В конце XIX в. этот монастырь стал седьмым по величине в России, а слава о чудесах святителя Тихона Задонского давно переступила границы империи. К его нетленным мощам нескончаемой чередой шли богомольцы в надежде исцеления, а за его особенную способность исцелять бесноватых народ стал именовать его «прогонителем лукавых духов».
Основание Задонского монастыря обычно относят к началу второго десятилетия XVII в. — более точной даты история не сохранила. Два старца московского Сретенского монастыря, Кирилл и Герасим, в поисках уединения пришли в безлюдные места Дикого поля, на левый берег Дона, куда впадала тихая лесная река Тешевка. С собой они принесли список Владимирской иконы Божией Матери, впоследствии прославившейся как чудотворный. Они срубили келию и деревянную церковь во имя Сретения Владимирской иконы, положив начало монашеской обители, первоначально именовавшейся Задонской Тешевской. Уже через два десятилетия здесь было несколько келий, паханые поля и крепкое хозяйство. Сильный пожар 1692 г. уничтожил все монастырские постройки, но драгоценная икона была спасена. Уже через пять лет монастырь был полностью восстановлен. Первая каменная церковь здесь была сооружена в 1741 г., освященная с прежним названием.
Слава Задонской обители особенно выросла после переселения сюда святителя Тихона, оставившего Воронежскую кафедру.
Святитель Тихон родился в 1724 г. в с. Короцко Новгородской губернии в семье бедного дьячка и был крещен под именем Тимофей. Окончив новгородскую семинарию, он остается там преподавать сначала греческий язык, а затем риторику и философию. В 34 года он принимает постриг с
именем Тихон, а в 1759 г. переводится в Тверскую епархию, где становится архимандритом Успенского Желтикова монастыря. В 1762 г. он назначается викарным епископом Кексгольмским и Ладожским, а через два года переводится на Воронежскую кафедру. Все свои силы он отдает нравственному очищению паствы, наставляя также и вверенное ему духовенство. Он рассылает послания священникам епархии о трезвом жительстве и духовном подвижничестве, пишет сочинение «Должность священническая о седьми святых тайнах». В кафедральном соборе Воронежа перед воскресной литургией он вводит преподавание Закона Божия для просвещения народа. В это же время святитель пишет богословское сочинение о Священном Писании «Плоть и Дух». Напряженный труд подорвал здоровье архипастыря и в 1767 г. он уходит с кафедры, а через два года переселяется в отдаленный Задонский Богородицкий монастырь, где ведет строгую иноческую жизнь. Во многом способствуя благоустройству обители, он возводит богадельню, принимает людей для духовных наставлений, творит милостыни и продолжает много писать. В этот период среди его духовных сочинений следует отметить «Об истинном христианстве», «Сокровище духовное от мира собираемое», «Правила монашеского жития», а также многие другие творения о сущности истинного монашества. Скончался праведный Тихон 13 августа 1783 г. и был погребен под алтарем Владимирского собора.
В 1845—1853 гг. по проекту знаменитого архитектора К.А. Тона, автора храма Христа Спасителя в Москве, в обители возводится новый величественный пятиглавый собор во имя Владимирской иконы Божией Матери. При разборке старого храма в 1846 г. обнаруживается обвалившийся склеп святителя, в котором были обретены его нетленные мощи. Они были упокоены в теплом зимнем храме Рождества Богородицы, от которого происходит второе название монастыря. После окончания строительства нового Владимирского собора туда переносятся мощи святителя, которые совершали множество чудотворений, о которых неоднократно докладывалось Синоду и императору Николаю I. После тщательной проверки сообщений в 1861 г. состоялось прославление Тихона, причисление его к лику святых.
В огромном трехьярусном Владимирском соборе было устроено восемь престолов, главный из которых, во имя Владимирской иконы Божией Матери, был на втором этаже. Стены собора украсились росписями на библейские темы. Также в нем были устроены ризница и библиотека, а внизу размещены усыпальницы архимандритов.
В 1862 г. в обители перестраивается зимняя церковь Рождества Богородицы, одной из особенностей которой явились росписи на западных дверях с изображением святителей Тихона и Митрофана, как бы благословляющих всех входящих. К началу XX в., благодаря щедрым пожертвованиям, обитель представляла собой уже обширный монастырский комплекс из шести храмов, колокольни, странноприимного дома, церковноприходской школы, больницы, аптеки, а также к нему были приписаны два кирпичных завода и один свечной. Братия монастыря составляла более 300 человек.
Имя святителя Тихона Задонского стало широко почитаться в России, а его творчество заметно повлияло на интеллектуальную мысль России, в том числе и на творчество Федора Достоевского.
После революции обитель была разорена, а святые мощи вывезены в Орел. В 80-е гг. XX в. на территории монастыря размещался консервный завод, а собор был отведен под склад.
Восстановление мужского монастыря (теперь Задонский p-он Липецкой обл.) началось в 1990 г., после возвращения его РПЦ. Были отреставрированы Владимирский собор, колокольня, восстановлен скит у святого источника, который, по преданию, был выкопан самим святителем Тихоном.