В начале июля 1919 года под городом Луга Петроградской губернии красноармейцы застрелили офицера Никитенко, лазутчика, пробиравшегося в армию Юденича. Среди найденных у него документов они обнаружили листок, из которого следовало, что убитый офицер являлся членом подпольной антисоветской организации, действовавшей в Петрограде и пытавшейся установить связь с белым командованием. Заговорщики создали так называемый «Национальный центр» Петрограда, в который входили барон Штромберг, князья Андронников и Оболенский, а также другие лица, вскоре арестованные чекистами и давшие показания.
Во время допросов заговорщиков выяснилось, в частности, что в Москве также действует законспирированная контрреволюционная организация «Национального центра», которая готовит вооруженное восстание в «красной столице».
В августе 1919 года в Вятской губернии милицией был задержан подозрительный человек, назвавшийся Николаем Карасенко. При обыске в его мешке милиционеры обнаружили один миллион рублей. Задержанный оказался на самом деле офицером разведывательного отделения штаба армии Колчака Николаем Крашенинниковым. Деньги он вез для контрреволюционной организации «Национальный центр» в Москве. От Крашенинникова ниточки потянулись к руководителю «Национального центра» Николаю Николаевичу Щепкину.
Операцией чекистов по ликвидации «Национального центра» осенью 1919 года непосредственно руководил Ф.Э. Дзержинский.
К реализации операции были привлечены такие выдающиеся чекисты, как В.Р. Менжинский и А.Х. Артузов. В ходе операции был арестован руководитель «Национального центра» Н.Н. Щепкин, в прошлом крупный деятель партии кадетов, член Государственной думы. На деятельность своей подпольной организации он получил от адмирала Колчака миллион рублей золотом.
В ходе обыска на квартире Щепкина чекисты обнаружили ряд секретных документов, среди которых были постановление Реввоенсовета Республики о сосредоточении фронтовых резервов Красной Армии в районе Тулы, а также изложение плана ее боевых действий против Деникина. Выяснилось, что этими сведениями Щепкина снабжал начальник оперативного отдела Всероссийского Главного штаба бывший царский генерал Кузнецов.
Кроме «Национального центра» в Москве в то время существовали еще две крупные контрреволюционные организации — «Союз возрождения России» и «Совет общественных деятелей», объединившиеся в так называемый Тактический центр. При нем была образована особая военная комиссия для связи с подпольными военными группами.
Во время допросов арестованных заговорщиков, в которых принимал непосредственное участие сотрудник Особого отдела Московской Чрезвычайной комиссии, будущий начальник внешней разведки
Соломон Могилевский, выяснилось также, что они были тесно связаны с резидентом британской разведки в Петрограде Полом Дюксом, через которого информация уходила в Лондон и Париж и который подписывал свои донесения псевдонимом ST-25.
Перед чекистами встала задача обезвредить контрреволюционный заговор. Они знали, что создан штаб Добровольческой армии Московского района. Его возглавил бывший генерал-лейтенант Н.Н. Стогов. Срок выступления был намечен на 21 сентября 1919 года, когда войска Деникина подойдут к Туле.
Генерал Деникин планировал взять Москву до зимы и уже заготовил «Приказ № 1» о расстрелах большевиков и «Воззвание к населению Москвы».
18 сентября началась операция по ликвидации контрреволюционного заговора. 23 сентября газета «Известия» опубликовала обращение ВЧК ко всем гражданам страны по поводу разгрома «Национального центра» и привела список 67 главных заговорщиков. В общей сложности чекисты при поддержке красноармейцев арестовали около 700 участников контрреволюционных организаций.