В Москве самым древним храмом на сегодняшний день является уникальный Спасский собор Андроникова монастыря, расположенный на обрывистом левом берегу реки Яузы. Монастырь был основан на великокняжеской земле в 1357 г. митрополитом Алексием, в историческом месте у ордынской дороги, где в 1238 г. князь Владимир, сын великого владимиро-суздальского князя Георгия (Юрия II), встретил татарское войско Батыя, шедшее на Москву.
По преданию, на этом же месте митрополит Киприан позднее встретит Дмитрия Донского, возвращавшегося с победой с Куликова поля. А основанию монастыря предшествовал случай, произошедший с митрополитом Алексием в 1354 г., когда он ездил в Царьград для рукоположения в сан митрополита Московского. Тогда Русь еще не была самостоятельна в церковном отношении и подчинялась Византийскому патриарху.
Согласно преданию, при возвращении Алексия на родину его корабль на Черном море попал в такой сильный шторм, что все были на краю гибели. Митрополит усердно молился Нерукотворному образу Спаса, бывшего с ним, но шторм не утихал. И тогда митрополит дал обет, что если ему будет суждено вернуться в Москву, то он воздвигнет монастырь. Скоро шторм стих, и корабль пристал к берегу. Случилось это в день церковного праздника Спаса Нерукотворного. Прибыв в Москву, Алексий обратился за советом к «игумену земли Русской» Сергию Радонежскому, который одобрил основание обители и дал в помощники своего ученика Андроника. Им была поставлена деревянная церковь в 1357 г. во имя Нерукотворного образа Спасителя и скоро образован общежительный монастырь, по подобию Троицкой обители. Главной святыней здесь стала икона Нерукотворного Спаса, привезенная Алексием из Константинополя, а обитель скоро получила наименование «Андроников Нерукотворного Спаса мужской монастырь». Территорию монастыря, по указанию Дмитрия Донского, скоро обнесли деревянными стенами с башнями, ставшими одним из рубежей надежной защиты стольного града.
Датировка строительства белокаменного Спасского собора, сменившего деревянный храм, имеет несколько версий. Наиболее вероятной является версия, что собор был возведен между 1410-м и 1427 г., а в 1428 г. он был уже расписан фресками иконописной артелью во главе с Даниилом Черным и Андреем Рублевым. По другой версии — первоначальный деревянный собор сгорел еще при пожаре 1368 г. от литовского разорения, а на его месте был выстроен Спасский собор из плинфы, белокаменные блоки которого, с фрагментами зооморфных и растительных рельефов, позднее были использованы в перестроенном храме 1420—1427 гг., дошедшем до нашего времени.
Спасский собор был возведен одноглавым 4-столпным храмом на высоком подклете, но он отличался от других весьма сложным членением и построением. Углы его четверика были значительно понижены и украшены сложными переходами закомар, придав большую выразительность шлемовидному барабану Храм имеет трехчастный фасад, с гармонично-грациозными пропорциями и удивительно величественной устремленностью ввысь. В нем был впервые создан новый тип храма, получивший дальнейшее развитие в зодчестве Москвы, став прообразом столпообразных соборов XVI в.
В интерьере Спасского собора сохранились фрагменты орнаментальных росписей на откосах окон, относимых по времени работы артели Андрея Рублева. Остальные соборные фрески были уничтожены в конце XVIII в. при поновлениях храма. Участие в росписях Андрея Рублева было, вероятно, последней его работой, так как он скоро скончался — 17 октября 1428 г. во время морового поветрия и был похоронен в Андрониковом монастыре. Есть свидетельства, что в начале XX в. еще существовало его надгробие, уничтоженное большевиками при сносе монастырского кладбища.
Во второй половине XIV в. около обители стала складываться монастырская слобода, где с 1475 г. было налажено изготовление кирпича, шедшего на строительство Кремля. В XV—XVII вв. Андроников монастырь стал значительным центром по переписке книг. Он быстро богател, получая земельные наделы, приписные села и богатые дары. В 1439 г. в монастыре была учреждена архимандрития.
В 1504 г. при игумене Митрофане, духовнике Ивана III, в Андрониковом монастыре была возведена каменная одностолпная трапезная, третья по величине после Грановитой палаты и трапезной Иосифо-Волоцкого монастыря. Позднее ее переделали. В 1691 г., по желанию царицы Евдокии Лопухиной, первой жены Петра I, к ней пристроили храм в стиле нарышкинского барокко, где на третьем ярусе учредили церковь Святого Алексея-митрополита, а на среднем — церковь Михаила Архангела. Нижний ярус был отведен под фамильную усыпальницу Лопухиных, где упокоились отец и мать царицы, а позднее и многие из ее рода. Тогда же у Святых ворот монастыря поставили настоятельский корпус и отстроили братские корпуса. В 1747—1756 гг. монастырь был обнесен каменными стенами с бойницами и башнями. По проекту архитектора Казакова над Святыми воротами воздвигли новую колокольню (1795—1803 гг.) высотой 73 м, соперничавшую с колокольней Ивана Великого.
Монастырь не раз подвергался разорениям от иноверцев: литовцев в 1368 и 1371 гг., диких татарских орд Тохтамыша, Едигея, Сеид-Ахмета, Девлет-Гирея, поляков в Смутное время. Во время французского нашествия 1812г. огромный пожар нанес обители также многие невосполнимые утраты: сгорели многие постройки, был уничтожен архив монастыря, полностью выгорел иконостас Спасского собора, а его купол обрушился от огня. Лишь через два года обитель восстановилась. А через тридцать лет Спасский собор был значительно перестроен. В 1846—1850 гг. по проекту архитектора П.А. Герасимова с юга к собору был пристроен придел Успения Божией Матери, а с севера — Святого Андроника. Над собором возвели восьмигранный барабан с шатровым верхом, а закомары и кокошники спрятали под четырехскатную крышу. Искаженный переделками собор полностью утратил свой грациозный первоначальный вид, и лишь советские реставраторы вернули ему былую строгость в 1950—1960-х гг.
Монастырь не раз использовался как место заточения. В1515 г. здесь за «ересь жидовствующих» содержались архимандрит новгородский Серапион и игумен Троице-Сергиевой лавры Иаков. В жаркое лето 1653 г. целый месяц в монастыре содержался под стражей неистовый проповедник старой веры протопоп Аввакум, отправленный потом в Андреевский монастырь на Воробьевых горах.
В XIX в. при Андрониковом монастыре действовали духовное училище и библиотека, а к 1917 г. проживало в нем 17 монахов и один послушник.
После революции монастырь был упразднен и передан в ведение Чрезвычайной Комиссии, где стали содержаться заключенные. В 1922—1928 гг. здесь расположилась колония для беспризорников, а в 1928 г. территория была передана заводу «Серп и Молот», где устроено жилье для рабочих. В это время была уничтожена колокольня монастыря, а также снесен монастырский уникальный некрополь, где были упокоены великий князь Владимирский и Московский Симеон Гордый с сыновьями, находились могилы известных дворянских родов — Толстых, Щербатовых, Баратынских, надгробия погибших во время Северной войны (1700—1721 гг.) и Отечественной войны (1812 г.), многих друзей А.С. Пушкина. Теперь сохранилось лишь два памятника, один из которых посвящен основоположнику русского театра Ф.Г. Волкову.
После Великой Отечественной войны инициативная группа во главе с академиком И.Э. Грабарем обратилась к правительству с просьбой о создании на территории монастыря Музея древнерусской живописи. Разрешение было получено, но лишь к 1960 г. удалось создать Музей древнерусского искусства им. Андрея Рублева, много сделавшего для сохранения культурного наследия. Теперь здесь хранится уникальное собрание иконописи различных школ XIII—XX вв. Здесь же выставлена и чудотворная икона святителя Николая Чудотворца — «Никола Зарайский».
В 1989 г. главная жемчужина Андроникова монастыря, собор во имя Нерукотворного образа Спаса, был передан Московской патриархии и в нем возобновлены церковные богослужения.