Клуб основан в 1899 году. Победитель Лиги чемпионов 1993 г., 9-кратный чемпион Франции, 10-кратный победитель Кубка Франции, 2-кратный победитель Кубка французской лиги 2010 г., 2-кратный победитель Суперкубка Франции.
Золотым временем для марсельского клуба «Олимпик», который обычно называют просто «Марселем», был конец 1980-х — начало 1990-х годов. Выиграв весной 1989 года чемпионат страны, а вместе с ним Кубок Франции, «Марсель» и следующие 4 сезона подряд становился чемпионом, последний раз в сезоне 1992–1993 годов.
Тогда же, в сезоне 1992–1993 годов, «Марсель» в очередной раз начал борьбу в главном европейском клубном турнире (как раз тогда прежний Кубок европейских чемпионов стал называться Лигой чемпионов) и впервые дошел до финала. Болельщики московского ЦСКА наверняка до сих пор помнят, как страшный сон, что в матче группового турнира «Марсель» сокрушил армейцев со счетом 6:0.
Финальный матч с «Миланом» был сыгран 26 мая 1993 года в «Мюнхене». В самом конце первого тайма, на 44-й минуте, Базиль Боли после подачи углового головой послал мяч в ворота «Милана», и до конца матча счет 1:0 в пользу «Марселя» уже не изменился. В том триумфальном сезоне в составе клуба-победителя были великолепные футболисты — французы Франк Созе, Дидье Дешам, Марсель Десайи, Базиль Боли, голкипер Фабьен Бартез, а также хорватский легионер Ален Бокшич, немец Руди Фёллер, ганец Абеди Пеле. Через 5 лет Дидье Дешаму, Марселю Десайи и Фабьену Бартезу предстояло стать чемпионами мира вместе со сборной Франции.
И уж, конечно, никто из этих блестящих футболистов после победы в финале Лиги чемпионов не мог представить, что впереди «Марсель» ожидает катастрофа. Во французском футболе разразился скандал: футболисты клуба «Валансьен» признались в том, что получили от президента «Марселя» Бернара Тапи крупные суммы за проигрыш матча в национальном чемпионате. После этого Французская федерация футбола лишила клуб звания чемпиона страны сезона 1992–1993 годов.
Последовали санкции и со стороны ФИФА — вместо «Марселя» в играх за Суперкубок УЕФА и Межконтинентальный кубок участвовал второй финалист Лиги чемпионов — «Милан». Оба эти трофея, кстати говоря, итальянский клуб так и не выиграл. По решению ФИФА «Марсель», лишенный звания чемпиона Франции, отстранялся также и от участия в следующем розыгрыше Лиги чемпионов.
В сезоне 1993–1994 годов в чемпионате Франции «Марсель» занял второе место вслед за клубом «Пари Сен-Жермен». Оно давало право участвовать в Кубке УЕФА, но осенью 1994 года «Марсель» уже во втором раунде уступил швейцарскому «Сьону», победившему за счет мяча, забитого на чужом поле. Между тем в самой Франции скандал с участием «Марселя» в договорных матчах продолжал разгораться, выяснились все новые скандальные подробности, связанные с президентом клуба Бернаром Тапи. И в том же 1994 году по решению Французской футбольной федерации «Марсель» был переведен во Второй дивизион.
Впрочем, в истории «Марселя» это была уже не первая черная полоса, клубу и прежде доводилось как высоко взлетать, так и низко падать. Основанный в 1899 году, первую большую победу «Марсель» праздновал 13 апреля 1924 года, одержав победу в финале Кубка Франции над клубом «Сет». В 1926 и 1927 годах «Марсель» выиграл еще два Кубка Франции.
1930-е годы тоже оказались успешными: в 1935 и 1938 годах клуб завоевал еще два Кубка страны, а в сезоне 1936–1937 годов впервые стал чемпионом Франции. В мае 1944 года «Марсель» выиграл уже шестой Кубок Франции, а весной 1948 года во второй раз стал чемпионом. Ну а затем началась черная полоса.
После сезона 1958–1959 годов «Марсель» оказался во второй лиге, где провел почти 10 лет. Возрождение клуба началось с того, что 18 мая 1969 года «Марсель» выиграл свой седьмой Кубок Франции, победив в финале «Бордо» — 2:0. В сезоне 1969–1970 годов занял второе место в чемпионате Франции, пропустив вперед «Сент-Этьен». А следующие два сезона подряд сам становился чемпионом, причем в 1972 году сделал «золотой дубль», завоевав также и седьмой по счету Кубок страны. Спустя еще четыре года «Марсель» выиграл восьмой Кубок, победив в финале «Лион» — 2:0.
Дальше, увы, клуб пережил тяжелый финансовый кризис и опять оказался во Втором дивизионе до середины следующего десятилетия. Новое возрождение началось с того, что в 1986 и 1987 годах «Марсель» дважды подряд выходил в финал Кубка, но дважды терпел поражения от одного и того же клуба «Бордо». И наконец последовал фантастический взлет: 5 подряд побед в чемпионате Франции и триумф в Лиге чемпионов. И фантастический крах: лишение одного из чемпионских титулов и перевод во Второй дивизион.
На этот раз положение было очень серьезным: в 1996 году «Марсель» оказался на грани финансового банкротства и перевода в любительский статус. Однако у клуба нашлись спонсоры, и он вновь вернулся в высший дивизион. В мае 1999 года «Марсель» уже играл в финале Кубка УЕФА (этот матч прошел в московских «Лужниках»), но был разгромлен итальянской «Пармой» — 0:3. В мае 2004 года вновь сражался за этот трофей в финале, однако и на этот раз проиграл 0:2 — теперь испанской «Валенсии». В это время в составе «Марселя» был Дидье Дрогба, в том же году перешедший в «Челси».
Зато сезон 2009–2010 годов оказался для клуба очень успешным. Под руководством главного тренера Дидье Дешама «Марсель» стал чемпионом Франции — впервые после того, как был лишен этого титула в 1993 году. Кроме того, выиграл Кубок французской лиги и Суперкубок Франции. В сезоне 2010–2011 годов «Марсель» уступил первое место «Лиллю», однако вновь завоевал Кубок французской лиги и Суперкубок страны.