Дворянский род Апраксиных (ранее писались – Опраксины) известен в России с XIV века. Так, в 1371 году из Орды на Русь, на службу к князю Олегу Рязанскому прибыли братья Солохмир (Салхомир) и Евдуган (Едуган). Солохмир при крещении получил имя Иван и отчество по крестному – отцу Мирославович. От князя Олега он получил земли и вскоре стал его родственником, взяв в жены сестру князя Анастасию.
Внук его, Андрей, прозванный Опракса, что по-татарски означает «белый», и стал родоначальником рода Апраксиных. Сыновья Андрея – Ерофей-Ярец и Прокопий – перешли из Рязани на службу к великому князю московскому Ивану III.
Родился Федор Матвеевич 27 ноября 1661 года, хотя дата эта не бесспорна и некоторые исследователи считают его годом рождения 1671-й, что вполне вероятно, если учесть, что службу он начал в возрасте 10 лет в должности стольника у царя Федора Алексеевича, а после его смерти в том же звании стал служить Петру I.
В 1696 году Апраксин принимал участие в Азовском походе. Уезжая с посольством за границу, царь Петр оставляет Апраксина осуществлять надзор за судостроением на воронежской верфи. В августе 1699 года, уже после возвращения Петра, Апраксин участвует в первых маневрах русского флота. В феврале следующего года Федор Апраксин становится главным начальником Адмиралтейского приказа, получив титул адмиралтейца.
С 1708 года Апраксин стал носить титул генерал-адмирала. Осенью того же года он возглавил командование войсками, оборонявшими Ингерманландию от шведов. Шведская армия летом 1708 года начала наступление в направлении Петербурга с целью захвата города. Войскам Апраксина противостоял 12-тысячный корпус под командованием генерала Либекера, расположенный в районе Выборга. Наступление шведов летом 1708 года было замедлено из-за проливных дождей, превративших дороги в непролазную грязь. В конце августа шведы перешли реку Сестру и через несколько дней появились в селе Колтуши, создав непосредственную угрозу Петербургу. В распоряжении Апраксина имелось более 23 тысяч солдат, но большая их часть была распределена по отдельным укрепленным пунктам, так что против шведов он мог выставить отряд, значительно уступающий по численности войску Либекера. Продолжая наступление, Либекер смог закрепиться на южном берегу Невы и обеспечить переправу через нее основных сил и продолжил дальнейшее движение в глубь Ингерманландии. Понимая, что остановить шведов в решающем сражении имеющимися у него силами будет крайне сложно, Апраксин решил взять шведов измором. Шведская экспедиция окончилась неудачей. За проявленное воинское искусство и охрану Петербурга от вражеского нападения Петр I приказал выбить особую медаль с изображением на одной стороне портрета графа Апраксина и надписью: «Царского величества адмирал Ф.М. Апраксин», а на другой изображение флота, построившегося в линию, с надписью: «Храня сие не спит: лучше смерть, а не неверность».
Летом 1709 года в ходе Северной войны произошел перелом в пользу России. Разгромив главные силы сухопутной армии шведов на Украине, Петр I перебросил основные силы своей армии на балтийское направление, за короткий срок заняв южное побережье Финского залива. В наступлении русской армии и флота в Финляндии, которое продолжалось в течение 10 лет, Федор Апраксин принимал самое активное участие. Командуя гребным флотом, он отличился в ряде крупных операций, первой из которых стало взятие сильной крепости Выборга. Эту крепость шведы использовали в качестве основной базы для нападения на Петербург.
При перенесении боевых действий на собственную территорию Швеции перед Апраксиным была поставлена задача завоевания южного побережья Финляндии. В 1712 году Апраксин был назначен главным начальником над Эстляндией, Ингерманландией и Карелией с подчинением ему всех сухопутных и морских сил, находящихся на этих территориях. В этом же году он был поставлен во главе особого корпуса, которому предстояло занять Гельсингфорс и Або, со взятием которых Петр I рассчитывал склонить Швецию к подписанию мира. Финская кампания началась в конце апреля 1713 года. Под командованием Апраксина находились 200 кораблей гребного флота и 16-тысячный десантный корпус. В начале мая флот подошел к Гельсингфорсу, защищенному с моря береговой артиллерией. Русский десант, высаженный на берег под прикрытием своей корабельной артиллерии, захватил город, вынудив шведов отступить к Борго. Город был превращен в промежуточную базу для развертывания дальнейшего наступления. Затем русские войска двинулись к Або, который был занят без боя 28 августа 1713 года.
После овладения всей Финляндией Апраксин был поставлен фактически во главе управления занятыми землями, имея ближайшим помощником князя М.М. Голицына, а должность губернатора исполнял граф Густав Отто Дуглас. Сам Апраксин правил Финляндией из Петербурга, сохранив за собой управление краем до 1719 года. В 1716 году, командуя галерным флотом, Апраксин действовал против шведов в Финляндии, а в 1717 году, командуя корабельным флотом в Балтийском море, он произвел высадку на остров Готланд.
В 1717 году Апраксин занял высшую должность в военно-морском флоте, став президентом Адмиралтейств-коллегии и сенатором. Это назначение положительно сказалось на всех сторонах жизни флота в целом и личного состава в частности, у которого Апраксин пользовался заслуженным уважением и авторитетом.
22 октября 1721 года при заключении Ништадтского мира Апраксин получил от императора право носить кайзер-флаг и звание генерал-адмирала.
Со смертью Петра I закончилась и морская карьера Федора Матвеевича Апраксина. Только в 1726 году он во главе эскадры выходил в море на защиту Ревеля от нападения английского флота. В том же году он был назначен членом новоучрежденного Верховного Тайного совета.
В 1727 году он отправился в Москву, где 10 ноября 1728 года скончался.