Смоленск проходил по Девичьему полю.
Великий князь Василий III и его сын Иван Грозный дали новой обители льготные грамоты и пожертвовали несколько дворцовых сел и деревень. Делали пожертвования и многие бояре, но в 1610 году Новодевичий монастырь разорили и сожгли поляки, однако уже в годы царствования Михаила Федоровича Романова он был восстановлен. В продолжение XVI–XVII веков на монастырском погосте формировался некрополь, где погребали родственников великих царей и церковных деятелей. Самое раннее из сохранившихся надгробий Новодевичьего некрополя — белокаменная плита боярыни Ирины Захарьиной-Юрьевой — датируется 1553 годом. Рядом с ней погребен ее сын Григорий Юрьевич Захарьин — приближенный боярин и воевода царя Василия III, а позже и Ивана Грозного. Здесь же погребена его жена Ульяна. Из этого древнего рода Захарьиных (впоследствии Романовых) была и Анастасия — первая жена Ивана Грозного; первенец этой четы — царевна Анна — умерла в 1555 году.
В Смоленском соборе погребены еще две родственницы Ивана Грозного, бывшие монахинями этой обители: княгиня Ульяна Удельная (из рода Полоцких) и царевна Елена из рода Шереметевых — вдова убитого Иваном Грозным сына Ивана.
И постриг и погребение царских лиц обычно сопровождались богатыми вкладами в монастырь. Так, например, после смерти Елены — «царицы-схимницы Леониды», как ее называли в монастыре, было пожертвовано «на помин ее души» 1000 рублей серебром.
К ранним захоронениям в усыпальнице Смоленского собора относятся и захоронения князей Кубенских. В 1537 году в северной части подклети была погребена княгиня Ульяна Кубенская — племянница великого князя Ивана III, рядом похоронен ее сын Иван, который дважды подвергался ссылке, а в 1546 году был казнен по повелению Ивана Грозного.
В усыпальнице были погребены 9 представителей рода крупнейших феодалов — бывших удельных князей Воротынских. Под двойным надгробием покоятся княгиня Стефанида и княжна Агриппина. Последняя погибла при нашествии на Москву в 1571 году Девлет-Гирея. Это были жена и дочь князя Михаила Воротынского, отличившегося при взятии Казани и разгромившего крымских татар в битве при Лопасне в 1572 году. Здесь же похоронены жена и дочь князя Ивана Михайловича Воротынского — сына знаменитого воеводы, а также семья последнего представителя этого рода — князя Ивана Алексеевича Воротынского, двоюродного брата царя Алексея Михайловича. На протяжении XVI–XVII веков князья Воротынские были одними из самых богатых вкладчиков монастыря. Пожертвования их «на помин души» состояли из крупных денежных сумм, драгоценной утвари и облачений, четырех больших колоколов, резной с ни для алтаря и др.
Надгробные памятники XVI века представляют собой белокаменные прямоугольные плиты с врезными надписями на верхней плоскости. Некоторые из них имеют расширение к изголовью. На надгробии Ульяны Захарьиной декоративные элементы в виде рамки и тяг с клеймами выполнены треугольно-выямчатым орнаментом. Четыре плиты (И. Захарьиной-Юрьевой, Г. Захарьина, У. Кубенской и И. Кубенского) имеют необычную форму вытянутого бруска. Этот уникальный тип надгробий известен только здесь.
Из рода Годуновых в подклети собора похоронена неизвестная схимница Анфиса, после смерти которой монастырь получил богатый вклад — «триста рублей, образ, украшенный жемчугом, кадило серебряное, стихарь золотный, всего на 400 рублей». Надгробие схимонахини представляет собой новый тип надгробий, который к середине XVIII века был принят уже как основной: плита становится крупнее и приобретает форму трапеции с расширением к изголовью.
Наиболее совершенное надгробие — белокаменная плита княгини Федосьи Голицыной, умершей в 1655 году. Крупная трапециевидная плита, кроме надписи и орнаментальной рамки, сверху и на боковых вертикальных гранях имеет декоративную резную полосу. Надпись выполнена очень тщательно и красиво: крупные, высокого рельефа буквы, наряду с рамкой жгутового орнамента, покрывают всю поверхность надгробия.
С конца XVII века на плитах усыпальницы появляются имена новой знати, выдвинувшейся не столько древностью, сколько личными достоинствами и той или иной близостью к царю. Это были люди, боровшиеся против местничества, чтобы «всем быть без мест и отеческих дел отнюдь не вчинять», а также не считаться «родовой честью». Из этой мелкодворянской среды выдвинулся Алексей Лихачев, игравший руководящую роль в правительстве царя Федора Алексеевича, а впоследствии ставший активным государственным деятелем при Петре I. В подклети собора погребена его родная сестра Матрона Дашкова — жена «думного дворянина» В. Дашкова.
В северо-восточном подалтарье находится семейная усыпальница боярина Богдана Хитрово — одного из самых просвещенных государственных деятелей XVII века. Тонкий знаток и ценитель искусства, он с 1665 года возглавлял Оружейный приказ, при котором были сосредоточены царские художественные мастерские. Расцвет их деятельности во многом определился личностью самого Б. Хитрового. В 1666 году он руководил обновлением росписи Смоленского собора и сам был крупным вкладчиком монастыря. Умер Б. Хитрово в 1680 году, и похоронили его в одной гробнице с дочерью Ириной; рядом находится могила его жены.
Дочери царя Алексея Михайловича (царевны Евдокия, Екатерина и Софья) наделяли Новодевичий монастырь особыми вкладами. Пожертвования начались с Евдокии Алексеевны, которая в 1677 году «состроила» напрестольный крест золотой, украшенный алмазами и бурмитским жемчугом и с частицами святых мощей. За нею тетка ее, Татьяна Михайловна, «построила» драгоценнейшее Евангелие с верхней доской из чистого золота. Оклад Евангелия украшали 4 крупных изумруда, 4 яхонта, алмазы и бурмитский жемчуг.
Царевна Софья в 1685 году жертвует Новодевичьей обители 9 серебряных лампад, и в том же году она «озаботилась» о гробнице княжны Анны — дочери Ивана Грозного, умершей в трехлетнем возрасте. Под алтарем соборной церкви монастыря есть каменная доска, свидетельствующая, что княжна Анна «погребена была в сем монастыре в деревянной церкви Богоотецъ Иоакима и Анны, на коем месте потом была построена церковь камена; а стояла не освящена многие годы… и (25 мая 1685 г.) изволением… благородной царевны и великой княжны Софьи Алексеевны… тело благородные царевны и великие княжны Анны в прежней каменной гробнице и с надписанной прежнею доскою перенесено и поставлено на сем месте». При перенесении останков княжны Анны присутствовала сама царевна Софья Алексеевна.
После стрелецкого бунта царевна Софья братом своим Петром I была заключена в Новодевичий монастырь, скончалась здесь после нескольких лет заточения и погребена в соборном храме — у южной стороны. Рядом покоятся останки и сестер ее — Евдокии Алексеевны и Екатерины Алексеевны. В Новодевичьем монастыре похоронена и первая супруга Петра I — царица Евдокия Лопухина. Надгробия этой группы, расположенные в юго-западной части четверика Смоленского собора, выделяются особо. Каменные гробницы их были поставлены на помосте храма, а над ними были устроены кирпичные надгробия, покрытые суконными и бархатными покрывалами с нашитыми на них крестами. Надгробные надписи, кроме титулов, дат рождения и кончины усопших, других сведений не содержали. Но над изголовьем царевны Софьи в стене укреплена еще и памятная доска.