21 декабря «Виктория» с экипажем в 60 человек, в том числе 13 малайцев, захваченных на островах Индонезии, двинулась от Тидоре на юг. В конце января 1522 г. лоцман-малаец привел корабль к о. Тимор. 13 февраля испанцы потеряли его из виду и взяли курс на мыс Доброй Надежды, потратив на блуждание среди Малайских о-вов в три раза больше времени, чем на переход через Тихий океан.
Элькано сознательно держался подальше от обычного пути португальских кораблей, встреча с которыми грозила испанцам тюрьмой и, может быть, казнью. В южной части Индийского океана моряки усмотрели только один остров (у 37°50' ю. ш., Амстердам). Это произошло 18 марта. 20 мая «Виктория» обогнула мыс Доброй Надежды.
Пройдя первым в этой части Индийского океана, Элькано доказал, что «Южный» материк не достигает 40° ю. ш. За время перехода по неведомым морским просторам Индийского океана экипаж судна сократился до 35 человек, включая четырех малайцев. На о-вах Зеленого Мыса, принадлежащих Португалии, где была сделана остановка с целью пополнения запасов пресной воды и продовольствия, выяснилось, что моряки «потеряли» один день, обходя землю с запада; здесь, у Сантьягу, отстали еще 12 испанцев и один малаец, арестованные по подозрению в том, что они попали на Молукки восточным путем. 6 сентября 1522 г. «Виктория» потерявшая в пути еще одного матроса, достигла устья Гвадалквивира, совершив эа 1081 день первое в истории кругосветное плавание.
Из пяти кораблей Магеллана лишь один обогнул земной шар, а из его экипажа в 265 человек вернулись на родину только 18 (на борту были три малайца). Но «Виктория» привезла столько пряностей, что продажа их с лихвой покрыла затраты на экспедицию, а Испания получила «право первого открытия» на Марианские и Филиппинские о-ва и предъявила претензии на Молукки.
Магеллан своим кругосветным плаванием доказал, что между Америкой и Азией простирается величайшее водное пространство, и установил наличие единого Мирового океана. Магеллан навсегда положил конец спорам о форме нашей планеты, предоставив практическое свидетельство ее шарообразности. Благодаря ему, наконец, ученые получили возможность установить истинные размеры Земли не умозрительно, а на основании неопровержимых данных.