В старые времена этот монастырь назывался царским, и был он единственным в Москве в честь Покрова Божией Матери. История его не отмечена особо ничем примечательным, но после перенесения сюда честных мощей великой чудотворицы блаженной старицы Матроны он стал центром паломничества богомольцев из многих мест нашей страны и других частей мира.
Царский Покровский монастырь, что на Убогих (Божиих) домах у заставы, был основан в 1635 г. в пяти верстах от тогдашнего града царем Михаилом Феодоровичем, в память своего отца патриарха Филарета, скончавшегося в праздник Покрова. Новой обители были пожалованы земли на устроение, но из-за недостатка средств строительство так и не продвинулось. Лишь через двадцать лет возведение монастыря, в память своего деда, возобновил царь Алексей Михайлович, который выделил так называемую «комнатную» сумму, почему и стали именовать монастырь иногда «комнатным». Монастырь стал одним из последних, основанных до указа Екатерины II о секуляризации церковной собственности, после чего создание новых обителей на многие годы в стране прекратилось. Главный храм во имя Покрова был освящен в 1655 г., а в 1682 г. царь Федор Алексеевич воздвигнул в обители еще один храм — во имя Всех Святых.
Монастырь был построен на местности, называемой Божедомкой, на кладбище которого погребали в общих могилах-скудельницах бездомных, убитых и утопленных, то есть умерших без покаяния, свозимых сюда со всей Москвы. При кладбище находились большие ледники — Божии (Убогие) дома, в которых хранились тела до времени погребения, осуществлявшегося два раза в год: на праздник Покрова и седьмой четверг по Пасхе. Здесь был брошен в яму и труп незадачливого Гришки Отрепьева, но неожиданно, по преданию, его тело оказалось перенесенным на другое кладбище. Его труп сожгли как колдуна, зарядили пеплом пушку и выстрелили в сторону запада, откуда явился самозванец.
Церковь не отворачивалась от несчастных, а собором 1548 г. установила «общее поминовение, по всем скончавшимся внезапною смертью». В дни погребений сюда приходили многие сердобольные москвичи и привозили в милостыню саваны, одежду и гробы для безвестных усопших. Они верили, что Бог сам знает имена почивших, и совершали общую панихиду. Кладбище просуществовало в таком виде до 1721 г., а затем стало обычным, где упокаивалось в основном богатое купечество и мещане. Упокоены здесь и дети именитых грузинских царей, погребенные в приделе Покровского храма: как сыновья грузинского царя Георгия XIII Илия, Окропир, Ираклий, дочь имеретинского царя Соломона царевна Дария. Погребены также грузинский митрополит Иона, а под Воскресенским собором покоятся останки митрополита Илиопольского и Ливанского Неофита.
В1751 г. в обители устраивалась семинария, просуществовавшая здесь всего лишь пятнадцать лет. В середине века здесь возводится шатровая колокольня с затейливыми немецкими часами с боем.
После екатерининских церковных реформ и утверждения духовных штатов число монашеской братии здесь составило всего 6 человек. Монастырь был зачислен в разряд заштатных, на содержание которого из казны отпускалось всего 27 руб. 77 коп. в год. Доходы монастыря стали небольшими, и от нехватки средств он стал приходить в запустение. Поддерживать в исправности монастырские строения стало невозможным, поэтому через двадцать лет пришлось разобрать из-за ветхости оба храма и ограду обители. Но на рубеже XIX в., благодаря щедрым пожертвованиям купца Диомида Мещанинова и других благотворителей, началось возрождение обители. Удалось возвести одноглавый храм во имя Всех Святых с двумя приделами, восстановить ограду и устроить мужскую богадельню на 12 человек, а чуть позднее вне стен монастыря возникла и женская богадельня.
Благодаря щедрой милостыне удалось возвести в 1814 г. и одноглавую церковь Покрова Божией Матери из двух ярусов, в которых было по три престола. Но нашествие французов в 1812 г. принесло неисчислимые бедствия обители и значительные разрушения храмов. Лишь через десять лет удалось восстановить прежний вид обители, а к середине века развернуть в ней активное строительство, возведя братские корпуса, каменные стены с восемью башнями, конный двор и многие хозяйственные постройки. Под руководством известного московского архитектора М.Д. Быковского, искавшего национальные пути развития русского зодчества, началась перестройка храма во имя Всех Святых, приобретшего величественный вид и переосвященного во имя Воскресения Словущего. Просторный пятикупольный храм с тремя престолами и световой ротондой под куполом, обильно украшенный русско-византийским декором, вместил в себя и часть старого храма: восточную стену главного алтаря и центральную часть с четырьмя подкупольными столпами. Храм был искусно расписан на темы евангельских сюжетов, фрагменты которых частично сохранились, а главный алтарь украшен великолепным пятиярусным резным иконостасом. К началу XIX в. была перестроена и колокольня в стиле классицизма, ставшая трехъярусной, достигнув высоты тридцати двух метров. На нее были водружены колокола работы известного мастера-литейщика К.М. Слизова.
Монастырь был закрыт в 1920 г. Были снесены колокольня и часть монастырской ограды, от которой остались стоять одинокие Святые врата, уничтожен старинный некрополь, где был разбит парк культуры и отдыха Ждановского района с аттракционами и стадионом. Лишь в 1994 г. древняя обитель была освобождена от сторонних организаций и передана РПЦ, где был учрежден Свято-Покровский монастырь, ставший теперь женским, четвертым монастырем в Москве.
В 1996 г. с озера Селигер из Ниловой пустыни сюда была доставлена частичка мощей преподобного Нила Столобенского, в честь которого освящен один из престолов Покровского храма. А в мае 1998 г. сюда перенесли честные останки блаженной старицы Матроны Московской.
Матрона Дмитриевна Никонова родилась 9 (22 ноября) 1881 г. в д. Себино Епифанского уезда (ныне Кимовский р-н) Тульской губернии, став четвертым ребенком в семье. Родилась она слепой, и, по преданию, родители сначала хотели оставить ее в приюте, но матери приснился вещий сон: слепая белая птица необычайной красоты села ей на грудь, и ребенок остался в семье. Уже с 8 лет Матрона могла исцелять и предсказывать будущее. Однаджы, ей в ту пору было 14 лет, она была на службе в Андреевском соборе в г. Кронштадте. Иоанн Кронштадтский по окончании службы попросил народ расступиться перед девочкой и сказал: «Вот идет моя смена — восьмой столп России». Он предвидел служение Матроны. А в 16 лет у нее парализовало ноги. Обладая даром прозорливости, она предсказывала многие события, в т.ч. отречение царя и революцию. Как-то спросили матушку: «Как Господь допустит столько храмов разрушить?» На что она отвечала: «Потому, что верующих будет мало. Народ под гипнозом, сам не свой, страшная сила вступила в действие. Раньше люди ходили в храмы, носили крест, и дома были защищены образами, лампадами. Мне вас жаль, доживете до последних времен. Жизнь будет хуже и хуже. Тяжкая. Придет время, когда перед вами положат крест и хлеб, и скажут — выбирайте! Если народ не кается, то гибнет и исчезает с лица земли. Сколько народов исчезло, а Россия существовала и будет существовать. Молитесь, просите, кайтесь! Господь вас не оставит и сохранит землю нашу». Около 1925 г. Матрона перебралась в Москву, живя у друзей и знакомых. В день ее посещало до 40 страждущих, и всем она помогала и всегда говорила: «Я что ли помогаю? Бог помогает!»
Свою кончину Матрона предвидела заранее, повелев похоронить себя на Даниловском кладбище. Она скончалась 2 мая 1952 г., а на ее могиле люди сразу стали получать многочисленные исцеления. Блаженная предсказывала, что после ее смерти «через много лет люди узнают про меня и пойдут толпами за помощью в своих горестях и с просьбами помолиться за них ко Господу Богу, и я всем буду помогать и всех услышу». Многие годы ее могила была местом неофициального паломничества, пока гроб с ее нетленными мощами не был торжественно перенесен в Покровский храм Свято-Покровского монастыря. Рядом с ее драгоценной ракой установили еще одну святыню, икону Божией Матери «Взыскание погибших», написанную по благословению матушки. В 1999 г. блаженная была канонизирована как местночтимая московская святая, а в 2004 г. состоялась общецерковная канонизация.
Еще при жизни блаженная Матрона Московская стала любимицей народа, а после прославления в лике святых в Покровский монастырь устремился целый поток богомольцев, идущих к ней за утешением и исцелением.